禎明三年(589年)春節，後主又征蕭摩訶還朝。初一，長江下遊隋軍乘陳歡度元會之際，分路渡江。賀若弼軍出廣陵南渡，韓擒虎軍出廬江由橫江口(今安徽和縣東南)夜渡，襲占采石(今安徽馬鞍山市西南)，楊廣軍出六合(今屬江蘇)進屯桃葉山(今六合東南)。初四，陳叔寶方察覺事態不利，下詔親帥陳軍拒敵，命蕭摩訶等並為都督。隋軍突破長江防線後積極推進，行軍總管宇文述率軍3萬渡江，進占石頭。至此，隋軍對建康已形成包圍。
屢諫未納
賀若弼軍進據鍾山(今南京紫金山)，屯於山南白土岡東。陳在建康附近尚有甲士10餘萬。陳後主(叔寶)既不懂軍事，又不納部將建議，麵對隋軍壓境，長期作不出應戰決策。賀若弼至京口時，蕭摩訶便請求出戰，但後主不許。及賀若弼至進鍾山，蕭摩訶又建議：“賀若弼懸軍深入，聲援猶遠，且其壘塹未堅，人情惶懼，出兵掩襲，必大克之”(《陳書?蕭摩訶列傳》)。後主又不許，同時還拒絕了鎮東大將軍任忠建建議，致使建康附近10餘萬陳軍無所作為。
兵敗不屈
二十日，後主突然命陳軍出戰，並對蕭摩訶說：“公可為我一決。”蕭摩訶說：“從來行陣，為國為身，今日之事，兼為妻子”(《陳書?蕭摩訶列傳》)。後主多出金帛，頒賞諸軍，於是中領軍魯廣達列陣白土岡，岡北由任忠、將軍田瑞、護軍將軍樊毅、忠武將軍孔範及蕭摩訶等部依次列陣，蕭摩訶軍居最北，陳軍南北亙20裏，首尾進退互不相知。賀若弼率輕騎登山偵察，遂與所部7總管楊牙、員明等集中甲士8000，列陣以待。時後主和蕭摩訶的妻子私通，所以蕭摩訶雖有8000精兵，卻並無意作戰。隻有魯廣達、田瑞奮勇作戰。田瑞首先率部進擊，被賀若弼軍擊退。魯廣達等軍繼進力戰，賀若弼軍曾被迫4次後退，死273人。賀若弼令施放煙幕，並在其掩蔽下稍事整頓，然後乘陳軍勝而驕惰，猛攻陳軍薄弱部分孔範軍。孔範部一觸即潰，其他各部受其影響，亦發生混亂，導致全線潰退，互相踐踏，死5000人。蕭摩訶無能為力。被員明所俘。當晚，隋軍攻入建康，後主被俘，陳朝滅亡。蕭摩訶被俘後，賀若弼要殺他，把刀壓在他的脖子上，但蕭摩訶神色自若，使賀若弼非常佩服，便將他釋放，以禮相待。
死無所恨
建康被隋軍占領後，賀若弼將後主置於德教殿，令兵衛守。蕭摩訶對賀若弼說：“今為囚虜，命在斯須，願得一見舊主，死無所恨”(《陳書?蕭摩訶列傳》)。賀若弼哀而許之。蕭摩訶見到後主，伏地號泣，並於舊廚取食而進之，辭訣而出，守衛者皆不能仰視。隋文帝知道後，感歎道：“壯士也，此亦人之所難”(《南史?蕭摩訶列傳》)。
四月，隋文帝授蕭摩訶開府儀同三司。不久，隨漢王楊諒至並州。隋仁壽四年(604年)，蕭摩訶因不得誌，常鬱鬱思亂，結果被漢王楊諒所親善，並讚成其起兵之謀。隨即便與楊諒起兵反對其兄楊廣即位。八月，蕭摩訶在於清源(今山西省清徐)敗於隋將楊素，被俘，後被殺，時年七十三歲。
氣冠三軍，當時良將
蕭摩訶為人不善言辭，恂恂如長者，臨陣對敵，所向無前。隨侯安都在京口時，喜歡狩獵，每天都要出去。後隨侯安都重征戰，蕭摩訶戰功實居多。
點評：“蕭摩訶氣冠三軍，當時良將，雖無智略，亦一代匹夫之勇矣；然口訥心勁，恂恂李廣之徒歟”(《陳書?蕭摩訶列傳》)！