接下來的幾天時間裏，這次在柏林舉行的十七國峰會，先後討論了很多個小議題，也解決了部分國家之間的矛盾和積怨，但大型議題隻有巴爾幹問題得到了解決，亞洲遠東地區的一些問題，卻沒有得出明確的結果，直到1901年7月初的一天。
六月底，被遠東軍團圍困一個月之久的北洋三大軍閥中，徐世昌、黎元洪兩部繳械投降，最後隻剩下段祺瑞一部，可他也是三股北洋軍閥勢力中最大的一部。
段祺瑞的情況李寧宇絲毫不謀生，對於這個北洋三傑之一，皖係軍閥主要首領，迷信武力統一，卻一生清正耿介，頗具人格魅力，號稱六不理總理，曾經是二十世紀初期現代化軍隊的第一任陸軍總長和炮兵司令，保定軍校的總辦。
自從段祺瑞加入北洋集團以後，就受到李鴻章的器重，還因為成績優異，被獲準與其它四位同學到德國軍校留學，以官費入柏林陸軍學校，學習了一年半年炮兵課程，後獨自留在克虜伯兵工廠實習半年。
1899年袁世凱率武衛右軍到鎮壓義和團，成為袁世凱重要幫手，之中就有北洋三傑，北洋之龍王士珍、北洋之虎段祺瑞、北洋之豹馮國璋。
武昌起義爆發以後，晚清政府震動，就命令江北提督段祺瑞，由海道北上前往湖北參與戰爭，當時段祺瑞已經是第二軍總統官，也就是軍長，直接由欽差大臣袁世凱指揮，不久後袁世凱命令段祺瑞急赴山西，兼任第一軍總統官，並署理湖廣總督一職，官位正二品。
在袁世凱密謀竊國時期，段祺瑞聯名四十六名北洋集團高級將領，促使清廷退位，但袁世凱、徐世昌、馮國璋、王士珍等人卻假惺惺致電段祺瑞，請其勸告各將領切勿輕舉妄動。
不久又在袁世凱的密謀下，率第一、第二兩軍入京，直接作出進京逼宮的姿態，最後晚清政府下詔清帝退位，段祺瑞製造了第一次共和。
但事後，段祺瑞拒絕移交第一軍，最後袁世凱隻能命令他調防山西，全權主持第一、第二兩軍防務。
袁世凱就職大總統竊國成功以後，段祺瑞就被任命署理陸軍部總長，有訓練、調遣軍隊和提拔軍官的軍事權力，但隻聽命於袁世凱一人的段祺瑞，卻在後來的時間裏，積極參與打擊、暗殺革命黨人的秘密活動，使袁世凱殺害武昌首義元勳張振武的陰謀實現，雖然事後參議院對段祺瑞提出彈劾，但袁世凱卻給段祺瑞授陸軍上將軍銜。
在列強向袁世凱提出二十一條的時期，段祺瑞、馮國璋領銜十九省將軍致電北洋政府表示反對，隨後在袁世凱召開商討會議的時候，段祺瑞主張十分強硬，這是他與袁世凱決裂的開始。
在段祺瑞獨持異議之下，他悄悄動員起軍隊，采取強硬態度，使得袁世凱決定屈從，事後段祺瑞稱病下野，不久袁世凱準備稱帝，段祺瑞又站出來表示對袁世凱帝製行為表示不滿，這次袁世凱正式下令免去段祺瑞陸軍總長職務。