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正當鬼童丸以為對方已死時，寧次再度站起來，使鬼童丸決定以咒印狀態2對戰寧次，並在額頭上開出第三眼。鬼童丸從口中以查克拉鑄成戰弓，並準備以100%準確度的遠箭對寧次的盲點施以突襲。幸而寧次早已在其四周釋放了大量的查克拉，使箭的方向稍為偏離於致命點15厘米距離;但始終因為該箭曾是對準其盲點，寧次無法察覺，故最終仍穿其肩而過。鬼童丸又再射一箭，雖再次被寧次躲過，但事前寧次同樣是感應不到此箭。
寧次麵對比自己強的敵人，認為已無法再避開鬼童丸的攻擊，但他想起了鳴人，想起了鳴人那種不屈不撓的精神。寧次決定硬接鬼童丸第三枝遠箭（準確度為120%），從箭所連接的查克拉蜘蛛絲注入具攻擊性的查克拉，間接性地以柔拳術對鬼童丸的內髒進行破壞。後更使出新悟絕招·八門崩擊對負傷行動中的鬼童丸施以突擊，鬼童丸瞬即重傷倒地。鬼童丸對其不死表示震驚，寧次就指出因為他是被眾人所認定、信賴的‘天才’，所以更不能輸給任何人，並決心要改變所謂的‘宿命’。寧次亦深信鳴人既然能把他從黑暗帶出來，自然有能力拯救在黑暗中徘徊的佐助。鬼童丸死去後，寧次終於虛耗所有體力、身負重傷倒在地上。
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一片羽毛徐徐飄下，寧次也在寧靜中‘休息……後幸得上忍靜音及一眾醫療忍者的深切治療，才從死亡邊緣拯救回來。
得日向日足的訓練下，增修了日向宗家絕技，此時已是上忍。
寧次的麵相明顯較第一部清秀，留了一把長發，而且已改穿類似日本和服的衣服，和佐助的裝扮極為相似。第三班作為第七班的任務支援而前往砂忍者村，而在進入砂隱村內前就遇上了幹柿鬼鮫（實為象轉分身），並與其對戰。但寧次三人均被鬼鮫所施的水牢術困著，隻剩凱老師一人孤身作戰，同伴天天更感呼吸困難。後寧次以白眼看破水牢術的薄弱位置，使用柔拳打破水牢、擊敗水分身，並救了天天。阿凱亦以朝孔雀擊敗鬼鮫，四人驚訝原來這鬼鮫隻是一名替身。