混的壯了，自然就想把地盤做的大一點，浩罕汗國把目光投向了大清的口袋裏的喀什地區。找大哥單練浩罕汗國還沒這個勇氣，但是玩點損的他們還是敢的，比如支持新疆地區的同教兄弟叛亂。浩罕一直支持新疆地區的同教兄弟反抗清廷統治，之前就拒絕引渡大和卓之子薩木克，並在英國支持下為薩木克策劃複國。薩木克死後，穆罕默德·阿裏汗又支持大和卓的孫子張格爾入疆建立\"賽義德·張格爾蘇丹國\"，並出兵葉爾羌地區。
張格爾之亂引發了幾十年未遇的新疆大規模叛亂，起初清朝毅然與浩罕汗國斷交，但是這次大叛亂也給清朝在新疆的統治帶來了很大打擊，使得清政府不得不考慮與浩罕汗國相妥協。道光十年，清朝與浩罕汗國議和，同意了浩罕汗國向新疆六城地區派遣\"長老\"，行使領事特權的要求。通過派遣長老，浩罕汗國可以一麵保護浩罕商人在新疆的利益，同時直接對浩罕商人征稅，從而保證浩罕汗國壟斷在六城地區的貿易利益。但是浩罕汗國還是沒有放棄其對喀什地區的野心，時常支持和卓族人的複國行動，介入新疆事務。
大清與浩罕汗國在新疆的紛爭，很難說的清楚，因為大清認為這是國與國之間的政治問題，浩罕汗國卻認為這是他們的宗教事務。也不止是浩罕汗國，幾乎整個阿拉伯世界都這麼認為，隻要是穆斯林的事，他們就管得著。雖然後來大清也接受了浩罕汗國的想法，但是大清的做法卻二到了極點，同意外國人管理本國宗教事務，完全是自己給自己找不自在。這次西北回亂，便成了不自在凸顯的契機，大清還隻是遇到了大麻煩，浩罕汗國則把自己給坑死了。
西北一亂，新疆也就跟著亂了起來，不過前期一直是各大領主內部掐來掐去，沒想到掐架吃虧了的喀什回部首領柯爾克孜伯克司迪爾，派人去浩罕汗國叫幫手了。這幫大哥可沒有國界的概念，對於他們來說，大清這邊都是可惡的異教徒，蔥嶺西邊那些人才是和他們一個信仰的自己人。所以浩罕汗國的外國人阿古柏，護送著張格爾的兒子布素魯克，又回到了新疆。回來的第一件事，就是把請他們來的司迪爾給趕出了新疆。
本來阿古柏還得幾年才能憑借英國人援助的武器，完成對新疆的全麵侵略，建立自己的汗國，順便坑死浩罕汗國，但是果興阿與俄國的激戰改變了他的命運。