李自成首先向東南方向撤退，他們並沒有直接從武關奔襄陽，而是繞道先進入河南，經淅川、內鄉到鄧州，再由鄧州南下襄陽。當李自成抵達內鄉時，曾作了短暫的停留。但由於清兵尾隨而至，北路清軍也直追而來，這種情況不允許在內鄉久留，最後李自成就撤往鄧州，由鄧州再返到襄陽。
李自成在襄陽也沒有停留很長時間，就轉移到承天、荊州、德安一帶。由於大順政權在這一帶的基礎較好，因而許多州縣仍處在其控製之下。李自成沿途收攏在這一帶駐防的大順軍，使兵力得到一定的補充，實力有所加強。李自成將這些守禦地方的大順軍收編起來，目的是擴大力量，一起南撤，以躲避和防禦清兵的追趕。由阿濟格率領的北路清軍進軍十分迅速。他的任務本來是進攻陝西，但他在內蒙一帶征集馬匹，耽誤了時間，阿濟格為此受到多爾袞的訓斥，同時多鐸攻破西安。這樣，阿濟格為了立功贖過，從進入陝北後就火速南下，分兵圍攻榆林和延安，自己親率主力南下追擊李自成。而多鐸率領的那支清軍則回頭去進攻南明。在阿濟格的追擊下，李自成幾乎沒有一絲喘息的機會。他意識到襄陽無法堅守，所以就將這裏的守禦兵也收編起來，一起南撤。在撤退過程中，他和阿濟格率領的清軍激戰無數次，希望能扭轉被動局麵，但結果都是以失敗告終，損失慘重。
當三月初李自成大軍到達承天時，鎮守武昌的左良玉曾向南京的福王政權緊急告急。李自成率大順軍抵達潛江，聲稱要攻打武昌，因此使得左良玉大為恐慌。在長期的角逐中，左良玉是逢李必敗，幾乎沒有得到什麼便宜，所以打心眼裏害怕李自成。而對付張獻忠他就顯得特別有辦法，幾乎是逢張必勝。所以，張獻忠也一直把左良玉當做勁敵，盡量避免與他發生摩擦，這也就成了左良玉的一個重要資本。在當時，左良玉的這支軍隊可以說是南明政權中最得寵的一支部隊，有著相當強的戰鬥力。隻是，當他一聽到李自成率兵來奪取武昌的消息後，心裏非常害怕。為了不與李自成發生正麵衝突，他就以“清君側”和救太子為旗號，率兵順流東下，直逼南京。
當時在南京發生了“偽太子案”。有一個年輕人從北京到杭州，又到金華，說自己是死裏逃生的崇禎皇帝的太子。如果是事實的話，他將是明朝皇統的正式繼承人，南明政權就應該擁立他為皇帝。此時在南京即位的是福王朱由崧，年號弘光，史稱南明福王政權。福王聽說這件事後十分震驚，立即派人把這個年輕人帶到南京，然後投入監獄，說他假冒太子，對他施以重刑，想把他害死。南明朝野上下對此事議論紛紛，多數大臣認為是假皇太子，少數大臣則不明確表示自己的態度，一些內侍則認為是真的，但懾於福王的威權而沒有敢諫言的。但是，當時南京的市民多稱其是真太子。這件事與“朋黨之爭”又摻和在一起，因而變得愈加複雜化，許多在外武將都揚言太子是真的。南明朝廷為這事特別傷腦筋，一時不敢把這個年輕人草率處死。這就給左良玉提供了一個起兵借口，以“奉太子密旨”誅殺權奸馬士英為名，大舉進兵，順流東下，放棄了武昌城。一個月後，李自成的大順軍不費一兵一卒就進入武昌。由於當時陰雨連綿，道路泥濘不堪，大順軍中的大量隨軍家屬，又以老弱病殘居多，這給行軍造成極大的困難。李自成原想在武昌休整一段時間，他甚至還在附近州縣委任了大順政權的官員。但是，由於清兵進軍神速，李自成在武昌僅僅停留了兩天，就順流東下，向九江轉移。