甲申年（1644）四月，李自成率軍進攻北京，崇禎則自縊在煤山上，南明朝廷的大臣們又麵臨著解決王朝繼統的問題。北京的這次劫難，崇禎的三個兒子沒有一個逃出北京，隻好從藩王中挑選。而當時藩王中尚存的神宗直係子孫，有福王、惠王、瑞王、桂王四人，後麵三者分別在廣西、四川，地處僻遠，離南京近的隻有從河南逃來的福王朱由崧和旁係的侄兒路王朱常芳。閹黨阮大铖與鳳陽總督馬士英密謀此事，阮大铖建議立福王朱由崧。其時福王有昏庸之名，但是阮大铖、馬士英認為這樣的皇帝更容易控製，於是就聯絡總兵黃得功、劉良佐、高傑、劉澤清等實力派，宣布擁立福王。兵部尚書史可法卻認為立福王有“七不可”，即貪、淫、酗酒、不孝、虞下、不讀書、幹預有司，這種人做了皇帝一定會禍國殃民。然而，福王朱由崧被馬士英等人早早迎入南京，史可法與高弘圖無奈，也隻得加入了奉迎的行列。南明控製的區域，東自黃河下遊以南，西迄武昌長江以南，其物力、財賦、人力也比清廷所控製地區雄厚。當時南明設江北四鎮，共擁兵30萬。武昌的寧甫侯左良玉，擁兵20萬。
福王繼位之後，組成了東林黨和閹黨混合的內閣，閹黨因為擁戴有功，掌握著朝廷的權力，竭力排擠、打擊東林黨人，史可法因受到排擠，離開了南京，督師揚州，高弘圖則被迫辭職。阮大铖入朝後，任兵部尚書，借作“順案”之名，恢複了特務機構東廠，處死了東林黨和複社人士。史可法曾上書要求給士兵加餉，然而馬士英卻將奏折扣下，將史可法的士兵的薪水全扣了下來。當時眾將慫恿史可法反南京，以“清君側”為名，將馬士英殺掉，但史可法以大局著想，沒有同意。朱由崧在政治上毫無作為，生活上荒淫透頂，政事全委托給馬士英處理。
皇帝如此，大臣們當然也毫不遜色。將領們一樣也隻知道吃喝玩樂，對目前的現狀毫不關心，也毫不了解。江北四鎮中，二劉的兵隻能“虛誇不中用”，唯高傑的兵戰鬥力強。高傑這個人凶悍桀驁，卻毅然拒絕清肅王“大者王，小者侯，世世茅土”的誘降，疏請以己重兵駐歸德，冒著大雪，沿黃河築牆，專力防禦清兵，並聯絡河南睢州總兵許定國“以奠中原”。不料許定國卻暗通清兵，他設計在酒後謀害了高傑，渡河降清，並引清兵至儀封。就在清兵迅速南下形勢危急的時刻，擁有數十萬重兵、鎮守武昌的左良玉，發兵南下，要“清君側”、“除馬阮”。馬士英卻公然提出：“寧可君臣皆死於大清，不可死於左良玉之手”。當時有人抗言：“淮揚最急，應亟防禦。”馬士英命令“有議守淮者斬”，朝議之後，竟詔史可法盡撤江防之兵以防左。史可法扼守揚州，以身殉國。他的頑強抵抗招致清兵的“揚州十日”大屠殺。
明朝滅亡後，1646年12月在廣東肇慶建立的南明永曆政權曾經為袁崇煥平反。然而不到一年，永曆政權就覆亡，因此這次平反的影響十分有限，袁崇煥的冤情還是鮮為人知。時隔五十多年後，清朝步入了康熙盛世，滿漢民族仇殺的傷口逐漸愈合，原來屬於軍政機密的曆史檔案逐步公開。康熙二十一年（1682），清朝向全國頒行《鈦宗文皇帝實錄》，皇太極在南苑密設反間計、縱楊太監歸明等細節公諸天下。到這個時候，袁崇煥沉埋53年的冤情才真相大白。又過了近一百年，乾隆四十五年（1780），乾隆皇帝校閱《明史》，了解到袁崇煥的冤案，感慨萬分，對身邊的大臣們說：“袁崇煥在遼東做將帥期間，雖然與我大清為敵，但他忠於自己的國家和守衛邊疆的職責，在明朝政局混亂、皇上不辨真假的情況下遭受慘刑而死，實在可惜，令人同情。”乾隆皇帝下令有關官員查明袁崇煥子孫後代的情況向他奏報。一年後，清朝廣東巡撫尚安將查明的情況報告了乾隆皇帝。袁崇煥沒有兒子，由嫡係堂弟袁文炳的兒子繼承香火，到這時已傳承五代，有一個叫袁柄的五世孫，略識文字，明白事理。根據尚安的奏請，乾隆皇帝批準按照安置熊廷弼後代的做法，補選袁柄為低等官吏。同時，為袁崇煥及當年冒死替袁收屍埋葬的佘氏修建墳墓，表彰兩人的忠義氣節。袁崇煥的冤案算是真正得到了平反。
到了民國初年，康有為出麵，各界人士在袁崇煥的墓旁建立袁祠。1984年，經佘家傳人佘幼芝爭取，北京市政府將袁墓、袁祠列為文物保護單位，2002年，耗資500萬元遷出其中的居民，全麵維修，並於當年11月對外開放。佘家17代人曆時372年為明朝傑出將領袁崇煥守墓的感人事跡經媒體披露後，在社會上引起很大反響。