1997年６月民柬國民軍總司令宋成密謀投誠，波爾布特得知後派人槍殺宋成夫婦及其８個子女。紅色高棉官兵忍無可忍，第一次把槍口對準了自己的“一號大哥”。波爾布特倉皇逃命，但為部下抓獲，隨後被公審判處終身監禁。紅色高棉希望通過此舉改善形象，尋找出路，但因波爾布特是紅色高棉的靈魂和象征，對他的審判顯然更使民柬群眾士氣渙散。
1997年奉辛比克黨與人民黨明爭暗鬥，又給殘存的紅色高棉一線希望，部分民柬武裝甚至與拉那烈派結盟反對人民黨。然而，７月初洪森以武力驅逐了拉那烈，完全控製了局勢。紅色高棉的如意算盤又一次落空。此後在國際壓力下，柬再次舉行大選，拉那烈派與洪森派重新妥協，聯合執政。紅色高棉對前途已完全絕望。
波爾布特1998年４月去世後，剩下的紅色高棉領導人陸續走出叢林，形成又一輪投誠浪潮。最後是１２月５日肯農等８位將軍率數千餘部的投誠，以及民柬前主席喬森潘和前人大委員長農謝的回歸1998年成了紅色高棉的投誠年和終結年。
對於中國人來說，當年的中越戰爭如果存在援柬抗越、“圍魏救趙”的考慮，那是一個巨大的尷尬。當年美國人為了國際自由主義陣營的戰略利益，在南越扶植扶持過一個專製貪腐又顢頇無能的吳庭豔政權。但在南越佛教得道高僧當街自焚抗議後，有所警覺，隨即指使代理人幹掉了吳庭豔
。但這個比吳庭豔有過之而無不及的波爾布特，我們用“文化大革命”的狼奶哺育出來的混世魔王，讓中國人背負了太久的精神十字架！
1998年4月17日，人民日報發表記者成元生曼穀電，稱據泰國電視台報道，波爾布特已於4月15日深夜因心髒病發作去世。關於波爾布特的身份，人民日報輕描淡寫地說他是“前紅色高棉領導人”，但沒有提及他在當政期間導致百萬級柬埔寨人的非正常死亡。波爾布特的死，讓中國人長出了口氣。
早在此前十年，1988年還是外交部發言人的李肇星在新聞發布會上指出：美國《華盛頓郵報》關於“中國同意波爾布特到中國來避難”的報道是“極不嚴肅的，毫無根據的”。李肇星這番話，表明中國是多麼急於撇清與波爾布特的幹係，盡管11年前北京街頭曾經排出十萬人的陣仗歡迎過他。波爾布特除了老死叢林，已經無處棲身。波爾布特是“毛XX的學生”，也得到了現任柬埔寨首相洪森的印證。
2007年4月5日香港出版的《亞洲周刊》專題報導，洪森認為“中國wen革的思想根源是毛XX思想，波爾布特的思想根源於毛的思想，毛的思想在柬埔寨得到實踐，但也證明是失敗的”。
1999年1月19日記者成元生再次在人民日報發表述評《喬森潘農謝投誠之後》，稱隨著波爾布特最後幾名殘存同事的投誠，紅色高棉“已走向其曆史的終點”。對於國際社會要求公開審判紅色高棉領導人的“戰爭罪”和“反ren類罪”，這篇述評引用柬埔寨內政部發言人的話說：不反對審判紅色高棉領導人，但是現在不是時候；希望公正地對待曆史。
這也是中國人急於擺脫一段曆史尷尬的內心寫照。中國外交部發言人表示：紅色高棉與波爾布特的問題是柬埔寨內政，中國反對將柬共領袖交由國際法庭審判。
柬埔寨ren權聯盟主席凱克?加拉布呂女士感慨：“審判紅色高棉不符合任何一方的政治願望。”因為紅色高棉殘餘領導人手中的最後一張牌是：很多國家、很多人，包括中國、泰國和美國，也包括西哈努克，都與波爾布特政權有牽連。
泰國為躲藏在邊境的紅色高棉提供了長達十幾年的庇護；連近年來鼓吹ren權高於主權的美國，在七八十年代的冷戰中也僅僅出於地緣政治考慮，一再在聯合國支持紅色高棉保留席位；可憐的西哈努克親王不得不與槍杆在握的紅色高棉作出諸多妥協；但牽連最深的，無疑是中國！
可以說，柬埔寨國家最終的命運還是由他們自己的人民決定，越南沒有實現稱霸東南亞的野心，中國也沒有事先所期望的結果。親越的洪森早年曾經備嚐人民日報的辱罵，目前卻是柬埔寨首相，後來多次訪華。2012年10月15日晨發布官方公告：柬埔寨前國王諾羅敦·西哈努克當天淩晨在北京逝世，終年89歲。