和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。他沒佩戴音忍的護額，身上唯一的標記是一族紋章。與新第七班見麵後，佐助毫不留情地攻擊了鳴人和櫻。
在兩年半時間裏，佐助的能力產生了飛躍。他使用草薙劍作為武器，並對雷遁忍術進行了各種新開發。由於大蛇丸的影響和自身的努力，佐助完全掌握了控製咒印的力量，瞳力也變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內的九尾對話。
九尾妖狐對佐助的出現感到很吃驚，他說佐助的查克拉簡直和以前的宇智波斑一模一樣，佐助對九尾所說的事情不感興趣，並開始壓製九尾的查克拉。九尾退卻，威脅佐助不要殺死鳴人，否則會後悔。在擊倒了所有人後，佐助準備使用絕招將眾人一舉殲滅，這時大蛇丸和藥師兜出現，兜勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱“曉”的力量，便於他對鼬的複仇，佐助勉強同意，接著三人便消失了。
……
佐助出現在無數個被他打倒的忍者中間，他身上幹幹淨淨，一點血也沒被濺到，而且那些忍者們都沒被給予致命一擊，大蛇丸覺得即使是被稱為天才的他在當年也沒如此實力。這時候的佐助覺得自己已經沒什麼可從大蛇丸那裏學到的了，就在大蛇丸躺床上養病的時候突然對他發起攻擊，而早有準備的大蛇丸則現出真身──“白鱗大蛇”，欲奪取佐助的身體。
白鱗大蛇被佐助斬殺後，大蛇丸利用揮發的血液將佐助的意識轉移到自己轉生的異空間，準備奪取佐助的身體。但佐助的成長超出了大蛇丸的預計，在寫輪眼強大的瞳力下，大蛇丸遭到了和當年麵對鼬時相同的慘敗，他的異空間完全被佐助吞噬了。
在擺脫大蛇丸控製後，佐助釋放了被大蛇丸關押的水月。接著兩人來到南秘所，說服了具有特殊能力且對佐助抱有愛慕之情的香燐入夥，並釋放了所有的囚徒。之後佐助一行人來到北秘所，準備釋放咒印力量的源頭──重吾。重吾擁有雙重性格，平時很和善，但當咒印爆發時就抑製不住殺人的衝動。佐助利用實力震懾住了處於殺人衝動中的重吾，作為君麻呂生前的好友，重吾為了了解君麻呂不惜犧牲生命來換取的佐助究竟是個什麼樣的人而決定加入。佐助的四人小隊正式組成，取名為“蛇”，目的是要殺死鼬，整個世界都將因“蛇”的出現而發生變化。
……
木葉收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務。佐助在搜索鼬的時候遭遇了“曉”的迪達拉和“麵具男”。迪達拉一因曾敗於同樣是宇智波一族的鼬手下，二因佐助殺死了本該由自己殺死的大蛇丸，而對佐助十分不滿，主動挑起戰鬥。經過一番苦戰後，二人兩敗俱傷，最終徹底被激怒的迪達拉自爆身亡。
“蛇”來到“曉”的根據地，佐助再次遇上鼬，鼬指示佐助前往一族的故地來個了斷。戰鬥伊始，佐助與鼬兩人一邊交談一邊進行了幻術上的攻防戰。佐助從鼬口中得知一條驚人的信息──“一族原首領、木葉創立者之一的斑仍然活著，而且就是斑跟鼬一起消滅了全族”。佐助又被告知，斑是族中第一個開啟萬花筒寫輪眼的人，還曾以這雙眼睛馴服了九尾。佐助之前已閱讀過關於一族的石碑，了解到了萬花筒寫輪眼終有一天會失明的事實。鼬告訴佐助，本已是萬花筒寫輪眼擁有者的人，能從自己兄弟那兒取來同樣的眼後創造出帶有獨特力量的新眼睛“永恒萬花筒寫輪眼”，而這就是他當年故意留下佐助性命的原因，佐助在聽完鼬的敘述後正式開戰。