阿古柏不是中國人，這位大仙是浩罕汗國的人，所以他得算是外來入侵者。比較古怪的是，他這個入侵者不是主動來的中國，而是被人給請進來的。要說清他是怎麼來的，可不容易，得倒回到乾隆年間。
新疆這塊土地，在漢朝的時候就歸入了中國，之後時而統一在大家庭之內，時而流落在外。當地也曾是漢人富饒昌盛的家園，但是隨著中原王朝的分分合合，漸漸就徹底阿拉伯化了。等到大清入主中原並開始平定天下的時候，新疆已經形成了許多的教派領主，並且被準格爾收服。
到了乾隆年間，大清曆經三代帝王，終於搞定了煩人的準格爾，順便解放了在伊犁當人質的大小和卓兄弟。結果這次人質解救行動的後果非常惡劣，因為對於大小和卓兄弟來說，大清可不是他們的解放者，而同樣是一群侵略者。大小和卓兄弟當人質雖然很憋屈，但是他們想要的可不隻是自由。為了建立自己獨立的伊斯蘭國家，大小和卓兄弟一得了自由，便開始糾合勢力，準備武裝反清。他們雖然扇呼起來了不少的各地城主，但是麵對強勢的清軍，他們也隻有死路一條。
大小和卓的叛亂被輕易平定了，但是大清並沒有做到斬草除根。大和卓的兒子薩木克，在大、小和卓滅亡後出逃蔥嶺西邊的浩罕國，大清沒有窮追不舍，隻是每年拿一萬兩白銀，讓浩罕國國王代為監視薩木克。薩木克到是沒給大清添亂，不過他為自己的父親，生了一個好孫子出來，就是同樣很善於折騰的張格爾。
張格爾野心勃勃，時刻夢想在南疆恢複和卓家族的統治，建立獨立國家，為此\"以誦經祈福傳食部落\"。 張格爾繼承祖宗遺誌，一定要搞獨立國家，為此還真沒少努力。早年曾在英國控製的阿富汗首都喀布爾留過學，接受英國人的顧問、訓練和武器。
張格爾在英、俄及浩罕汗國的支持下，潛入南疆發動叛亂，從嘉慶二十五年，一直搗亂到道光十一年。道光六年的一次叛亂規模最大，張格爾率浩罕、布魯特五百餘人，竄回喀什噶爾附近，以禮拜其祖先瑪雜(墳墓)為名，利用南疆各族部民的宗教情緒，集眾萬餘人發動叛亂。先後攻占喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和田等城，自稱賽義德·張格爾蘇丹，準備獨立搞個斯坦。清政府命伊犁將軍長齡調集吉林、黑龍江、陝西、甘肅、四川清軍萬餘人，會師於阿克蘇，組織全麵進攻，相繼收複喀什噶爾等城。道光八年初，張格爾逃至喀爾鐵蓋山被清軍擒獲，解至北京處死，叛亂平定。張格爾這次鬧騰，除了賠上自己一條命，讓許多無辜的官兵戰死沙場之外，還讓浩罕汗國占了大便宜。
浩罕汗國是中亞的大國，實力比較雄厚，雖然也拜過大清皇帝這個區域大哥，但是底下的小動作一直就沒有停過。浩罕汗國保持著對清朝的朝貢，同時與俄羅斯也確定了貿易關係，從而打通了東西方的貿易路線，獲得了大量的經濟利益。因為其與清朝的關係愈加緊密，浩罕商人壟斷了新疆的進出口貿易，使得浩罕汗國成為了中亞最大的貿易國。當時中亞市場上流通的金銀裝飾物，武器甚至日用品都是由浩罕汗國所壟斷。除此之外，從中國出口到西方的茶葉，絲綢，陶瓷器等等，也都要通過浩罕汗國。伴隨著經濟的增長，浩罕汗國也擺脫了處於邊境地區荒蕪的麵貌，加速了社會基本設施的建設，逐漸成為了該地區軍事·宗教·商業的中心。