四月底，清軍進軍北京，當得知崇禎皇帝已縊的消息後，為了迅速穩定政局，安撫民心，範文程建議采取以下政舉和措施：宣布為崇禎帝發喪三日；起草檄文，自稱為“義師”，打出為大明臣民“複君父仇”的旗號，把矛頭轉向李自成等農民軍，這不僅為清軍入京找到了堂皇的借口，又最大限度地減少大明軍民的抵抗；各衙門官員俱照錄用，在京內閣、六部、都察院等官員同滿官一體辦事等。範文程認為：“治天下在得民心，士為秀民，士心得，則民心得矣。”由於他采取恰當的對策，為清政權在北京的建立奠定了基礎，同時也越發顯出他在政壇上、軍事上超乎群雄的顯赫地位作用。
俗話說：“樹大招風”。隨著範文程地位的上升，聲望過隆，引起了清統治集團內部一些貴族官員的忌妒和不滿。一向好獨秉大權的多爾袞也在許多政策、用人等問題上與範文程發生分歧。順治二年(1645年)八月，多爾袞以“今國家一應事務，各有專屬”，範文程“素有疾，毋過勞”等借口，開始限製和削弱範的權力。同年八月，因甘肅巡撫黃圖安呈請終養問題，範文程被多爾袞以“擅自關白”輔政王濟爾哈朗為由而下法司勘問，官雖未罷，但範文程已深知自己的處境和今後該怎樣處理與多爾袞的微妙關係了。他處處小心從事，既不使自己冒尖，更不幹出風頭、授人以柄之事，免遭不測。
順治五年(1648年)三月，獨斷專行的多爾袞由於貴族內部權力爭鬥的需要，革去濟爾哈朗親王爵位，並幽斃了肅清王豪格。在此前後，多爾袞曾多次命其親信大學士剛林、祁充格同範文程一起刪改太祖實錄。範文程深知此事關係重大，處理不好將殃及安危，但他又不能違命不從。遂用計托詞養病、閉門不出，采取軟拖的辦法，以免遺患未來。果不出其所料，順治七年 (1650年)，多爾袞病死。翌年初，多爾袞被指控生前“謀逆”，依附多爾袞的剛林、祁充格等人，被控犯有妄改太祖實錄之罪而殺。範文程雖也參與此事，但因既非多爾袞一黨，又未留下把柄，僅被處以革職留任，不久又官複原職。就這樣，範文程不僅機智地避開了一場政治爭鬥，而且又很快地得到新主福臨帝的信任和重用。至順治九年(1652年)範文程官升至議政大臣，這是此前所有漢人從未得到過的寵遇。
順治十年(1653年)五月，福臨為治理好國家，整頓朝綱，特請範文程研究治國安邦之道。範文程坦誠地說：“大凡行善合天者，必君明臣良，交相釋回，始克荷天休而濟國事。若人主愎諫自用，誰複進言?”這番話，實際上是要福臨以過去多爾袞重用馮銓等親信，獨專朝政而引發內部派鬥為教訓，要善納群言，能聽進不同意見，使君主的決策能順乎民心民意，合乎潮流。在此之前，他還向福臨建議：多爾袞在時，那些疏遠他的大臣或因反對他而受到排擠的官員，都是愛國忠君有正義感的人才，皇上要“當思所愛惜之”。福臨接受了他的意見，“原任科道官許作梅、李森先、桑芸、向玉軒、莊憲祖諸人內，係參馮銓降革者，俱起用。”在此之後，範文程又提出了興屯田，招撫流民；舉人才，不論滿漢新舊，不拘資格大小，不避親疏恩怨等重要建議，多被采納並實行。不僅如此，他還對朝中那些敢於直言不苟、秉公不阿的臣僚給以愛護。當時著名諫臣魏象樞，因在朝中“與諸大臣抗辯是非無少詘”，而常常遭到權貴們的攻擊。獨範文程“心識之，曰：‘直哉，此我國家任事之臣也。’”由於魏象樞得到範的支持，使之在朝內聲望日高，順治帝因此受益匪淺。所以，李蔚曾稱道範文程是培養人才、愛護人才的伯樂。
順治十一年(1654年)八月，範文程晉秩少保兼太子太保。但他此時已年老體衰，力不從心，多次上疏乞休。福臨不願失去這樣一位謀士和得力助手，命他“暫令解任”，一俟病愈，“以需台用”，還特別加封太傅兼太子太師。然而，明智而又深謀遠慮的範文程，就此謝政隱退，安度晚年。到康熙五年八月，年至70歲的範文程結束了他一生從政50年的謀略生涯。康熙五十二年，玄燁親筆書寫“元輔高風”於其祠，對其在清初統治時期的作用作出了評價。