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鐵頭與魯青等在統一天下的戰爭中先後戰死，成為劉秀心中最大的遺憾之一。
而劉秀心儀的無憂林弟子怡雪則因門規所限不得涉足政治，未能嫁入宮廷，天下一統後返回無憂林終老一生，此也成為劉秀最大的遺憾。龍人作品集附記附記
對各地割據勢力的平定
劉秀消滅了更始政權與赤眉軍，立刻與割據勢力展開激烈爭奪。
當時張步割據山東，劉永割據梁地，李憲割據廬江，秦豐割據南郡，還有自保河西五郡的竇融，稱雄於天水的隗囂，稱帝於巴蜀的公孫述，以及與匈奴勾結的盧芳等各派政治勢力。
在群雄之中，對劉秀威脅最大的是劉永。當時劉永雄據今豫東、皖北，與青州的張步、蘇北的董憲、廬江的李憲聯合為一個頗大的軍事同盟。因為當時的劉永實際上擁有魯西、蘇北、皖北、豫東等大片土地，專製東方，成為劉秀的勁敵。況且，劉永是梁孝王的八世孫，曾詔封梁王，在宗法中的地位，比劉秀有利，因此對劉秀的威脅最大。
劉秀首先要剪滅劉永，建武二年（公元２６年），劉秀派大將蓋延攻陷劉永的首都睢陽（今河南商丘），劉永走山東境內的湖陵（今山東魯台東南），但睢陽的百姓迎劉永，劉永再回睢陽，後蓋延再圍睢陽，城中食盡，建武三年（公元２７年），劉永出走，為其部下所殺，永子劉紆繼立為梁王。建武五年（公元２９年）八月，吳漢拔郯（今山東省郯城），斬劉紆。同年十月，耿弇與張步戰於臨淄（今山東省臨淄），大破之，齊地平。
建武四年九月，漢軍圍李憲於舒（今安徽廬江縣南），六年正月，拔舒，獲李憲。同年二月，吳漢拔朐（今江蘇連雲港市西南），獲董憲、龐萌，山東悉平。自此，劉永的勢力完全肅清。
與此同時，劉秀又遣偏將南征秦豐於頹丘（今湖北宜城北），征延岑於武當（今湖北均縣西北），征田戎於津卿（今湖北沙市）。秦豐被俘，延岑、田戎逃亡入蜀，投降公孫述。割據漁陽（今河北密雲西南）的彭寵，為其蒼頭奴所殺，其奴投降劉秀，於是北自幽燕，南至荊襄，皆先後平定。
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東方雖平，但西南與西北還是為眾所割據。其中勢力最大者為公孫述，次之隗囂，再次為盧芳。
當時公孫述據於益州之地，即今日四川、貴州和雲南的大部分地盤，地勢險阻，資源豐富，他北連隗囂，東結延岑、田戎，稱帝建號，以拒劉秀。
其次是隗囂，當時隗囂據有安定、隴西、天水、武都四郡，即今甘肅省東南部地區。他南聯公孫述，北結盧芳，西通諸羌、匈奴，糧草充足，士馬強壯，進可入關陝，退可自保邊陲。而且隗囂也有“素謙恭愛士”的名聲，所以“名震西部，聞於山東”。
再次是盧芳，盧芳居於晉州、陝北和內蒙一帶，有匈奴做後台，而且盧芳造成一套假的譜係，宣言他是武帝曾孫劉文伯，常以此蠱惑群眾，應該由他做皇帝。
麵對這些割據勢力，劉秀最初想以政治方法誘降，並首先解決勢力較次的隗囂。隗囂之西是據保境河自守的竇融集團，劉秀有意與竇融聯合，夾擊隗囂。
竇融曾參與鎮壓赤眉軍，綠林起義，王莽覆滅後，軍降更始。竇融見更始新立，關東形勢混亂，他家經世仕宦河西，因此求任張掖屬國都尉。更始敗亡後，被張掖、武威、酒泉、金城、敦煌五郡長吏推為行河西五郡大將軍事。竇融居屬國，監察五郡，據境自保。他先奉迎隗囂，後見劉秀擁兵最強，號令嚴明，有意投降。劉秀知道河西殷富，兵馬精壯，又地接隴、蜀，遣使聯絡，以孤立隗囂。建武五年（公元２９年），竇融歸附東漢皇朝，任涼州牧。