另一方麵，IBM公司和蘋果公司的聯盟也並非毫無保留。他們知道蘋果是一匹狼，一旦打敗了微軟，馬上就會轉頭對付自己。因此，兩家公司雖然注冊了兩個聯營公司，企圖研發出更先進的操作係統，並在多媒體上一展拳腳，但仍然互相提防，不能全力應戰。
1995年，蘋果公司對微軟公司的訴訟雖然仍在繼續，但在商言商的比爾·蓋茨和史蒂夫·喬布斯仍然照做生意。比爾·蓋茨甚至還勸服蘋果公司將新開發的機子采用微軟的NT係統。
蘋果的訴訟也在這一年有了結果，最終微軟取得了完勝。但沒有誰是市場的常勝將軍，微軟與蘋果的合作與紛爭仍在繼續。
1997年10月，業內的市場爭奪居然打到了業外，美國司法部開始著手調查微軟公司的壟斷企圖。而且，新的指控仍在繼續，司法部指控微軟公司將瀏覽器綁定在操作係統上銷售，對其他同類產品進入市場造成危害，也是一種壟斷行為。
司法部甚至聯合了20個州提交對微軟的指控，內容幾乎涉及到微軟的所有產品，但證據卻十分單薄，訴訟使微軟不能繼續開發被指控的產品。比爾·蓋茨十分惱火，他代表微軟公司斥責法庭試圖妨礙其開發新產品，司法部則因此指控比爾·蓋茨藐視法庭。
（四）
矛盾升級到白熱化的地步，關於微軟的官司進展幾乎天天見諸於報端。大家覺得事態嚴重，應該改變策略。於是，比爾·蓋茨的律師團智囊之一布拉德福德·史密斯提出了一個可行性方案。
史密斯十分形象地用一張PPT說明了自己的觀點：現在是謀求和平的時候，微軟應該改變自己的法律策略和商業行為，以改善與當局和對手公司的關係。
這句話打動了比爾·蓋茨。隨後，蓋茨任命布拉德福德·史密斯為微軟公司的全權法律代表。
從2000年開始，微軟便以全新的姿態站在了法庭上。它提倡加強和對手公司的合作，共謀天下。自此，微軟公司的官司也迎來了自己的雙贏時代。
從2000年至2005年，微軟共解決了24起訴訟案，為此支付了大約50億美元的賠償費用，賠償的對象包括司法部、美國在線華納公司、Sun電子計算機公司等。
微軟這種破財免災的新策略使公司贏得了良好的口碑，並且緩和了與司法部的關係，與各競爭對手也開始融洽相處了。法庭上唇槍舌劍，法庭下握手言和的畫麵時時出現。
合作也為微軟公司帶來了更多的機遇。2010年，英特爾公司、微軟公司和NEC公司三家公司達成戰略合作關係，為全球市場提供集成數字標牌產品。這樣一來，英特爾公司也可以有實力與自己的對手AMD抗衡。
隨後，微軟還和新的合作夥伴索尼公司、摩托羅拉公司合作，共同挑戰數字音樂領域的明星——蘋果公司。
越來越深入的合作，讓微軟公司贏得了新的競爭領域。
微軟的領袖比爾·蓋茨也越來越成熟。不知從何時開始，他已經從那個意氣風發的少年轉變成而今談吐得體、謙虛有禮且溫文爾雅的比爾·蓋茨了。
在與人交談時，蓋茨依然會微微前傾身體，用充滿力度的手勢配上平和的語調講述他的見解。他越來越會運用他的招牌式微笑感染所有的人。
比爾·蓋茨的這些轉變也讓微軟用更加平和的姿態化解昔日的敵人，並用這樣的方式為公司“招來”了眾多的合作夥伴，從而促進了雙方的共贏。握手言和讓微軟的事業騰飛，也讓微軟的領域更加擴大。這接連不斷的訴訟不但沒有將微軟公司擊倒，反而讓公司資產獲得了越來越穩固的增長。
2002年6月截止的上個財年，微軟公司總收入達283.7億美元，有78個國家和地區的業務範圍，員工遍布全球，其總數超過5萬人。截止於2008年，微軟公司收入近620億美元，在78個國家與地區的雇員總數超過了9.1萬人。
比爾·蓋茨一手締造的微軟帝國已經問鼎世界。