6月10日，江蘇、上海、浙江、福建、江西、廣東、廣西、雲南、貴州、四川、湖南、湖北、西康、西藏、新疆、奉天、黑龍江、吉林、陝西、山東、海南等21個省市代表悉數到場開會，認為非常時期當行非常之政治，首先達成一致，每省市為一票，選舉出內閣總理，由內閣總理組閣，內閣向國會負責，向總統彙報。
李秉衡不想讓總理受到太大的製約，但也不想過分的無製衡，為將來考慮，自己隻有犧牲一些，隻要他能做出政績，相信將來會得到最大限度的支持。
大會由浙江代表湯爾和為議長，廣東代表王寵惠為副議長，江蘇代表袁希洛為書記。首先由議長湯爾和宣布開會，並報告我國數千年專製政體已告結束，共和政體已經實現，大家熱烈鼓掌。
中華民國正式成立，隨後即進行選舉，孫中山出任總統一職，李秉衡以十七票當選總理，受命組閣。
李秉衡沒有立即提交內閣名單，而是加速了立法過程，照道理他是無權過問的，但是由於他的影響力與權威性，政府的各項職能被迅速的確立下來。
其中總統的權力被削弱到了最低，對總理的製約也被削弱，方便他接下來進行大刀闊斧的改革。
11日，李秉衡提交了內閣名單並獲得通過，陸軍部總長：黃興，次長：吳祿貞，參謀總長：蔡鍔。海軍部總長：薩鎮冰，次長：湯薌銘。司法部總長：伍廷芳，次長：居正。財政部總長：廖仲愷，次長：陳錦濤。外交部總長：陳友仁，次長：王寵惠。內務部總長：李燮和，次長：居正。教育部總長：蔡元培，次長：章炳麟。實業部總長：張謇，次長：虞洽卿。交通部總長：秋瑾，次長：於右任。
這份名單也薩費苦心，兼顧到了各方麵的勢力，由於他對湖北方麵的政治人物在之前的種種行為尤為失望，所以武漢首義元勳獲得的政治利益是最小的，這也引起了他們的不滿，但是形勢不由人，隻能忍氣吞聲。
除了吳祿貞不能到任，張騫借故推遲到任，其他人都立即響應，開始行使權力，籌建政府機構。
國會開始確定國徽國旗等事，李秉衡則忙著一一落實各個政府部門的辦公地點。
最終決定，采用五色旗作為國旗，青天白日旗為海軍旗，鐵血十八星旗為陸軍軍旗。
李秉衡上任後發布的第一項命令便是召回在上海與列強協商借款的陳錦濤，並且向列強提出交涉，要求組織談判，商討列強在華特權解決辦法。
新政府當然不用向列強借款，而且取消列強特權也成為當務之急。
李秉衡的這一政令引起了不少政治人物的批評，認為民國剛成立就要去招惹列強，顯然太急躁了些。
列強紛紛予以回應，德國與美國率先表示願意就在華特權開始談判，但英法等國則拒不理睬，聲稱南京政府並不是合法政府，並不具備合法權力，沒有談判的必要，沙俄與日本更是囂張，宣稱永不承認南京政府。
李秉衡深知日本在東京大海嘯之後雖然損失慘重，但是國內矛盾進一步激化，將來很快會將矛盾轉化到國外，必然要向中國采取咄咄逼人的態勢，趁著現在日本還無力幹涉，首先要給沙俄一點顏色看看。
蔣方震部與攻擊科布多的叛軍展開激戰，連續兩天兩夜的攻擊，終於解了科布多的圍，重創叛軍，其中打死打傷數十名沙俄官兵。
隨後蔣方震帶著一個團的兵力進駐唐努烏梁海，但是沙俄方麵反應強烈，派遣重兵進入唐努，大肆驅趕漢人商民，不斷襲擊蔣方震部。
6月17日，李秉衡發布命令，由於蔣方震部沒有能夠保護唐努烏梁海漢人商民，對沙俄軍隊的攻擊沒有正確回應，讓熊成基出任伊犁軍區司令，負責唐努烏梁海防務，蔣方震回南京述職。
孫中山雖然作為總統，同時擔任陸海軍大元帥，但是李秉衡卻緊抓軍權，在這個節骨眼上，沒有人敢去招惹列強，但是他敢，所以他要軍權。
黃興並沒有提出異議，現在軍方大部分都是李秉衡的人，而且他也讚同對沙俄采取強硬措施。
熊成基剛剛趕到科布多不久，接到命令後，立即帶兵進入唐努烏梁海，與貢布多爾濟取得聯係，希望唐努各旗回到祖國的懷抱，撲滅沙俄將唐努烏梁海作為殖民地的野心。
貢布多爾濟也清楚沙俄的野心，也清楚他們對這個地方的殘暴統治是為了掠奪財富，這時熊成基向他保證，唐努烏梁海將作為中華民國之下的一個自治省，由他出任省長，但是必須由中華民國軍隊負責防務。
同時熊成基也向他提出了一係列發展唐努烏梁海經濟的方案，包括畜牧業、毛皮加工行業、奶製品業以及各種礦產的開采等，向他保證地方享受極大的自治權利，請他相信新政府，相信中華民國，唐努烏梁海的前景是美好的。
由於熊成基進入科布多後，大肆捕殺沙俄妄圖分裂科布多的幫助叛軍人員，以協助叛亂的名義將這些人公然送上了絞刑架，這引起了沙俄方麵的瘋狂叫囂。