謝安時代從大的時期來說，分為兩個階段：
第一個階段是太元元年到太元八年淝水之戰，是謝安事業登頂階段，在這個階段，謝安和朝廷諸人麵臨的主要問題是如何抵禦前秦的攻擊，這個是核心問題。前秦政權作為東晉幹部群眾的全民公敵，促使大家齊心協心抵禦外侮。而且是外敵越逼近，人民越需要團結。在表麵上的上下一心共禦強敵的形勢麵前，一靚遮百醜，東晉的內部許多矛盾就被掩蓋，而後世的曆史學家，一向是注重行文可讀性勝過事實準確性，行文的需要，也略化了許多問題。
但其實東晉內部矛盾還不少，以謝安為中心，最主要有三個：
一是桓謝矛盾，不過由於桓家擁有地方實權，而且整天在前線作戰，知道國事艱然，基本上能和謝安和平共處，在朝廷有難，謝安遇困的時候，還多次主動積極幫助。
而謝安也自知實力不如別人，也不敢對桓家大包大攬，一幅吃定人家的樣子，所以兩家基本能擺平關係；雖然後來兩家在江州刺史的人選等問題上有衝突，但到太元九年，由於桓衝死後謝安未並吞其地境，而以桓豁諸子以及桓伊分督荊、江、豫州，妥善解決，“彼此無怨，各得所任”。
二是王謝矛盾，這個王是太原王國寶，這個人原本是謝安的女婿，但是謝安一向看不起他，結果人家妹妹嫁了個好老公司馬道子，於是小人得誌，在司馬道子後麵興風作浪，出謀劃策。但是王謝矛盾其實是馬謝矛盾的變體，而且王國寶之流沒有實權，所以不是大患。
最嚴重的問題就是第三個矛盾，馬謝矛盾，也就是司馬皇室和謝安的矛盾，這個矛盾甚至等不及淝水之戰，前秦侵略，就顯現出來，在淝戰前夕，皇帝竟然任命年僅二十多歲的司馬道子，與德高望重的謝安共錄尚書事，明擺的要分謝安的權，史家為皇帝諱，說其實是司馬道子搞的鬼，但是沒有司馬曜在背後作靠山，誰能動得了當朝第一權臣？
第二個階段是太元八年到太元十年謝安逝世的兩年，謝安一力幫助振興皇權，原來是想對付那些意圖作亂的權臣，比如桓溫之流。但是結果就跟武俠小時裏的大內高手，雖然平時血滴子出神入化，如果一不小心，把血滴子甩到自已頭上，等到外敵被打敗，司馬皇帝就跟曆代皇帝一樣，兔死狗烹，以子之矛，攻子之盾，更下死力逼謝安，生生把他給逼到徐州，最終鬱鬱而終。
總之，太元年間前半段，東晉在謝安的治理下，雖然一時呈現強盛氣象，但內部積弊仍然時刻作祟，外憂內患交叉出現，束縛著謝氏的手腳，使他不能盡展宏圖。