武昌地理位置十分重要，是個著名的軍事重鎮。李自成剛剛到達武昌時，他就想把武昌作為根據地，在這裏據守，所以命令田見秀等率領農民軍迎擊尾隨而至的清兵，隻是很快便失敗了，麵對擁有如此強大攻勢的清軍，李自成意識到無法在武昌立足。為了盡快擺脫清軍，他決定撤離武昌城。至於大順軍到底該撤往什麼地方，就當時的形勢而言有兩條路，一是順江東進，二是南下。李自成於是率領大順軍從武昌先東進九江。
當李自成率部隊撤退到富池口時，清兵趕了上來，兩軍短兵相接，大順軍損失十分慘重。富池口毗鄰九江西，是沿江軍事要地。李自成在這次戰鬥中幾乎沒進行有效的抵抗就倉促撤往九江西。清兵依然馬不停蹄地尾隨在農民軍身後，一點喘息的時間也不給，李自成不得不隨之放棄九江西，轉而向西南方向撤去。總體而言，大順軍自從撤出武昌以後，雖曾對清軍進行過幾次反擊，但都是以失敗告終，大將劉宗敏和軍師宋獻策也被清軍俘獲後殺掉。盡管如此，李自成從九江西轉而向西南方向撤退，應該說還是有他的策略的。
九江地處湖北、江西和安徽三省交彙處，是當時著名的軍事要地。左良玉抵達九江後沒過多久，就由於伏懼、煩悶，引起舊病突發，“嘔血數升”而死。他的兒子左夢庚接替左良玉之職帶領其眾，駐紮在九江東，此後攻城略地，很快占領了江西和安徽交界處的許多州縣。李自成率領大順軍移師九江西後，不敢在此地久留，於是掉頭南下，向江西和湖北交界地區轉移。從此時的形勢而言，李自成正處於被前後夾擊的危險境地。當清兵到達後，左夢庚不僅沒有對清軍進行任何抵抗，反而攜城投降了。
1646年夏天，中國政治舞台上的幾大軍事集團都雲集在長江中下遊，進行殊死的較量，而占絕對優勢的則是清軍。多鐸統率的清軍已在四月攻克揚州，史可法殉難，南明的福王政權已朝不保夕。李自成此時已處於十分被動的境地，他轉向西南方向的通山縣進擊，企圖打破這種被動局麵。但由於李自成連遭敗績，無數船隻都被清軍奪走，部下也已經散亡過半。
李自成率部退到通山縣東南的九宮山一帶。此時正值盛夏季節，酷暑難耐，再加之疾病肆虐，農民軍的士氣尤為低落。此時最大的困難就是軍餉的籌措問題，大批人馬集中在這一小小山區，打糧特別困難，打糧的士兵還屢次遭到鄉勇的襲擊。有些人實在忍受不了，就偷偷地投降了清軍。
阿濟格率領清軍尾隨而至，對農民軍展開了大規模圍攻。此時李自成的部下已是士氣不振，幾乎已沒有任何戰鬥力，連遭敗績。他的兩個族叔被清軍俘虜，養子張鼐的妻子也成了清軍俘虜。跟隨自己征戰多年的大將也損失殆盡，這一切都極大地動搖了李自成的信心。
李自成率領幾個隨從越過九宮山嶺時，遭到許多鄉勇的襲擊，最後他和隨從被衝散。李自成獨自一人來到小月山的牛脊嶺，結果被鄉勇程九伯等人打死。當時他們還不知道這個人是誰，後來才發現，這個被打死的人原來就是赫赫有名的闖王李自成。李自成的戎馬一生到此就結束了，死時年僅41歲。至此，中國曆史上硝煙彌漫的明末農民大起義也同時徹底退出了曆史的舞台。
悠悠三百年，彈指一揮間。李自成及其將領們的革命精神將與世長存，永載史冊。