為了對付西班牙的反抗，拿破侖先後調集了30萬大軍去西班牙鎮壓。而此時，英國也開始行動了，他們在裏斯本登陸，將法軍趕出了葡萄牙，使這裏成為反對拿破侖的基地。英軍與西班牙義勇軍聯合起來，使法軍遭受沉重打擊，軍心渙散，士氣低落。
拿破侖決定親率大軍去掃平整個伊比利亞半島。9月4日，拿破侖命令陸軍大臣克拉克提前征召兩批各為8萬人的新兵，這是自1799年以來數量最大的一次征兵活動。拿破侖將新兵補充到德意誌和意大利方麵軍的軍營，而將老兵抽調出來，支援西班牙方麵軍。
10月26日，拿破侖率領法國部隊進入巴榮納。11月8日，在維多利亞，拿破侖製定了新的對西班牙的作戰計劃。幾個小時之內，整個戰爭機器再次運轉起來。
這時，西班牙人的部隊狀況給拿破侖的反攻提供了良機。西班牙各種正規和非正規軍隊的部隊已達11.5萬人，但裝備惡劣，紀律鬆散，缺乏集中的指揮和參謀機構，各地方指揮官互相嫉妒，難以合作。
在這種形勢之下，拿破侖命令維克托、蘇爾特和勒菲弗爾三個軍團向西作寬廣的掃蕩，將西班牙人全部趕出去。三個軍團不負所望，一路如秋風掃落葉一般橫掃過去，西班牙軍紛紛潰敗。12月4日，法軍攻下馬德裏。
隨即，拿破侖又率軍掉頭，向西北進軍，將英國人趕出了大海。
1809年1月3日，拿破侖將指揮權移交給蘇爾特，自己火速趕回辦巴黎，因為有報告稱：奧地利再次向法國發起進攻。蘇爾特與內伊會合後，追擊撤退的英軍，但英軍主力已安全登船撤離西班牙。
拿破侖以為已經完全征服了西班牙，但西班牙的戰爭遠未結束，反法烈火在1809年春依然熊熊燃燒。英勇無畏的西班牙人拖住了拿破侖30萬的精銳部隊，從此拿破侖不得不承受因自己的野心而帶來的沉重負擔。
（三）
1805年奧地利在奧斯特裏茨戰敗後，一心不忘複仇。奧國任命查理大公為陸軍部長，整編了4萬常備軍，24萬預備軍，後來又編成34萬新軍，軍事力量逐漸恢複。
現在，奧地利發現自己的機會來了。西班牙的起義成為拿破侖甩不掉的包袱，駐紮在中部德意誌的法國大軍團頻頻西調，法軍陷入西班牙的泥沼中無法自拔。
1808年9月27日，拿破侖與俄國沙皇亞曆山大一世會晤，提出讓亞曆山大一世在奧國開始軍事行動前積極反對奧國，但亞曆山大卻不想履行這一義務。
1809年2月8日，奧地利國王弗朗西斯決定對法開戰。4月9日，擔任奧軍總司令的查理大公率領4個軍共14萬人，越過萊茵河，進入巴伐利亞，照會巴伐利亞總司令，向萊茵河同盟國開戰。
拿破侖從未經曆過如此危險的軍事情況：他的30萬精銳部隊被牽製在西班牙戰場上，因此他不得不提前在法國征召新兵，同時又從德意誌各國強迫征兵10萬來補充軍隊，這也讓軍隊質量因此而下降。而奧地利卻集結了全部力量，同心同德，要將拿破侖打垮。
不過，拿破侖仍然對戰鬥充滿信心，他在出征前說：
“兩個月以後，我要讓奧地利放下武器。那時如果需要的話，我將重新完成在西班牙的旅行。”
法奧的第一次大戰是在巴伐利亞的阿本斯貝格進行的，奧軍被擊退，損失1.3萬人。第二次戰役是在4月22日在艾克繆爾發生的，奧軍再次被擊敗，被迫北退至累根斯堡。
次日，拉納元帥在完成迂回之後，開始強攻累根斯堡，拿破侖親臨現場指揮。這場戰鬥進行得異常激烈，拿破侖的腳部也被敵人的炮彈打傷了，但他卻在傷口被包紮後再次躍身上馬，飛馳著去檢閱部隊。
累根斯堡終於被攻下了！拿破侖忍著劇痛，帶著微笑向那些歡呼的士兵還禮。與此同時，法軍在泰根、蘭茨胡特也相繼取得勝利。5天當中，拿破侖贏得了5次血戰的勝利。
奪取累根斯堡之後，法軍主力經多瑙河右岸直驅維也納。將士們對維也納城展開激烈猛擊，奧軍倉皇逃竄。5月13日，拿破侖進駐被炮兵摧毀的奧地利首都維也納，並在市中心西南3英裏的肖恩布魯恩宮建立大本營。這也是拿破侖在 4 年之內第二次占領奧地利首都。
此時，奧皇已逃往波希米亞，查理大公的軍隊也在多瑙河北岸隱藏起來，並炸毀了河上的所有橋梁，準備與拿破侖展開曠日持久的周旋。而拿破侖想一勞永逸地粉碎奧軍，便不顧危險，貿然架橋渡河作戰。
5月20日，浮橋架設完畢，法軍立即開始渡河與奧軍作戰，並占領了附近的兩個村莊。21日至22日，法軍再次與奧軍發生激戰，結果損失慘重。這次戰役，也是拿破侖遭受過的第一次真正的失敗。此外，這次戰役還使他失去了英勇善戰的元帥拉納將軍。