和袁崇煥這邊勢如破竹形成鮮明對比的是在平戶艱苦支撐的鄭芝龍，自從第一次擊退鬆浦信隆之後，鬆浦信隆也采用了夜襲戰，地道戰等各種手段，但是收效甚微，還白白耗損了不少士兵，幾次不成功的戰術下來，鬆浦信隆終是明白，在李旦已經做好充分的準備之下強攻，肯定是要付出慘重的代價的，況且鬆浦信隆也沒有這個資格，沒有這麼多實力強攻，因此鬆浦信隆便不斷的派出零散部隊騷擾鄭芝龍，把鄭芝龍和李旦折騰的連著幾個晚上沒得睡覺！
還好這種情況沒有持續多久，伴隨著袁崇煥的水師輕鬆攻占下關城，整個九州島的倭國藩主便著急起來，特別是明朝分散在倭國的錦衣衛密探開始到處散播傳言，聲稱大明天朝準備整頓朝貢關係，倭國不但不服王化，縱容臣民侵襲大明沿海，而且肆意進攻大明屬國朝鮮，強迫大明屬國琉球進貢，嚴重打亂大明的朝貢製度，甚至挑釁天朝威嚴，現在大明上至聖上，下至黎民百姓，群情激憤，於是大明準備興兵三十萬，征服蠻夷之國日本，而願意歸入大明成為大明屬國的各個藩主隻要罷兵迎接大明軍隊，以前的一切罪行便既往不咎，要是敢負隅頑抗者，滅族也是可能的事情。
這種的流言顯然還是有些作用的，說來德川家也是篡位者，像九州島上的十幾個西部藩國是三十年前反抗德川家康篡位的主力，雖然那時領頭反抗德川家康的石田三成和毛利輝元在戰敗之後已經被德川家康處死，但是西部藩國抵抗德川幕府的情緒還是十分嚴重的，特別是這些藩國的大名不但地位上比不上德川幕府的親藩（德川造反前跟隨德川的家臣），連加入幕府擔任職務的資格也沒有，而且平時繳納的稅務還比較繁重，這些不公使這些倭國的藩主非常不滿，如今到了選擇賣命還是保命的地步，自然是招招小心，唯恐不小心走錯了一步……
當然做出這些選擇顯然是很難的，正當九州島上的各個藩主正在為自己和自己的，還有屬下的臣民的命運發愁的時候，大明三路水師的第二路也已經到達倭國的平戶海域，當然這次倭國的水師學的很乖，本就為數不多的倭國水師早就躲的遠遠的，唯恐在海上一炮未發便被擊沉了。
沒了倭國水軍的阻擋，孫元化顯然沒了什麼顧忌，先行的十幾艘三桅炮船和幾十艘大福船先圍住平戶港把平戶港上那幾個可憐的炮台狠狠的轟炸了一番，直到那些炮台被炸成一堆黃土，然後幾十艘平遼水師的艦船擠進了平戶港，開始將第一批幾千水師投放在平戶港，接著幾千水師很快的便將早就殘敗不堪的平戶港占領，而離平戶港不遠的李家莊園便算是徹底解放，原本起事前的兩千多莊丁，除了戰死了三百多個，大多數安全捱到了勝利曙光的來臨，而鄭芝龍的任務也是順利完成，隻待這仗打完便可以回京複命。
不過打完這仗也不是一時的事情，倭國軍隊的戰鬥力雖然遠遠比不上大明軍隊，但是卻是比較野蠻的民族，陸續海運而來的五萬多平遼水師顯然沒有控製整個九州島的實力，而朱由校顯然沒有繼續向倭國投放軍隊的能力，十幾萬精銳在大明這個動蕩不已的時刻顯然已是極限，這種情況決定了朱由校對倭國的戰鬥策略便是蛙跳戰略，而且朱由校給征倭戰役還起了一個‘蛙跳倭國’的名字，利用大明強大的水師還有強大的艦船規模，對倭國沿海的各個戰略目標進行蛙跳戰役，迫使倭國簽訂城下之盟，然後再利用各種和平演變的政策削弱分化倭國，最好讓倭國重新進入戰國，大明賣些廢舊軍火，發些小財！
戰爭畢竟隻是一種手段，純粹的殺戮對一個先進文明的民族來說實在不應該是一個主要的手段，對付倭國這種大麻煩，永絕後患的最簡單方法自然是殺光、燒光和搶光，但是這還是人做的事情麼！朱由校這次征倭戰爭的最終目標卻是把倭國分成五六個國家，這樣便可保大明東方五百年的安寧！
不管設想的如何完美，但是計劃是永遠跟不上計劃的，這仗打了一個月，明軍的進度也僅僅是占了兩座城池而已，但是就是這麼兩座城池的失守，整個倭國的便已經陷入了一片恐慌之中，一種亡國滅族的恐懼不停的在倭國人的心頭中蔓延，與此相反的卻是大明國內，戰爭總是轉移百姓注意力的工具，正當大明的各個機構在進行激烈變動的時候，百姓飯餘茶後談論的卻不是朝廷的各種變動，而是言語激昂的爭辯著大明軍隊在倭國的戰鬥進展！