從1983年3月底開始，侵柬越軍在柬西部邊境地區發動了一場新的攻勢，並多次入侵泰境，致使柬泰邊境形勢十分緊張。
越軍行動的主要目的是向泰國以及東盟其他國家施加壓力，迫使其在柬問題上與越妥協，同時，進一步削弱抗越武裝力量，改善其戰場形勢。但泰國采取了強硬立場，對越軍的入侵進行了堅決的回擊。
進入1983年旱季以後，柬埔寨反越武裝在5、6號公路沿線積極開展破襲活動，擴大洞裏薩湖沿岸遊擊區。與此相配合，在戈公西北、拜林邊境及詩梳風南部地區，柬埔寨反越武裝對越軍主動出擊，拔除了越軍部分據點，殲敵部分有生力量。
12月中旬，駐守北部柬泰邊境地區的兩支民柬主力，派出先遣部隊沿12號公路兩側向南推進。於1984年1月下旬至2月初，連續襲擊了磅同、暹粒兩個省城及周圍的越軍據點。靈活地打擊越軍，並將遊擊活動擴展到湄公河以東，給越軍造成了很大威脅。
越南侵略軍在柬埔寨反越武裝力量的沉重打擊下，損失慘重，從1986年再無力組織大規模的進攻，被迫轉入戰略退卻。柬埔寨反越武裝在內地繼續開展小規模遊擊戰，持續不斷地襲擊越南軍隊，為爭取政治解決柬埔寨問題創造了有利條件。
戰爭進行到，越南當局將以前強硬的“掃蕩”和“圍剿”政策，改變為運用“軍事、政治、經濟、治安等綜合打擊力量”，從多方麵削弱抗越武裝的政策。但這絲毫不起作用，在柬埔寨反越武裝淩厲的攻勢麵前，侵柬越軍受到極大的限製，越軍傷亡不斷增加(愈10萬人)，士兵普遍厭戰，士氣低落。加之，戰爭久拖不決，軍費開支占財政支出的比例越來越大，使其經濟瀕臨崩潰的邊緣，其領導層內部派係鬥爭越來越突出。
國際上越來越孤立。內外交困的現實，迫使越南當局考慮放棄地區霸權主義政策，尋找政治解決的途徑。自1989年9月起，雙方政治鬥爭取代了戰場上的較量。1990年，蘇聯解體，越南背後的靠山轟然倒坍。
1991年10月21日，在國際社會的努力下，雙方終於達成《柬埔寨和平協定》。至此，越軍十多年的侵柬戰爭終於畫上了句號。隨著最後一個越南入侵者撤出柬埔寨，越南拚湊的“印度支那聯邦”的黃粱美夢也隨之宣告破滅。直到1989年9月27日越南政府宣布從柬埔寨全麵撤軍，這場曆時11年的戰爭才宣告結束。
1989年９月越南從柬埔寨撤軍。1991年10月23日，柬衝突四方在巴黎簽署《巴黎和平協定》。柬將實現民族和解，在聯合國監督下進行大選，組成新政府。從1992年２月起，聯合國陸續派出22萬工作人員，花費近28億美元來幫助柬實施和平協定。而作為協定簽字方之一的紅色高棉卻拒絕與聯合國合作，抵製大選。
除紅色高棉外，其他19個政黨都參加了1993年５月舉行的大選。而紅色高棉白白葬送了合法回歸柬政壇的曆史性機遇。大選後柬組成王國政府，奉辛比克黨和人民黨達成妥協聯合執政，拉那烈任第一首相，洪森為第二首相。紅色高棉失去國內盟友和國際支持，陷入全麵孤立。紅色高棉雖想在新政府中謀取一席之地，但又不願麵對宿敵洪森派控製新政府的現實，更不願交出控製區和解散武裝。雙方的兩次圓桌會議都無法達成協議。
1994年７月７日，柬議會宣布紅色高棉為非法組織。在政府的軍事壓力和政治攻勢下，紅色高棉內部思想混亂，官兵厭戰思鄉，開始逃離。對此，強硬派領導人始終沒有製定切合實際的對策。
波爾布特對外迷戀軍事鬥爭的魔力，對內他堅持抗美時期的做法，反對自由經濟和私有財產，強化他的絕對領導，清除不同意見者，結果激起內變。紅色高棉二號人物英薩利主張政治和談和內部改革，但不為波爾布特所容，作為“享樂主義”和“投降主義”傾向受到批判。1996年８月他率領兩個師“與波爾布特派分道揚鑣”。
拉那烈和洪森馬上與他達成和解協議，允許他在其控製區享有自治權利，西哈努克國王還下令赦免英薩利。英薩利的分裂使紅色高棉喪失了4000人的精銳之師，又失去了重要的木材和寶石等經濟來源。而政府既往不咎的和解政策，則摧垮了紅色高棉官兵的心理防線。紅色高棉的解體已是不可避免。不久又有十幾個師脫離波爾布特，而後改組並入政府軍隊。到1997年５月，紅色高棉已喪失了近８０％的作戰部隊，大勢已去。