農民軍渡過黃河後開始分兵行動。一路南下湖廣地區，由“曹操”羅汝才率領。另一路西入武關，打算重回陝西，由滿天星、一鬥穀等首領率領，兵力大約八個營十餘萬人。第三路從盧氏向東進發，由李自成、張獻忠和高迎祥等部組成，在攻打汝寧未果的情況下，轉而進入南陽和湖廣的襄陽一帶。諸部分頭行動，這樣不僅行動起來比較方便，而且也可以分散官軍的注意力。
1635年李自成等部攻下了明朝的龍興之地鳳陽，將龍興寺、皇陵燒為灰燼。起義軍燒毀皇陵的消息傳到京城，令崇禎皇帝大為驚駭，更加瘋狂地鎮壓農民起義軍。崇禎皇帝為了盡快剿滅農民軍，一邊下令嚴懲失守鳳陽的有關官員，一邊加緊調兵遣將，集結兵力。他下令洪承疇率兵入河南，命山東巡撫朱大典接替鳳陽巡撫，急趨鳳陽上任。鬆潘副將秦翼明剛剛到達河南，就接到朝廷命令，馬上由歸德增援鳳陽。
此時農民軍同明軍已經在秦西展開了一係列決戰，先後攻克了馬川、寧州。消息傳到明軍大營，總督洪承疇憂心忡忡，不知如何是好。正當他猶豫不決時，驕橫無比、氣勢洶洶的武將曹文詔闖進帳來，請求同西麵義軍決一生死。洪承疇此時正愁無人迎戰，興奮得拍拍曹文詔的肩膀說：“剿滅這股勁敵，非將軍莫屬啊！我正愁找不到人前去救援，將軍請立即出征，我一定會給你後援的！”曹文詔得令後，帶上三千部卒，直撲寧州。
李自成等人聽說曹文詔率軍前來的消息，個個摩拳擦掌，恨不得一下把這個十惡不赦的劊子手砸成肉餅，為死難的兄弟報仇。但李自成並沒有大意，而是製定了更為詳細周密的計劃。采取誘敵深入的作戰方針，殺得曹軍傷亡慘重。自高自大的曹文詔見大勢已去，便拔劍自刎了。
這場漂亮的圍殲，使得農民軍氣勢大漲，主將李自成聲威震動漢中，而明軍則士氣低落，總督洪承疇聞訊拍案痛哭，後悔不該讓曹文詔出戰，整個統治階層也為曹文詔的陣亡而震驚。
這次戰役之後，李自成更是如魚得水。在故土作戰，地形熟悉，人民擁護，為殲滅敵人奠定了一定的基礎。李自成一麵著手聯絡各路義軍，一麵與洪承疇展開遊擊戰。時而行軍，時而攻城，牽製明軍，同時打擊地主，把地主們剝削來的糧食分給百姓。這樣一直堅持到高迎祥等主力回到漢中。經過了這場鬥智鬥勇的戰爭，李自成和部下經受住了考驗，部隊得到了鍛煉，作戰水平有了大幅度的提升。
1636年，當李自成率兵縱橫關中之時，闖王高迎祥部遭到了盧象升的圍攻，損失慘重，最終掙脫包圍，向秦地轉移。
而後，後金祭告天地，改國號為大清，皇太極得皇帝尊號。從此，滿清貴族打著大清的旗號進攻中原，明王朝陷入腹背受敵的困境。由於民族矛盾的激化，起義軍在與明軍作戰的同時又肩負起抗清的任務。
在這種情況下，高迎祥部是農民起義軍中實力最強的一支，自然被明軍視為眼中釘、肉中刺，急欲除掉他。新任陝西巡撫孫傳庭到達陝西，和洪承疇分擔防務。孫傳庭充當了圍剿高迎祥部的主力。一場以高迎祥部為主要目標的反動圍剿開始了。
高迎祥率部轉移到黑水峪，尚未站穩腳跟，洪承疇和新上任的陝西巡撫孫傳庭便尾隨而至，雙方於是混戰在一起。起初，農民軍還打了一個小勝仗，而且官軍的參將李遇春也被擊傷，差點成了農民軍的俘虜。恰在這時趕上連綿大雨，高迎祥率領著農民軍到處轉移，躲避大雨，部下都疲憊不堪，許多人還生了病，就連高迎祥本人也疾病纏身，隻能強打精神勉強指揮戰鬥。這一狀況的出現，自然要影響到農民軍的士氣。這時，洪承疇和孫傳庭又使出毒計，對農民軍進行分化瓦解。孫傳庭命令手下在附近豎起兩麵大旗：一麵白旗，一麵紅旗。到白旗下的表示投降，到紅旗下的表示頑抗。這一手還真的起到了分化瓦解的作用。不少農民軍士兵竟然跑到白旗下，向官軍投降，甚至一些農民軍首領，如幹公雞、一鬥穀也暗中勾結官軍，準備受撫。
連續幾天的激戰，農民軍傷亡慘重，處境越來越艱難。一天，官軍趁雨後大霧，從四麵八方把農民軍陣地包圍起來。在亂軍當中，高迎祥的坐騎不知被誰偷去。高迎祥沒有辦法，便踉踉蹌蹌地向一個山洞跑去，結果被官軍發現俘獲。
崇禎皇帝聽到高迎祥被俘獲的消息，十分振奮，下令立即解來京師處死。由於擒獲高迎祥之功，洪承疇和孫傳庭各晉升一級。參加此役的官員都得到了不同的升賞。高迎祥之死對陝西的農民軍打擊很大，使得不少農民軍首領紛紛向官軍乞降。比如張妙手和蠍子塊都先後受撫，他們的部眾也被遣散。而後，蠍子塊被孫傳庭借故殺死。此次變故，使得農民軍鬥爭一時間處於低潮，嚴重影響了他們的發展。李自成聽到高迎祥戰敗被殺的消息後，十分悲痛。但他毫不氣餒，繼承了“闖王”的名號，繼續與官軍周旋。