之後音忍四人眾來找尋佐助更向他攻擊，臨走的時候跟佐助說如果想得到力量就來找大蛇丸，此話一直在佐助心中。卡卡西的一番話並未真正令佐助茅塞頓開。為了追尋強大的力量，佐助決定跟隨音忍四人眾叛離木葉隱村。
鹿丸四人小隊和前去追，鳴人和佐助苦戰也沒有成功將他帶回，佐助開啟了大蛇丸的力量擊倒鳴人後離開。綱手向卡卡西下達了S級任務，但是被卡卡西拒絕並表示這次是認真的。卡卡西趕到終結之穀時，佐助跟鳴人間之戰鬥已完結，隻剩下鳴人倒臥在地上；他唯有把鳴人先帶回村裏醫治，再行打算。
……
組織曉捉去了擁有一尾力量的人柱力五代目風影我愛羅。砂忍向木葉求援，木葉派出卡卡西班，砂隱的千代婆婆其後加入一同。五代目火影綱手再派出凱班作增援，兩班分別在途中遇上‘曉’的成員宇智波鼬和鬼鮫（實質上隻是幻化成的替身，力量隻有主體的三成）。後來與鳴人合作，及鳴人使出螺旋丸加強版--大玉螺旋丸，將宇智波鼬的替身擊敗。之後再遇上“曉”的成員地達羅及赤砂蠍，迪達拉以我愛羅的屍體，把性格衝動的鳴人引開。為了避免鳴人獨自行動，他從後追趕鳴人，留下小櫻及千代奶奶暫時應付赤砂蠍。為了節省時間，卡卡西開啟了萬花筒寫輪眼。但是此時卡卡西對他新的寫輪眼還不熟悉，還不能熟練的控製結界空間的位置和大小，瞳術打偏到了迪達拉的右手上，而且卡卡西在體力方麵亦明顯不能支撐這種術，很快就感到疲憊。掉下巨鳥的迪達拉分出分身，欲把他們全部炸死，卡卡西又用萬花筒寫輪眼把他和爆炸一起轉移到了另一個空間。由於連續使用兩次萬花筒寫輪眼，卡卡西需要一段時間休息。期間由來自暗部的天藏（化名大和）暫代七班的隊長。
猿飛阿斯瑪在對決曉不死組合飛段、角都時陣亡，第十班矢誌為老師複仇。卡卡西主動請纓，暫作為第十班的隊長，去尋找飛段、角都。甫一對戰，卡卡西便用寫輪眼看出了角都的土屬性結印並以雷切破了其土遁硬化術並刺穿其心髒。誰知對方擁有多個從其他忍者搶來的心髒（連同本體的共五個）故能不死。並且角都能使用心髒所屬屬性的忍術。後飛段去攻擊卡卡西，角都在後麵攻擊，企圖利用飛段的不死之身將卡卡西消滅，所幸被卡卡西躲開。後卡卡西發動雙手雷切替第十班成員擋去了角都的偽暗。這時候局麵以一敵二，非常不利……連續的消耗使卡卡西喘不過氣來；不過，最令卡卡西驚訝的，就是角都居然曾經跟初代火影對戰過。
……
這時角都欲以卡卡西的心髒填補被雷切擊破的心髒。麵對近前的風火遁攻擊，卡卡西用水陣壁抵擋，但風火克水；趁卡卡西不備，角都用“地怨虞”將他縛住，準備強行用血管挖出卡卡西的心髒。然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液並把它交給鹿丸，飛段被鹿丸所騙誤用角都的血液施行咒術，角都心髒被破倒地。但角都卻突然全身的血管伸出，把卡卡西他們重重捆著，情況不利。卡卡西欲使出萬花筒，這時大和及時和鳴人等趕到，最後角都被鳴人的風遁螺旋手裏劍擊倒。最後，卡卡西以雷切收拾倒在地上、動彈不得的角都，摧毀他最後一個心髒，及把角都的屍首帶回木葉村給綱手研究。