朱佑杬被追尊為皇帝後，原有興獻王墳也相應按帝陵規製升級改建。1523年(嘉靖二年四月)，興獻王墳原覆黑瓦換為黃琉璃瓦，並修築神路橋等。1524年(嘉靖三年三月)，王墳正式更名為顯陵。同年八月，顯陵太監楊保邀寵進言“陵殿門牆規模狹小，乞照天壽山諸陵製更造”，被工部尚書趙璜以“陵製當與山水相稱，恐難概同”為由諫止。然而朱厚熜私親推尊，於1527年(嘉靖六年十二月)，“命修顯陵如天壽山七陵之製”，修葺寶城、寶頂並重建享殿，增建方城明樓、睿功聖德碑樓、大紅門，並在龍鳳門前的神路兩側建置了望柱和12對石像生等，開始大規模的改建。1531年(嘉靖十年二月)，又將鬆林山救封為“純德山”，立碑建亭。1532年(嘉靖十一年十月)，改建工程告一段落。1538年(嘉靖十七年十二月)，朱厚熜的生母章聖皇太後病逝，朱厚熜親赴北京昌平天壽山，在長陵西南的大峪山下卜定吉壤，準備將顯陵北遷，並下命武定侯郭勳和工部尚書蔣瑤等督工建造新陵，並“欲迎皇考梓宮遷於此”。然而，從1524年(嘉靖三年)以來，顯陵改遷天壽山之議，一直遭到朝臣及章聖皇太後的反對，使朱厚熜夙存顧忌，從大峪山回宮後，又決定奉母後棺槨南下合葬顯陵。翌年正月朱厚熜南巡承天府，由於“啟視顯陵玄宮有水”，他又降諭禮部：“皇考顯陵，昔者建造狹隘，雖嚐增修，猶多未稱。茲朕躬詣陵下，與諸左右大臣周閱山川，更卜吉兆，重建玄宮，以妥皇考皇妣神靈於無窮。”駕臨顯陵展謁後，又“騎登陵山，立表於皇考陵寢之北……命改營焉”。當月，工部左侍郎顧麟等受命督工，按朱厚熜欽定“圖式”興建新的玄宮，並用一座稱為“瑤台”的高大磚石平台，將新舊寶城串聯起來，形成了明代帝陵中前所未有的特殊格局。1539年(嘉靖十八年三月)，朱厚熜南巡後返京，四月視察大峪山陵寢，並與顯陵風水形勢進行比較後，認定“峪地空淒，豈如純德山完美；決用前議，奉慈駕南袝”。大峪山地宮便空置下來。五月世宗派京山侯崔元護送母後靈柩南袝，七月同朱佑杬合葬在顯陵新玄宮內。1542年(嘉靖二十一年)，改荊州左衛為顯陵衛，以正軍李貌才等1200餘充之。九月，命修顯陵祾恩殿，遣內宮監太監黃錦，同巡撫湖廣右侍郎陸傑提督工程。此後，顯陵建設繼續進行，1554年(嘉靖三十三年四月)，下命改建享殿即祾恩殿“如景陵製”。以工部右侍郎盧勳兼都察院右薟都禦史提督工程。1556年(嘉靖三十五年七月)，詔修顯陵二紅門左角門、便路及禦橋、牆等。擴建工程直到1559年(嘉靖三十八年九月)才最後完竣。1566年(嘉靖四十五年九月)，又遣工部左侍郎張守直重修祾恩殿，顯陵的建造才告一段落。
明末，顯陵遭到破壞，據談遷《國榷》記載1642年(祟禎十五年十二月)“李自成至承天。……攻顯陵，焚享殿”，地麵建築木構部分毀壞。
清代，顯陵在地方官員的幹預下，得到了一定的保護。顯陵現存一通鹹豐年間的石碑記載著地方官員要求鄉裏保護顯陵的告示。