1940年6月22日，法國新總理亨利·菲利普·貝當元帥被納粹的閃電戰擊敗，同希特勒簽訂了停戰協定，隻剩下英國與軸心國孤軍奮戰。這使巴黎摩根公司處於危如累卵的境地。這法國人口中的"莊嚴的摩根銀行"在旺多姆廣場14號占有一幢富麗堂皇的大樓，從巨大天窗透過的日光把銀行大理石地麵映照得光彩奪目。這家由德雷克塞爾家族於1868年創建的公司有著輝煌的曆史，就是在普法戰爭和一戰時期也不曾關門歇業。直到1926年，該公司一直被稱為摩根——哈耶斯公司，在合夥人赫爾曼·哈耶斯那年死於多維爾馬球比賽事故以後，公司改名為摩根公司，按照格拉斯——斯蒂格爾法案之前的摩根帝國連鎖合夥製度的結構，傑克·摩根是高級合夥人，而且紐約為該行提供大部分資本金。
也許巴黎摩根公司從未獲得像紐約和倫敦一些銀行那樣巨大的名望，但甚至到20世紀80年代它仍是巴黎最大的外國金融機構之一。它是連接法國政府與J.P.摩根公司生意的渠道，而且它同法蘭西銀行的關係非常密切，它的法國雇員通常在政府中做過高官。摩根公司為大多數美國公司在法國的下屬機構提供服務，為美國富有的旅行者辦理旅行支票和開具信用證，為在法國的美國人辦理現金業務，其地下保險庫裏保管著大量美國和法國人擁有的證券。它與摩根建富公司和J.P.摩根公司相互交換年輕的學徒。不過歸根到底，因為摩根與英國的親密關係和法國民族主義者抵製美國商業滲透，法國分行總是處於困境。
由於戰時的新聞封鎖極為嚴密，有關摩根公司在納粹占領期間遭遇的情況，直到1944年9月人們才得以知曉；現在這些情況可以從摩根擔保公司未公開的記錄中重新整理出來。事情從法蘭西銀行開始，該銀行不相信慕尼黑條約所宣稱的虛假和平，於1938年開始製定計劃來保護它的黃金儲備。它把黃金運到紐約作為將來戰爭物資采購的資金，並把儲藏在弗利業街金庫中的金條取出，分藏在全國51個戰略要地。
巴黎的許多銀行都做了類似的應急計劃。摩根公司在南特東南的一個名叫尼奧爾的小鎮上買了一座殘破的旅館，並將旅館改建成自備水電供應的房屋，用以保護證券。地下室設保險箱，樓上設工作人員的臥室。在宣戰後，法國政府勸說摩根公司，在法國未被占領的沙泰勒——居永設一間辦公室，來保護它和法蘭西銀行的證券交易業務。在納粹攻克巴黎的幾周前，摩根公司和其他銀行將證券運到法國中南部那些安全的房子，巴黎隻剩下基本的留守人員。就在法國淪陷的前5天，摩根公司的兩個美國合夥人，伯納德·卡特和朱利安·艾倫逃出巴黎，隻見一路上難民成群，馬車和自行車擁擠不堪。此時證明，摩根公司的上述行動都被證明是明智的預防性措施。
在德國占領期間，納粹的旗幟在法國司法部和麗茲旅館上飄揚。這些都是在旺多姆廣場上和摩根公司相鄰的建築。美國三家銀行在巴黎的分支——J.P.摩根、擔保信托和大通國民銀行仍然開門營業，而第四家銀行——國民城市銀行則關門歇業。1940年6月下旬，摩根公司的萊奧納爾·裏斯特被捕並被關進蘇台德的一個集中營。裏斯特是法國著名經濟學家夏爾·裏斯特的兒子，由傑克·摩根親自挑選進入摩根公司。萊奧納爾回憶說，1928年當他在紐約時，"傑克問我，你不到摩根幹，到別的地方到底能幹些什麼？這是他的原話，於是我決定到摩根在巴黎的銀行申請工作"。1結果裏斯特在鐵絲網內度過了18個月，而他的父母安排了緊急計劃，通過拉塞爾·萊芬韋爾為他在華爾街找到一份工作。摩根財團最終通過他們梵蒂岡的老朋友貝爾納迪諾·諾加拉——羅馬教皇特別行政署司庫——營救出萊奧納爾。諾加拉設法使德國人相信釋放裏斯特對法國金融的健康運行是必要的。
摩根財團的神秘，外加裏斯特的名望，使諾加拉的說法奏效了。戰後，法國財政部委派裏斯特到世界銀行工作，最後他成為該行的經濟局局長。
在此後的戰爭期間，摩根公司的實權落到兩個頑固、有勇氣的法國人手中。一位是風度翩翩的莫裏斯·佩鬆——迪迪翁，他是在馬恩河戰役中受過傷的老兵；另一位名叫路易斯·度特列爾，是信貸部主任，他在比利時軍隊服役時，在戰鬥中負過傷，腿瘸了。這兩位銀行家不得不對付納粹經常不斷的各方麵的幹擾和對他們行動的威迫性監視。為了解決侵略行動所需的資金，希特勒製定了一項從被占領國掠奪黃金和外彙的政策。希特勒采用從法國勒取錢財的辦法，作為他對凡爾賽和約進行報複的一個部分。和其他銀行一樣，摩根公司可以經營法郎業務，但外彙交易業務被取締。它必須向德國人報告它所持有的任何一種外彙以及其保險櫃裏存放的財物。