在這件事情發生以後很長的一段時間裏，尼摩船長繼續漫遊各個海洋。但是他的同伴一個一個地死去了，他們最後在太平洋的珊瑚礁上找到了長眠的基地。後來，這群寄居在海底的人，隻剩下尼摩船長一個人了。
這時候他已經六十歲了。雖然無依無靠，但他還是把諾第留斯號開進了一個海底的石洞，過去他常常把這樣的石洞當作停泊船隻的海港。
這些港口，有一個就在林肯島的海底下，那時候它已成為諾第留斯號的藏身的處所。
船長在林肯島已經居住了六年。他不再航海，隻是靜等著度完自己殘餘的歲月。這時候他應該回到過去的同胞那去了；也就是在這個時候，他無意之中看見南軍的俘虜乘坐的氣球從天空降落下來。他穿著潛水衣在離岸幾錨鏈的海底行走，恰好趕上工程師掉下海來。船長在同情心的驅使下，救起了賽勒斯·史密斯。
他首先想到的是遠遠避開這五個遇難的人。但是，火山的作用使一部分玄武岩升出水麵，堵塞住他藏身的海港，他再也出不了地窟了。雖然輕便的小船不怕水淺，還能穿出洞口，但是諾第留斯號卻不行，因為它吃水很深。
於是尼摩船長隻好留下來。他注意這些赤手空拳、一無所有的荒島上的落難人，但是他又不打算暴露自己。後來他逐漸發現這些人誠實、勇敢而且團結友愛，他關心他們的奮鬥。他情不由己地去了解他們生活中的疾苦。他穿著潛水衣，可以毫不困難地到“花崗石宮”內部的井底，沿著凸出的岩石爬到井口去。就這樣，他聽到居民們回憶過去的往事，談論目前和將來的情況。他從他們那裏知道，為了廢除奴隸製，美國國內發生了大規模的內戰。是的，這些人在島上的光明磊落的行為是可以改變尼摩船長對人的看法的。
尼摩部長救活了賽勒斯·史密斯；他還把托普從湖裏救出來，又把它領到“石窟”那兒去；把箱子裝滿許多對居民們有用的東西放在遺物角，把平底船送回慈悲河；在猩猩進攻“花崗石宮”的時候，把繩梯從上麵扔下來，把紙條裝在瓶子裏，使他們知道艾爾通在達抱島上，把水雷放在海峽底下，引起雙桅船的爆炸；給居民們送硫酸奎寧，把赫伯特從垂死的情況下挽救過來；最後他還用電彈打死了罪犯，他掌握這種電彈秘密，這種電彈是他用來獵捕海底動物的。這樣，許許多多看起來顯得神妙莫測的事情都解釋清楚了。這一切都說明船長的慷慨和才能。
然而，這位偉大的憤世嫉俗的人熱衷於一切善舉。他還要把一些有益的意見告訴他的受惠人；另一方麵，他心髒跳得厲害，覺得他死期逼近了。幹是，就像我們所知道的那樣，他用一根從畜欄通到諾第留斯號的電線，把“花崗石宮”的居民們邀請到這裏來。要是他早知道賽勒斯·史密斯熟悉他的曆史，會用尼摩船長的名字稱呼他，他也許就不會請他們來了。
船長講完了他的一生。接著賽勒斯·史密斯開口了。他追溯過去發生的每一件事，這些事情，對於小隊說來都有極大的好處。他代表夥伴們和他自己向這位慷慨的義士致謝。
但是尼摩船長卻不關心這個。他的腦子裏似乎盤算著一件事。他沒有握工程師伸過來的手，隻是說：
“現在，先生，您知道我的曆史了，你判斷一下吧！”
船長顯然是暗指一件重要的事情才這樣說的，這件事情是落在他船上的那三個陌生人親眼看到的；法國教授當然已經把它寫在自己的作品裏，而且所起的影響一定是很大的。這件事情就是：在教授和他的兩個夥伴逃脫以前不久，諾第留斯號在北大西洋受到一艘巡洋艦的追逐，最後它像一隻撞牆車似的毫不留情地把巡洋艦撞沉了。
賽勒斯·史密斯懂得船長的暗示，他沒有回答。
“那是一艘英國人的巡洋艦，先生，”尼摩船長大聲說，一刹那，他又變成達卡王子了。“是英國人的巡洋艦！您要知道，是它來攻擊我的！我被擠在一個又狹又淺的海灣裏……我必須闖過去，於是……我就闖過去了！”
後來，他很鎮靜地說：“我是主張正義和公理的，無論在哪裏，我都盡力做我能做的好事，同時也幹我應當幹的‘壞事’。要知道，正義並不等於寬恕！”
接著沉默了一會兒；然後船長又問了一遍：
“你們對我怎樣看法，先生們？”
賽勒斯·史密斯向船長伸出了手，嚴肅地答道，“先生，您的錯誤是在於您認為過去的事還能重來，你抗拒了必然的趨勢。這樣的錯誤有人讚美，也有人責難；隻有上帝能判斷是非，而從人情上說，是應該得到原諒的。一個人錯以為自己想做的是對的，這種人，人們可以攻擊他，但是人們還是尊敬他。您的錯誤並不能使您失掉別人的欽佩，您的名字絲毫也不用害怕曆史的判斷。曆史喜愛英勇豪邁的事跡，同時也譴責這種事跡所造成的後果。”
尼摩船長的胸膛激動地起伏著，他把手舉起來指著天空，喃喃地說：
“我錯了還是對了呢？”
賽勒斯·史密斯回答說，“一切偉大的事業從上帝那裏來，最後還要回到上帝那裏去。尼摩船長，您救了我們這些老實人，我們將要永遠懷念您。”
赫伯特已經走近船長。他跪下來，吻了船長的手。
垂死人的眼睛裏噙著晶瑩的淚水。
“我的孩子，”他說，“上帝保佑你！”