不過朱由校並不指望蒙古的牧民能夠一勞永逸的解決，就是如今在遼東屬於少數民族的女真人也沒有真正融入大明的統治中來，收複遼東已經有五年了，五年來，朱由校對遼東的和平演變，文化影響絲毫沒有鬆懈過，但是這些對於那些智力成熟的成年人來說，是絲毫沒有作用的，隻有經過幾代人的時間，女真人才會徹底的融入大明的文化圈！
大明天啟六年九月，朱由校禦駕親征蒙古，調動大軍三十五萬，分成兩路大軍，一路為遼東攻勢，由李之藻率領遼東十萬大軍出征，另一路為大同攻勢，由朱由校率領九邊和京營二十五萬大軍由山西大同出兵，兩路大軍進入蒙古境內之後，蒙古部落紛紛避開鋒芒，或是整族搬遷而走，或是上表依附大明，而蒙古境內的幾個大部落卻是集結部落中所有男子，湊齊四十萬士兵，準備與大明決一死戰！
如果說明軍當初和後金的戰鬥屬於菜鳥火器部隊和精銳騎兵的對決，隻有一線的差距，還有勝負的懸念，而如今明軍和蒙古的戰鬥便是火器部隊和騎兵的對決，整整差了一個時代，怎麼能夠不形成一邊倒的情形，再加上蒙古士兵糧草缺乏，士氣低落，明軍兩路大軍在經過幾次狙擊戰中大勝之後，蒙古林丹汗便麵臨著調動不力的局麵，一方麵，蒙古部隊不願意明朝勢力進入蒙古草原，奪去自己的地位，而另一方麵，明軍強大的武力又使得蒙古各個部落首領清楚認識到自己抵抗的脆弱性，更不願意聽從林丹汗的調動，去當明軍的炮灰！
一方積極主動，一方四處流竄，勝負已無懸念，朱由校的部隊不是移動緩慢的步兵，而是移動稍微遜於騎兵的車營部隊，更何況車營部隊中同樣搭配著數量可觀的騎兵，這些騎兵之中有著數量眾多的後金騎兵，這些為了贖罪而在軍中服役的後金騎兵在明軍的炮火支援之下更是凶猛，加上明軍在對後金的作戰之中積累了大量的作戰經驗，對於騎兵來去如風的作戰方法也甚是熟悉！
大明天啟六年十一月，蒙古草原上正是天寒地凍之際，明朝二十萬大軍將蒙古林丹汗的二十五萬大軍堵截於林丹汗的主營地呼和浩特，發生激戰，明軍經過半月的圍攻終於擊潰林丹汗大軍，蒙古二十五萬強行征集的士兵頓時化為烏有，林丹汗陣亡，其母率領林丹汗所轄的察哈爾部落投降明朝，察哈爾部被征服，隨著林丹汗的滅亡，其屬喀喇沁、土默特和鄂爾多斯諸部，亦盡皆歸附，然後朱由校三十五萬大軍分成數路，四處征戰漠南蒙古，大小蒙古部落紛紛歸附，整個征服戰役一直維持到大明天啟七年六月才算完成，自此，漠南蒙古科爾沁、劄賚特、杜爾伯特、巴林、劄嚕特、奈曼、喀爾喀、茂明竅、烏拉待、喀喇沁、烏珠穆沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等部全部納入明軍勢力範圍，漠南蒙古為明朝所統一。
和艱苦的統一戰爭相比，蒙古土地的管理顯然更讓朱由校頭痛，好在朝廷的理藩部已經有了女真工作的經驗，在朱由校大軍所到之處，便有大量的明軍官吏接踵而至，進行各種安撫重建工作！一時間，各地雖然小叛亂接連不斷，但是明朝的統治卻是十分穩固，加上蒙古歸入大明版圖之後，原本規模受禁的茶馬市和日常貿易已經全然取消，各個部落所在的駐地有大量明朝商人轟湧而至，原本十分缺少的生活物資突然出現，使得不管是蒙古的貴族還是平民的生活水平都大幅度提高，特別是明朝還給很多蒙古人提供移民服務，讓一些蒙古人到明朝統治已經十分穩固的遼東地區居住，除了這些，朱由校還大量安排以前的蒙古部落首領擔任沒甚實權的各種虛職，而且明軍在統一蒙古之後九邊的軍事壓力大幅度減輕，兵力全部外移，在蒙古駐紮了十一個精銳通州師還有其他各種部隊四萬多人，總計十七萬部隊集中在蒙古。各種優惠條件和強力統治之下，蒙古已經失去了再分裂的能力，問題在於要多久才能完全同化與明朝的統治之下……