飛段還沒明白發生了什麼時，鹿丸躍起，用查克拉刃割向飛段，但割得過淺，飛段隻是流血而已。不過飛段再次被鹿丸用影子抓住。但這次，鹿丸查克拉的極限使飛段居然可以移動，並走近鹿丸，舉起利刃向下插時，鹿丸使用新忍術影子拉近術將周圍的起爆符拉攏貼在飛段身上，然後用刀啟動一個機關，使飛段身下出現一個大洞。此時出現阿斯瑪的幻象，他對鹿丸說，幹得好，然後消失了。鹿丸點燃阿斯瑪留給他的打火機，向飛段彈去，起爆符全部爆炸，飛段被埋在深深的地洞中。
……
當鳴人和卡卡西他們追捕宇智波鼬失敗後，回到木葉得聞自來也被佩恩殺害的消息。因自來也死前在蛤蟆仙人森作大人的身上留下暗號，第五代火影命鹿丸召集暗號解讀班解讀暗號，同時亦四處搜查相關資料。麵對鳴人就自來也之死而情緒一度低落，作為朋友及曾遭逢同遇的他，勸鳴人要振作起來，與他一樣要立誌成為超越先輩的忍者。及後鳴人回到木葉，他與父親也在迎接的群眾行列內。後來與紅班、凱班及阿斯瑪班成員聆聽了小櫻出發前請求保密的事件。
佩恩六道突然襲擊木葉，木葉頓時陷入混亂的局麵。正在病院懷著孕的夕日紅被外麵的嘈雜聲驚醒，正當她走出病房，這時候突然出現了畜生道的通靈獸，幸好此時鹿丸趕到，用影縫術解決了通靈出來的獸物，並承諾把她送到安全的地帶，這也是為了阿斯瑪——鹿丸死去的老師。
接著鹿丸與木葉的忍者們繼續投身到與佩恩六道戰鬥之中。
在第四次忍界大戰爆發時候，奈良鹿丸被任命為忍界聯軍第4部隊·遠距離戰鬥部隊代理隊長。
金角銀角出現後，奈良鹿久派鹿丸與井野、丁次增援達魯依，後來通過豬鹿蝶的配合成功封印金角。
……
後再遇角都，從角都口中得知，阿斯瑪也被轉生了。鹿久要求鹿丸、丁次、井野去對付阿斯瑪。鹿丸果斷地前去對付阿斯瑪。
奈良鹿丸小組遇到阿斯瑪後，因為丁次無法忍心對阿斯瑪下手導致鹿丸他們無法打敗阿斯瑪，後來阿斯瑪鼓勵丁次從而丁次成功羽翼化，成功對阿斯瑪封印，並得到阿斯瑪的讚揚，認為鹿丸三人是完美的豬鹿蝶組合。
後來宇智波鼬對藥師兜幻術解除穢土轉生後，鹿丸作為增援部隊來到鳴人所在的十尾戰場，後來鹿丸因為月之眼的發動而導致查克拉殆盡，命懸一線，生死未卜
鳴人成功將九尾的查克拉傳遞給了忍者聯合軍，鹿丸重新獲得力量。
宇智波斑發動無限月讀後，鹿丸中了幻術並陷入自己的夢中，夢中的他和手鞠在一起看著鹿丸父母吵架，感覺結婚很麻煩。
後隨著無限月讀的解除而獲救，第四次忍界大戰也以忍者聯軍的勝利為結束。
……
猿飛阿斯瑪的死對於鹿丸的觸動是很大的。
猿飛阿斯瑪是一個性格隨和的正麵角色。猿飛阿斯瑪在火之國木葉忍者村，擁有罕見的風屬性查克拉，是近戰中首屈一指的上忍。