1637年,陝西、寧夏、甘肅、河南、安徽、四川等處燃起了起義的烽火,革命高潮一浪高過一浪。農民造反的烈火長時間不能撲滅,而且火勢越來越旺,清兵還不時越關內犯,這使得崇禎皇帝十分惱火。原來的兵部尚書張風翼表現一般,對兵事無所建樹,成績平平,1636年秋天清兵內犯時,張風翼兵敗後服毒身亡。崇禎皇帝一心想挑選一個懂兵事、有魄力的兵部尚書,半年中一直沒有發現這方麵的人才,所以這個要職竟空缺了半年。崇禎皇帝掂量再三,決定重用楊嗣昌任兵部尚書。
楊嗣昌的家庭是一個官宦之家,他自幼酷愛讀書,頗通文墨,天生一副好口才,在崇禎皇帝召對時他對答如流,表現出一副胸有成竹的樣子。崇禎帝更加認為他十分有能力,悔恨自己沒能早些起用他。在怎樣對付李自成等農民軍的策略上,楊嗣昌也確確實實提出了一套似乎頗有新意的作戰方案,也就是“四正六隅十麵網”的策略:陝西、河南、湖廣、江北為“四正”,設四個巡撫,對其進行分別圍剿;延綏、山西、山東、江南、江西、四川為“六隅”,設六個巡撫,分別防範協助圍剿;“四正”和“六隅”合在一起稱為“十麵之網”。另設“總督”“總理”兩個重臣,跟隨農民軍的去向,專門征討他們。原任總督洪承疇、王家楨分駐陝西、河南,而王家楨是個庸才,不足以勝任。楊嗣昌薦舉福建巡撫熊文燦來替代他,並進一步提高和擴大熊文燦的實權,命他總管南京、河南、山西、陝西、四川、湖廣軍務,駐鄖陽。
楊嗣昌製訂了對付農民起義軍的策略,選拔了精銳將領,但這些遠遠不夠,還必須增加兵力,提高餉銀。於是,楊嗣昌又商議增加士兵十二萬,增加餉銀二百八十萬。到處調集兵員,利用各種名目來搜刮老百姓。崇禎皇帝為盡早除掉農民軍這個心腹大患,馬上答應了楊嗣昌的請求。
1637年,楊嗣昌經過一番緊張的部署,感到大體已經就緒,於是上書請求崇禎皇帝下令,命各路將領對農民軍大舉圍剿。可以說這是一次動員了全國力量的大圍剿,氣勢凶猛,組織嚴密。使農民軍很快陷入十分困難的境地,在這種形勢下,又有不少農民軍首領紛紛受撫,有的人甚至還回過頭來成了鎮壓農民軍的悍將。
1637年秋天,以張獻忠為首的數部農民軍活動在河南南陽一帶。左良玉率官軍尾隨而至,經過激戰,張獻忠大敗,他也受了傷。張獻忠不得不率領殘部退到湖廣的麻城、蘄州一帶。“闖塌天”劉國能在這一帶活動,兩部於是合兵一處,共同抗擊官軍。
1637年冬,洪承疇率領左光先、曹變蛟、賀人龍等一萬明軍,由陝西南下四川,氣勢洶洶地朝義軍撲來。
李自成在陝西被洪承疇、孫傳庭追剿,在四川境內艱苦轉戰了大約三個月,敗走四川,於1638年初又從四川突圍返回陝西。為了縮小目標,不讓官軍發現,李自成等西部農民軍分成三部,分別與官軍作戰。幾個月後,李自成和六隊的祁總管合兵一處,大約有三千餘人,然後移師四川。洪承疇一麵命馬科、賀人龍等將領跟蹤追擊,一麵命曹變蛟在西鄉一帶搜索,並在一些交通要道部署大量官軍,以防止李自成向西或向北流竄。曹變蛟還派以前投降的農民起義軍士兵打入農民軍內部,進行分化瓦解和謀殺活動。例如,爭管王部下的一個小頭目飛天龍就是被官軍策反,後來竟然把爭管王殺死,作為向官軍投誠的見麵禮。