12月5日，派文清林教導師鎮壓黃麻起義。
12月6日，率部集中潁州，
1928年3月9日，被任命為南京國民政府軍事委員會委員。
4月30日，樊鍾秀、任應岐聯合對馮。
據北京《晨報》1928年4月30日載：“[樊鍾秀軍確襲襄城]，樊鍾秀、任應岐聯合對馮，本月初間，即在襄城等處，實行發動，（下略）迨至十三日，馮玉祥始分向程潛、白崇禧電告，（下略）請程潛、白崇禧、李宗仁力加勸止。李據馮電，一麵電勸樊鍾秀、任應岐，一麵遽電程、白，程、白閱電畢，當即會商結果，分電勸阻樊鍾秀、任應岐，務暫捐小忿，並電李宗仁，請就近派員赴樊鍾秀、任應岐處。”
5月4日，任應岐、李振亞各軍攻下襄城、嵩縣，向洛陽進攻。
據北京《晨報》1928年5月4日載：“[樊軍入洛]、任應岐李振亞各軍攻下襄城、嵩縣後，突向洛陽積極進攻。”
1928年（夏）月，任應岐調蘇北徐州一帶駐防。
1928年秋，任部在與張宗昌、褚玉璞作戰時，陳青雲受褚所托，策反任師團長顏芝蘭被發覺，任應岐槍斃陳青雲。
1928年（秋）月，任應岐被調往山東德州附近地區駐防。根據編遣會議決定，任的十二軍縮編為師，取消十二軍番號，委任應岐為49師師長。蔣令任師援助煙台的劉珍年，攻打張宗昌，任策動張宗昌部的孫殿英旅離張投蔣。蔣委孫殿英為獨立旅旅長。任師打敗張宗昌占領掖縣、昌邑。
1929年2月18日，在德州宣誓就任49師師長。轄3旅。旅長趙青山、安榮昌。屬中央直轄部隊。駐德州。
2月任部團長文青林受孫殿英盅惑，叛任投孫，就任孫殿英自封的保民軍第六師師長，被任部圍剿，文準備返鄉當土匪，3月4日任應岐平定叛亂，文被槍決。
1929年春，蔣介石到德州視察49師。
5月，任應岐打敗張宗昌，張宗昌逃亡日本。
5月肅清膠東殘匪張升九部。
6月，返回德州駐防。
6.16發布討馮命令，第49師屬於第一總預備隊總指揮韓複榘指揮。
7月底，調防江蘇海州改歸江蘇省指揮。10月劃歸總預備隊總指揮陳調元指揮。
11月18日，赴南京晉見蔣介石。
12月，唐生智擬定反蔣作戰計劃：建國軍總司令樊鍾秀部擔任豫西剿匪事宜。
護黨救國軍第4路軍（總司令唐生智）
護黨救國軍義勇軍總指揮樊鍾秀
護黨救國軍第15軍軍長任應岐
第15軍步兵第1旅旅長安榮昌
第15軍步兵第2旅旅長戴民權
12月30日，任應岐駐軍河南襄城縣，中共魯山縣第一任黨支部書記吳鏡堂被樊鍾秀逮捕。應共產黨員呂東甫、老孟請求，任應岐營救吳鏡堂未果。吳被樊鍾秀殺害。
1930年1月9日，派戴民權參加蔣唐戰爭，對唐生智作戰。
1930年（春）月，派代表張述孔、劉覺民參加閆馮在太原召開的反蔣會議。
2月16日，蔣介石製定“討逆軍作戰計劃”。
3月15日，蔣介石指示“活捉任應岐即送南京”。命令任應岐49師調往安徽壽州駐防。
3月17日，途經安徽靈泗縣境，蔣預先埋伏三個師（顧祝同師、劉峙師、韓複榘師。韓複榘為總指揮），趁夜殲擊，任師幾乎全軍覆沒。安榮昌、趙青山兩旅得到消息後，急行軍趕赴救援，又遭伏擊。突圍後，隻餘三千人。任本人隻身逃脫去天津。該部仍稱49師，蔣令顏芝蘭為師長，移駐蚌埠，不久將顏撤職，李肖庭為師長，不久49師的番號也取消了。殘部和安、趙兩旅投歸孫殿英（1929年春孫殿英接受汪精衛委任的第十四路總指揮，兼四十一軍軍長）。
1930年3月23日，在六安、阜陽任應岐殘部安榮昌、趙青山兩旅被國民黨中央收編。
據上海《民國日報》1930年3月23日載：“惟在皖省六安、阜陽一帶，任應岐殘部安榮昌、趙青山兩旅，近由中央收編，調駐徐西蕭縣，本人定十九日南返。”