從1911年至1949年的民國時期，“孤懸塞外”的新疆的地緣政治環境十分險惡，其間還有多次中亞難民流入事件、白俄敗兵竄入事件、蘇聯紅軍多次入新事件和1947年中蒙北塔山戰事。新疆不僅孤懸塞外，而且民族宗教情勢極為複雜、在“三北“(東北、外蒙古和西北)中處境最微妙，但最終並未像外蒙古那樣分裂出去。
從友好的後院到“反修前線”
1949年新中國建立，新疆和平解放，1950年，中蘇簽訂友好同盟條約，開始了中蘇兩國最友好的時期。這一時期，新疆和中亞作為中蘇兩個友好的社會主義國家的後院，政局穩定、經濟發展，其間經濟關係發展、人員友好往來。印度也在二次大戰後獲得獨立，成為中、蘇友好鄰邦。整個20世紀50年代，新疆的地緣政治關係十分和諧，是曆史上最好的時期。
20世紀50年代末，中共和蘇共在意識形態領域發生意見分歧，後來竟發展到中蘇兩國之間的尖銳對抗。1962年春，蘇聯駐新疆領事館引誘、煽動、脅迫中國公民逃蘇，製造了“伊塔事件”。其後蘇聯大量增兵中蘇、中蒙邊境，至1975年，在中蘇邊境和蒙古駐軍達45個師近百萬人。在中蘇關係急劇惡化之時，中美關係一直高度緊張，時值國內又遭受三年自然災害，台灣的國民黨叫囂反攻大陸，印度又趁機挑起中印邊界戰爭，西戰場就在新疆西南緣的阿克賽欽地區。
1969年，蘇聯已完成從東歐向中亞調動戰略轟炸機的部署，還將大量核彈頭瞄準了中國，實施核訛詐和武力威脅。1979年，蘇聯悍然出兵阿富汗，對新疆已形成三麵包抄之勢，“新疆的主要危險來自蘇聯現代修正主義”這一判斷表明，中國不得不認真地看待新疆所麵臨的惡劣的地緣政治環境。這種狀況一直持續到20世紀80年代中期中蘇關係緩和。
中蘇對抗時期，蘇聯在阿拉木圖和塔什幹的電台每天以四至六小時交替使用維吾爾語、哈薩克語對新疆展開反華宣傳，廣播各類文章兩萬餘篇、3000萬字之多，鼓吹“維吾爾的祖國是東突厥斯坦”，煽動維吾爾族“民族自決”，像蘇聯那樣建立民族共和國。這些反華宣傳和分裂破壞活動給新疆穩定帶來嚴重影響，突出表現在1969年破獲的“東突厥斯坦人民革命黨”的暴亂事件。該黨的章程稱“要依靠蘇聯武裝奪取政權”。20世紀80年代，新疆民族分裂主義開始活躍，有多方麵的因素，其中可以肯定的是，它與蘇聯在20世紀60～80年代以民族為題的反華煽動是脫不開幹係的。
1972年後中美關係開始了正常化進程，多少牽製了蘇聯對中國“北方威脅”的壓力，也多少緩解了新疆地緣政治的惡劣環境。
三個動向和三個主義： 國際反恐怖第一線
1991年蘇聯解體，結束冷戰時代。在後冷戰時期，國際關係格局尚未定型，原先被掩蓋的民族和宗教矛盾凸現並呈失控狀況，表現出以下三個動向：
其一，美國為首的西方在尋找新的“敵人”。“中國威脅論”、“即將來到的美中衝突論”等不脛而走。
其二，世界性的民族分離主義泛濫。隨著蘇聯解體，在民族自決口號下出現了世界性的民族分離主義高潮。不但蘇聯一分為十五、南斯拉夫一分為五，在巴爾幹、外高加索和中亞，民族分離主義泛濫之勢仍在繼續。
其三，伊斯蘭原教旨極端主義泛濫。20世紀70年代末中東地區興起當代伊斯蘭複興運動，並很快地蔓延至北非、中亞、南亞、東南亞的廣闊地帶。伊斯蘭原教旨極端主義運動是政治化、組織化和恐怖主義化的伊斯蘭運動，其本質是極端政治運動，而不是宗教運動。其基本特征是：通過鼓吹“聖戰”思想實施恐怖主義，以達到建立由宗教精神領袖統治的政教合一的神權政權的政治目標。在“聖戰”的狂熱鼓動下大搞血腥的恐怖活動，是對政治與宗教分離、世俗化進程的反動，因而也是當代國際政治最嚴重的問題。