李仙得無法認可清廷地方官的推托之辭，責備道：“兩百年來，中國人在台灣的活動地區，配合著中國政府施及台灣的行政權力，由西岸以至東岸，逐步擴張，事實上從未承認生番領有其現住土地的主權，西岸的居民，經常販購生番地區的物產，而生番地區出產的樟腦，且成為台灣官府的專賣品，不容外人自由采購輸出，違者則嚴行懲治，所謂生番地區不屬中國管轄的說法，實毫無依據。”
直接與李仙得交涉的福建台灣鎮總兵劉明燈、福建台灣道兼學政吳大廷，則在針對此事給朝廷的奏折裏開頭即稱：“生番之地鳥道羊腸，箐深林密，自來人跡所罕到，亦版圖所未收。我朝設土牛之禁，嚴出入之防，所以戢凶殘而重人命，用意固深遠也。”
這些深受中國傳統天下觀熏陶，而對近代世界領土主權概念一無所知的地方官們，自鳴得意地以為自己找到了一條極好的推托事件責任的理由。
於是在奏折裏一廂情願地認為：“特以人非華民，地非化內，克日圖功，萬難應手，準理度情，洋人亦當見諒。”
這種編民—熟番，—生番的分類治理的方式，及其所衍生出來的“化外”、“化內”的政治話語體係，所依據的都是教化禮儀所及的程度與界限，而與疆界無關。故而，在清廷看來，將台灣東部“番地”描述成“未歸王化”、“生番化外”，並無不妥，而且可算是一次很值得借鑒的成功交涉。
美國領事李仙得卻無法見諒，他理解不了清廷官員的天下觀，隻能將番地未歸王化理解成清廷地方官的狡辯：“番地非中國領土，故中國對番人殺害美國船員不負責任”。
在李仙得看來，這種推托責任的方式，簡直不可理喻。
心懷叵測的日本玩弄清廷陳舊的天下觀自然，這正是日本人所希望的清廷的反應，台灣地方官絲毫沒有意識到此事關乎中國在台灣東部番地的領土主權。
直到5月，清廷才洞悉日本的真正意圖。日軍討“番”統領西鄉從道將出兵台灣的照會送直閩浙總督李鶴年處，出乎意料地遭到了李的強硬反擊。
李於5月11 日後連續照會西鄉從道，稱：“本部堂查台灣全地，久隸我國版圖。雖其土著有生熟番之別，然同為食毛踐土已二百餘年······查萬國公法雲：凡疆內植物、動物、居民，無論生斯土者、自外來者，按理皆當歸地方律法管轄。······據此各條，則台灣為中國疆土，生番定歸中國隸屬，當以中國律法管轄，不得任聽別國越俎代謀。茲日本國中將照會，以台灣生番戕殺遭風難民，奉命率兵深入番地，殛其凶首，以示懲戒。在生番迭逞悍暴，殺害無辜，即按以中國之法律，亦所必誅，惟是台灣全地素屬中國，日本國政府並未與總理衙門商允作何辦理，逕行命將統兵前赴，既與萬國公法違背，又與同治十年所換和約內第一、第二兩條不合。”
李鶴年態度的突然強硬，緣自西方國家對清廷的提點：最先是英國駐華大使威妥瑪於4月18致函總理衙門，告知清廷日本出兵台灣一事，並在信中詢問“生番居住之地，是否隸入中國版圖”；稍後，英、法兩國使節以及總稅務司赫德也先後前往總理衙門，詢問台灣生番所居之地是否中國領土。
尤其重要的是，英國通過駐華使節，將來自英國駐日大使巴夏禮獲知的信息告知中國：“內稱據東洋意見。台灣島自某處迪南，皆不隸中國版圖之內”。
威妥瑪強調，清廷對台灣番地主權等認定，與英國針對此事的外交態度密切相關。如果中國認為番地不屬於中國版圖，則英國政府對英國民眾協助日本出兵台灣不做任何限製；如果清廷認定台灣屬於中國版圖，則英國政府將明令禁止英國民眾參與日軍出兵台灣一事。法、美各國所持意見，與英國大致相似。
緣此，清廷於5月14日發上諭，聲明：“生番地方，本係中國轄境，豈容日本窺伺。”