新疆的地緣政治隨著曆史的推移、周邊政治地圖的變遷而發生變化，並呈現不同的時代特點。
地緣政治關係是國際關係的重要內容。新疆的地緣政治因素是獨特的、動態的，隨著曆史的推移、周邊政治地圖的變遷而發生變化，並呈現不同的時代特點，對中國西部安全和新疆社會政治穩定，也產生不同的影響和作用。
晚清：重新疆者所以保蒙古、衛京師
在古代，新疆以西的境外，沒有出現過能向中國中央王朝挑戰的敵對勢力。但19世紀中葉以後，隨著西方列強特別是英、俄對亞洲大陸的擴張加劇，新疆麵對的國際環境發生重大變化。英國殖民主義者由印度殖民地北上，沙俄則由西伯利亞南下，雙方在中亞直接對峙，新疆從此處於英、俄兩大殖民勢力的夾擊之下。
也就是在沙俄大舉征討中亞之時，1865年中亞浩罕汗國(在今烏茲別克斯坦)軍官阿古柏入侵南疆並建立政權，得到英國支持。1871年沙俄趁亂攻入北疆，霸占伊犁。新疆陷入被肢解、瓜分的嚴重危機之中，一方麵清朝統治受到沉重打擊，但另一方麵，新疆畢竟未被瓜分出去。事實上，在棄還是收新疆這樣的大事上，清廷內有過激烈的爭論。左宗棠站在清帝國生死存亡的高度，力主規複新疆。他指出，“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師”，中國西北地區猶如手臂與手指一樣是相互關聯的整體，新疆不穩，蒙古也將不安，不但陝、甘、山西一帶時刻可能遭到侵擾，而且直隸北部京畿重地亦將無晏眠之日。
重新疆者所以保蒙古、衛京師——這既是對新疆戰略地位的確認，也是對當時新疆地緣政治形勢與國家安全關係的冷靜分析。在此後20年，西方人方才構築起地緣政治學的一些基本理論，而左宗棠的這段地緣政治的精彩分析，時至今日仍令人歎為觀止！
值得一提的是，英國地緣政治學家麥金德在1904年提出歐亞“心髒地帶-樞紐區域”的著名三段論：誰統治了東歐，誰就主宰了心髒地帶；誰統治了心髒地帶，誰就主宰了世界島；誰統治了世界島，誰就主宰了全世界。這一名言中的“東歐”，指稱的是廣闊的歐亞腹地，或認為這個“心髒地帶”也包括了中國的新疆。這裏是“亞洲的樞紐”和“亞洲內陸的十字路口”。這說明中亞和我國的新疆在西方殖民者眼中的重要地位。當然，“心髒地帶”和“世界島”的預言未必正確：當年的蘇聯既控製東歐又統治中亞的大部分，卻並未能主宰世界。
民國時期：孤懸塞外強鄰虎視
辛亥革命爆發不久，在沙俄唆使和武力支持下，外蒙古上層於1911年12月宣布獨立，建立“大蒙古帝國”。這一事件直接威脅到新疆的安全。1912年剛剛就任新疆督軍的楊增新將軍指出：新疆孤懸塞外，自清朝開辟西域直至改建行省，中原對新疆的投入早已不可勝數，而目前麵臨強鄰虎視和外蒙古的狼貪，“隻怕此一大好河山即將淪於異族之手”。
楊增新此所謂的“孤懸塞外”，是辛亥革命後整個民國時期新疆地緣政治的基本形勢概括。此時的新疆麵臨左右兩個方向的威脅。
右麵是外蒙古“獨立”。1913年6～7月，俄、蒙軍進犯新疆阿勒泰，新疆省軍迎頭痛擊，守住了這片疆土。俄國十月革命後，外蒙古地區成為俄國白匪軍活動的天地，俄國白匪軍與日本帝國主義相勾結，積極推行“大蒙古計劃”，企圖建立日本卵翼下的傀儡國。1921年蒙古人民革命黨領導的人民革命勝利，建立君主立憲政府，1924年11月成立蒙古人民共和國。
左麵是蘇聯的五個中亞民族共和國的相繼建立。十月革命後，沙俄遺留下的民族殖民地是蘇俄首先麵臨的問題。蘇俄認為解決這一問題的關鍵是承認“民族自決權”，具體說，就是在邊疆民族地區組建獨立的民族國家，然後在社會主義的旗幟下實現“重新聯合”，建立蘇維埃聯邦。楊增新立即認識到，蘇俄“所倡之回教獨立問題，不分國界，實大有影響於新疆”，新疆回教各種族“與俄邊境種族姻婭往來，關係密切，將來俄屬回族(指伊斯蘭教各族)獨立，既成潮所激，殊覺危險”，因此“目前最當嚴防者，惟此回教獨立問題”。
這樣看來，這位新疆督軍早在1920年就已深切地感受到來自中亞的“民族自決”思潮的衝擊。而如果說“民族自決”在新疆還是個比較抽象的說法，那麼，泛伊斯蘭主義和泛突厥主義在分裂新疆過程中已有著具體的鼓動內容。泛伊斯蘭主義鼓吹的是以伊斯蘭統一全世界，其基本原則是宗教的；泛突厥主義則蓄意在當今世界虛構一個“大突厥民族”，並以此建立一個“大突厥國”，其基本原則是民族或種族的。1933年和1944年，在南疆喀什和北疆的伊犁先後建立了兩個“東突厥斯坦共和國”，就是“雙泛”孕育出的怪胎。前者是英帝國主義一手策動的，後者則是當年蘇聯出自利己的沙文主義動機插手“三區革命”的具體表現。