此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給一族石碑內容等行為，而這一切都是為複活輝夜。
……
輝夜強大的實力前所未見，但兩人的實力也有點超出了輝夜的預計。黑絕提議實行各個擊破，於是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道呼喚佐助，佐助在最後時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新彙合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。帶土為保護二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢複爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥誌，並且還在自己死後將查克拉附著於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最後一次完美的配合，封印了輝夜。
大戰結束，但佐助並未就此和鳴人一起解除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出麵製止佐助，兩人前往終末之穀展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。隻有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了半隻手臂，而且都身受重傷不支倒地。麵對如此堅持製止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而回憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裏真正的贏家。
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之後櫻和卡卡西抵達終末之穀，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，並且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。
返回村裏休養直至康複後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的麵前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
多年以後，佐助與櫻成為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。成年後的佐助，是不佩戴護額的獨立忍者，但是在五大村中有著較高的地位。為了進一步調查輝夜之謎，佐助長期在外，自女兒懂事後便沒回過家，這引起了女兒的不滿。