科布多東接喀爾喀蒙古的紮薩克圖汗部，有驛道直達烏裏雅蘇台，西通塔爾巴哈台、伊犁，南通迪化、巴裏坤，北鄰唐努烏梁海，西北與沙俄接壤。
如今這座古城遭到了庫倫叛軍的圍攻將近一月，城內守軍英勇善戰，悍不畏死，始終沒有給裝備精良，甚至還有沙俄軍隊參與其中的叛軍任何的機會。
沙俄外交人員竟然威脅地方滿清官員，如果幹派援軍，那麼沙俄將會派軍隊進入新疆作戰。
溫生才與蔣方震到了伊犁後，宣布新疆正式獨立，籌建政府，遵從南京方麵的領導，並且籌建伊犁軍區，將來負責青海甘肅等地的防務。
沙俄方麵強烈抗議革命軍進入新疆，揚言要出兵幹涉，並且不斷在邊境製造事端，尤其是在唐努烏梁海等地。
1860年，沙俄利用第二次鴉片戰爭之機，逼迫清朝簽訂了《中俄北京條約》，在此基礎上於1864年又迫使清朝簽訂了《中俄勘分西北界約記》，侵占了唐努烏梁海地區西部的阿穆哈河地區。1869年，中俄兩國代表在唐努烏梁海地區西部建立了八處分界牌博，並簽訂了《烏裏雅蘇台界約》，完全劃定了中俄兩國在該地區的國界。
阿穆哈河地區雖然被沙俄侵占，但薩彥嶺以南、沙賓達巴哈至博果蘇克一線以東的唐努烏梁海盆地仍然是中國的領土，沙俄開始改變策略，通過掠奪性貿易、非法開采金礦、非法移民等途徑向唐努烏梁海地區滲透。盡管唐努烏梁海人民不斷掀起反抗鬥爭，但沒有遏製住沙俄勢力的滲透勢頭。
到去年為止，沙俄在唐努烏梁海地區的工商和礦業達到了80家，居民點多達166個，移民有5000餘人，確定了烏辛斯克邊務官管理移民事務，以及設立教堂和學校。
外蒙古獨立後，在沙俄商人的唆使下唐努烏梁海地區發生了搶掠內地商號的事件，內地商人紛紛逃離該地。
之後，在沙俄慫恿和支持下，唐努旗副都統貢布多爾濟宣布屬下的三旗“獨立”，並請求沙俄出兵占領唐努烏梁海地區各要地。
貢布多爾濟的行經並沒有得到屬下的讚同，薩拉吉克、托錦兩旗即表現出強烈反對，不過各旗卻聽從了外蒙古哲布尊丹巴集團的招撫。
局勢的變化雖然為沙俄提供了機會，但唐努烏梁海各旗加入外蒙古反叛集團卻打亂了沙俄吞並唐努烏梁海地區的計劃，因為沙俄想直接占有該地區，而不是讓其“獨立”。
蔣方震帶部隊迅速馳援科布多，並且宣布接管唐努烏梁海地區的防務，要求唐努旗副都統貢布多爾濟取消獨立。
沙俄迅速作出反應，在邊境集結軍隊，聲稱要給蔣方震一點顏色看看。
同時大量的沙俄移民開始進入唐努烏梁海，並且派出了大批的警察，妄圖實現對唐努烏梁海全境的實際統治。
在這種情況下，李秉衡命令熊成基親自帶部隊進入新疆，馳援蔣方震，防止出現與沙俄的軍事衝突。
吳祿貞在奉天忙著籌建東三省的各級地方政府，並且編練軍隊，但也沒忘記防範內蒙各旗的叛亂，積極聯絡內蒙王公首領，爭取他們的支持。
同時調動部隊，駐防在哲理木盟各地，隨時準備撲滅叛亂，積極練兵，做出赴庫倫平叛的態勢。
至此內憂外患之際，南京的各方勢力開始選擇互相讓步，一切以國事為重。
在武漢首義元勳們的要求下，黃興將出任首屆政府的陸軍總長，李秉衡同時提議由黃興兼任正在籌備中的總裝備部部長。
“我國軍工科技落後，導致軍械各項受製於外人，每年耗費頗具，而且無法滿足將來需求，所以要盡快建立總裝備部，負責國防科技與軍工體係的建立，擁有獨立自主的武器製造研發能力。”
黃興對於這個總裝備部舉雙手讚成，當日在漢口之敗，正是由於機槍與火炮落後於北洋軍，後來在得到了南械之後，才與北洋軍有一拚之力。
讓黃興這樣公正廉明又一心為公之人來負責總裝備部，李秉衡也相當放心，而且南華畢竟能力有限，需要由國內來承擔軍工製造方麵的壓力，並且在一戰中分享戰爭紅利。
孫中山一一說服了汪精衛與胡漢民等人，作出了重大讓步，新政府將實行責任內閣製，他願意出任名義上的國家元首?——總統。由李秉衡來組閣，行使國家權力。
“治理國家我是不行的，光華在行，我承認我不如他，眼下需要經濟建設，除了光華，還有誰有這樣的本事，誰不服氣，那麼就來試試。”
此時，各方勢力擱置了南華問題以及政黨問題，為了不引起列強的不安，南華暫時不並入中國，暫時不實行政黨政治。
在南華，經過國會選舉，徐錫麟正式出任南華總統，改政體為總統共和製，由柏安深出任國務卿。
李秉衡安下心來，開始思考接下來的布局，在他親自勸說，並且許諾上海成立直轄市之後，陳其美已經服軟，願意出任上海市長，交出軍權，安心發展上海經濟。