本以為這樣可以逃脫宗教裁判所的魔爪，然而他想錯了。新教和舊教在思想壓製上出人意料的一致。新教也不能容忍布魯諾宣傳“日心說”的思想和非議新教教義。很快，布魯諾就在日內瓦被捕了。1579年，布魯諾獲釋後開始了長期的流亡生涯，足跡先後遍及日內瓦、土魯斯、巴黎、倫敦、馬四茨、威斯馬登、馬爾堡、威登堡、布拉格、法蘭克福等地，許多大學的講台上都出現了他的身影。他四處宣傳“日心說”，出色的口才點燃了眾多青年追求真理希望的火種。
在長期的流亡生活中，希魯諾不僅宣傳哥白尼的“日心說”，而且進行科學研究，逐漸形成了自己的關於宇宙的理論。他進一步深入地表示：太陽也不是宇宙的中心，宇宙是無限的，太陽隻是滿天星鬥中的一顆普通的恒星；宇宙中和太陽一樣大甚至更大的星體還有很多。他甚至大膽地提出，在別的行星上，也有生物存在，甚至可能還會有像人一樣有智慧有思維的高等動物。
布魯諾在歐洲的四處演說滋潤了人們久經禁錮的心田，動搖了教會統治的思想基礎。羅馬教廷再也坐不住了，欲除之而後快。一個卑鄙的陰謀產生了。
布魯諾在威尼斯時有一位好朋友名叫麥桑利哥，是一位侯爵。羅馬教會知道這一點後，就千方百計拉攏他，讓他去引誘布魯諾回來。可悲的是，迫於教會的壓力和誘惑，麥桑利哥侯爵屈服了，向布魯諾寫了一封熱情洋溢的信，邀請他重返威尼斯講學。鄉愁的困擾和友情的誘惑使布魯諾毫不猶豫地回到了威尼斯。然而前腳剛踏進侯爵的大院，後腳教會的人就把大院包圍了。布魯諾冷靜地接受了這一現實。
被捕之後，教會用盡了各種方法想使他就範，然而他們錯了。布魯諾已經做好了最壞的思想準備，對於酷刑，他坦然麵對。他甚至做了趕赴火刑場的打算，他說：“如果隻有火才能喚醒沉睡的歐洲，那麼我寧願自己被燒死，讓從我的火刑堆中發出的火光照亮這漫長的黑夜，打開那些緊閉的眼睛，將人們引進光明的真理的殿堂。”
用盡了各種酷刑之後，宗教法庭開始了對他的審判。最後，宗教法庭向世俗政權建議用火刑將其燒死。審判結束時，布魯諾平靜而沉著地說了這樣一句話：“你們對我宣讀判詞，比我聽到這個判詞時還要感到恐懼。”
1600年2月17日淩晨，布魯諾在烈火中得到了永生。他拚盡全力喊出最後一句話：“火並不能把我征服，未來的世界會了解我，知道我的價值的！”
1980年，羅馬教廷頒布了教皇教諭，承認在1600年燒死布魯諾是不對的，宣布為其平反昭雪。
真理終究散發出智慧的光芒！