宦官本來就十分痛恨李膺，這件事情後，他們唆使張成的弟子上書，誣陷李膺和太學生相互標榜，結成朋黨誹謗朝廷。桓帝看到奏章，再加上宦官們在一旁煽風點火，頓時怒不可遏，下令逮捕黨人。受此案牽連的士人達兩百多人，且都是海內享有名望的賢士，如杜密、陳寔、範滂等。太尉陳蕃認為罪名不能成立，拒絕在詔書上簽名。桓帝見詔書無法生效，於是跳過司法程序，直接讓宦官負責審案，李膺、陳寔、範滂等人慨然赴獄。在牢獄中，他們受到“三木”酷刑，即頸、手、腳都被戴上刑具，然後被蒙住頭拷打。
被捕黨人全為天下賢士，度遼將軍皇甫規自認為是英雄豪傑，但是沒有被捕入獄，所以覺得非常恥辱。他曾上書說自己曾經舉薦過黨人，也得到過黨人為自己申冤辯護，是一個不折不扣的黨人，應當獲罪，但是朝廷沒有理會。
太尉陳蕃再次上書，規勸桓帝釋放黨人。桓帝不但沒有聽從，反而找借口罷免了陳蕃的官職。竇皇後的父親竇武同情這些士子，於是上書營救他們。而李膺等人非常機智，在獄中招供時故意牽涉宦官子弟。宦官害怕事態擴大，禍及己身，於是以日食為借口請求桓帝將黨人全部赦免。於是，桓帝下令將黨人全部赦免，但罷免他們的官職，並將他們的名字記下，禁錮他們終生不得為官。這就是第一次黨錮之禍。
黨人雖被罷官歸田，禁錮不得為官，但是得到了更為榮寵的社會敬仰。範滂出獄歸鄉，迎接他的車輛多達數千。
桓帝死後，靈帝繼位，宦官的權勢更大，穢亂宮廷，把持國柄。太傅陳蕃和大將軍竇武為了肅清朝政，密謀除掉宦官，不幸事情泄露，反被誅殺。從此，宦官更加肆無忌憚，開始對黨人狠下毒手。
公元169年，宦官誣告士人張儉結黨，意圖謀反。年僅十四歲的靈帝受到蠱惑，大興牢獄。宦官趁機故意牽扯上次受到黨錮的人，於是李膺、杜密、範滂等一百多人被捕並枉死獄中，在各地陸續逮捕、殺死、流徙、囚禁六七百人。張儉逃亡塞外，得以幸免。逃亡途中，張儉曾在百姓家借宿。百姓知道是張儉，都寧願冒著家破人亡的危險收留他，張儉才得以逃脫追捕。因為窩藏張儉被官府誅殺的人有十多個，而被牽連的人幾乎遍及全國，這些人的親屬同時被誅殺，甚至有的郡縣因此而殘破不堪。
八年之後，永昌太守曹鸞上書為黨人鳴冤，請求解除禁錮。靈帝勃然大怒，將曹鸞收捕並處死，然後下令全國各級官府重新調查，隻要和黨人有一點沾親帶故，全部被免職，終生禁錮不得為官。這便是第二次黨錮之禍，這次的打擊麵更廣，懲治也更殘酷。自此以後，士人忌口，萬馬齊喑，社會陷入一片黑暗和混亂之中。
不久之後，黃巾起義爆發。萬不得已，靈帝起用黨人應付黃巾之亂，於是在公元184年下令大赦黨人，解除禁錮。至此，黨錮之禍才算結束。