聽了燕太子道出了心中所願，荊軻沉默了好一會兒才做回答，說：“這是國家的大事，而且此事的成敗所關係到的後果非同小可，我的才能低劣，恐怕不能勝任。”太子的情緒很激動，聽到荊軻拒絕的言辭，上前伏在地上，並且向荊軻叩頭，堅決請求不要推脫，最後荊軻便同意了。當時太子就尊奉荊軻為上卿，卿是當時的一種官職，分為上、中、下三等，上卿便是諸侯之下最高的官職，相當於後來所說的宰相，並且安排荊軻住進燕國當時最上等的館舍，可能相當於現在的五星級國家賓館，可見燕太子對於荊軻的重視和對此項行刺計劃寄予了很大的希望。此後，太子天天到荊軻的住所進行拜望，不但供給精美貴重的飲食，時不時地還獻上奇珍異寶，車馬美女也任荊軻隨心所欲地享用，太子這些做法都是為了滿足荊軻的心意。
過了很長一段時間，荊軻都沒有要開始行動的表示。荊軻並不是貪戀物質的享受，隻是他在等待時機。此時，秦將王翦已經攻破趙國的都城，俘虜了趙王，把趙國的領土全部納入秦國的版圖。秦軍又揮師向北挺進，奪取了大片土地，一直挺進到燕國南部邊界。大兵壓境，燕國危在旦夕，太子丹心中十分恐慌，於是請求荊軻說：“秦國軍隊早晚之間就要橫渡易水，到那時即使我想要長久地侍奉您，可能也辦不到了。”荊軻回答道：“太子就是不說，我也要請求行動了。但是如果現在到秦國去，我沒有帶給秦王能夠讓他信服我的東西，我是不能夠接近到秦王的，那樣我們的計劃也不能實現。我聽說樊將軍如今在您這裏，秦王懸賞黃金千兩、封邑萬戶來購買他的腦袋。如果能得到樊將軍的人頭和燕國督亢的地圖，獻給秦王，秦王一定會非常樂意接見我，這樣我才能夠有機會報效您。”太子很為難地說：“樊將軍走投無路才來投奔我，我不忍心因為自己的私利而傷害了這位忠厚老實的長者的心，希望您能考慮別的辦法。”荊軻明白太子不忍心，但是為了大局就隻好讓部分人作出犧牲，更何況這也可能是樊於期的一條複仇之路，他於是就背著太子會見樊於期，向他說明情況和複仇計劃。“秦國對待將軍可以說是太殘酷了，您沒有做錯任何事情，隻因為秦王的一己私利就把您逼到今天這種境地，殘暴地殺害您的父母、家族的人。如今我聽說秦王還用黃金千兩、封邑萬戶，購買將軍的首級，您打算怎麼辦呢？”荊軻先從樊於期的利益出發對他進行誘導，可見荊軻不但是位武士，還長於辭令。荊軻的話正說中了樊於期心中的痛楚，他仰望蒼天，歎息流淚地說：“我每每想到這些，就痛入骨髓，考慮再三，但是卻找不到任何出路能夠讓我報仇。”荊軻說：“現在有一個計策不但可以解除燕國的禍患，還能洗雪將軍的仇恨。”樊於期湊向前說：“您究竟想怎麼辦？但說無妨。”荊軻說：“希望得到將軍的首級，我把您的首級獻給秦王，秦王一定會非常高興地召見我，我左手抓住他的衣袖，右手用匕首直刺他的胸膛，那麼將軍的仇恨可以洗雪，而燕國被欺淩的恥辱也可以滌除了，將軍是否有這個心意呢？”樊於期聽了荊軻的計策很激動，他脫掉一邊衣袖，露出臂膀，一隻手緊緊握住另一隻手腕，走近荊軻說：“這是我日日夜夜切齒碎心的仇恨，今天才聽到您的指引，就讓我獻身來幫助您實現這個計劃吧。”於是就自刎了。太子聽到這個消息，駕車奔馳前往，趴在樊於期的屍體上痛哭，極其悲哀。事情既然已經沒法挽回，隻好踏著獻身人的鮮血上路，於是就把樊於期的首級裝到匣子裏密封起來，準備派上用處。
俗話說，工欲善其事，必先利其器，關於荊軻刺秦王用的匕首有很多的傳說。當時太子已預先派人尋找天下最鋒利的匕首，最後選用了趙國人徐夫人的匕首。這個徐夫人是戰國時的鑄劍名家，姓徐，名夫人，是個堂堂的男子漢，太子花了百金買下他的匕首，讓工匠用毒水淬它，用人試驗，隻要見一絲兒血，那人就會立刻死去。於是就準備行裝，送荊軻出發。燕國有位勇士叫秦舞陽，13歲時就殺過人，別人都不敢正麵對著看他。太子讓這個秦舞陽做荊軻的助手。但是荊軻此時正等待一個人，打算同這個神秘的朋友一道出發，那個人住得很遠，還沒趕到，而荊軻已替那個人準備好了行裝。又過了些日子，荊軻還沒有出發，太子認為荊軻是在拖延時間，懷疑他反悔，就再次催請說：“日子不多了，荊卿有動身的打算嗎？請允許我派遣秦舞陽先行。”荊軻聽了這話很生氣，他知道自己的遲遲不動身已經引起了太子的懷疑，同時也為太子的心浮氣躁感到失望，於是斥責太子說：“太子這樣派遣是什麼意思？隻顧著急去執行任務而不顧是否能完成使命回來，這種急於行事的做法是沒出息的小子的行為！況且是拿著一把匕首進入難以測度的強暴的秦國。我所以暫留的原因，是等待另一位朋友同去，以確保計劃能夠順利完成，眼下太子認為我拖延了時間，那就告辭訣別吧！”於是就出發了。