在戰鬥前，大蛇丸以穢土轉生禁術，將初代火影和二代目火影複活，跟自己合擊第三代火影。戰中，他在往日的師父麵前露出自己的真麵目，麵具下一個不為人知的年輕貌美女人的臉，去證明自己的轉生術已經成功，並已奪取了此女的身體作自己之用長達多年(此時大蛇丸雖然靈魂沒變，但在生理上完全是個女人，無麵具偽裝時說話聲音為此女的聲音)。第三代火影見往日的弟子已經走火入魔，決定清理門戶。
二人交戰時初時不分上下，第三代火影雖被稱為“最強火影”，但由於年邁力衰，功夫大不如年輕時期，無法招架，隻好使用當年四代目火影封印九尾的忍術——屍鬼封盡，三代目火影用兩個影分身將初代火影和二代火影封印，由自己的本體封印大蛇丸，但由於在封印過程中，大蛇丸操縱草雉劍重傷第三代火影，最終未能完全封印大蛇丸，隻封印了他的雙手，使之無法結印。
他的雙手被封印後，失去了使用忍術的力量（因為絕大部分忍術皆要以手結印和提煉查克拉才能使出），隻好帶領音忍撤退。砂忍其後才知道真正的風影已被大蛇丸所殺，就跟木葉重訂和約。大蛇丸這場“木葉崩潰行動”，最終以失敗告終。
……
大蛇丸為了醫治雙手，他和手下兜主動去短冊街找三忍的醫療聖手-綱手請求診治。由於綱手態度強硬，大蛇丸以替綱手死去的弟弟和情人複活（即穢土轉生禁術）作交易條件，並以七日為限期。七日後雙方再次交涉，但綱手拒絕了大蛇丸的提議，大蛇丸和兜見狀露出了殺心。同時自來也和鳴人也趕到了現場。
期初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點占據上風，但隨後綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創造再生，三忍展開大戰。
鳴人先於三忍大戰對兜使用了剛學會的忍術-螺旋丸並成功重創了兜，但自己也因體力不支而昏倒。此時大蛇丸和自來也激戰正酣，大蛇丸本想趁此機會解決掉鳴人，不想劍被綱手擋住，大蛇丸沒能得逞。之後大蛇丸以及萬蛇均被擊敗，大蛇丸和兜撤退。
這之後，大蛇丸因受不了原來女人身體雙手被封印所帶來的痛苦，故加緊派音忍四人眾前往勸誘佐助投靠音隱村。佐助到來前，大蛇丸不得不拋棄已無法使用雙手的美麗女人身體（因轉生對靈魂有損傷，所以在容器還能用時，不會輕易轉生。），臨時以所捕忍者幻幽丸的身體進行靈魂轉生。盡管之後犧牲了音忍四人眾及擁有血繼限界的君麻呂，但成功讓佐助來到音隱村，並積極對其進行培訓，企圖用佐助作為下一個容器。
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三年後，木葉村的“新第七班”隊長大和從‘曉’的蠍處得到消息，知道其派往大蛇丸的臥底將於天地橋處跟其會麵，並欲籍此找到關於佐助的線索。鳴人一眾按照指示到達天地橋，卻遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人進行了一場激烈的戰鬥(兜稱這為‘怪物間的戰鬥’)，及後卻因身軀已達極限，故帶同兜及團藏派來交涉的佐井一起離開。