劉基走了，可是後人給他的評價卻留了下來。明朝的大學者王世貞曾經說：“有人將誠意伯比作張良，他在謀略上確實無愧於張良，但是說到做官或不做官的氣節，卻比張良差遠了。”王世貞認為劉基是元朝的進士，又是元朝的官吏，後來幫助朱元璋滅元，於氣節有虧。這是一種評價。另一種是明人廖道南的話：“漢代大封功臣，張良僅僅要求封為留侯就滿足了，然後專心於道術，明哲保身。而劉基卻沒有急流勇退，猶豫在朝，最終就像野雞投於羅網一樣獲罪。”
劉基不能安心做一個元朝的忠臣，卻心甘情願地輔佐朱元璋，以儒家“忠臣不事二主”的標準來看，確實容易招來批評，更何況，他還曾是元朝的進士。明清兩代都有人以此來批評劉基。但明末投降清朝的大學士錢謙益，對劉基卻十分同情和理解，見解更加透徹。錢謙益認為，劉基在元朝為官時，迫切想要為朝廷效力，可是朝廷卻不重用他，讓他傷心到底。後來輔佐朱元璋成就帝業，封伯爵，好像就沒有絲毫的豪氣了。難道真是像人們猜測的那樣，是所謂的“變節”為劉基帶來了負罪感嗎？然而我們看到劉基輔佐朱元璋運籌帷幄的自然，很難想象他的內心真的有負罪感。對於元朝，劉基已經失望透頂，這樣的朝廷他又能有多少留戀呢？劉基晚年悲歎背後的真正原因是因為他在洪武初年不斷受到淮西集團的排擠和朱元璋的猜忌。
劉基真正的悲劇在於，他是一個奇才般的人物，但卻遇到了明太祖朱元璋這樣的帝王，成就不了他聖君賢相的夢想。這是劉基的不幸，也是朱元璋的不幸，更是大明皇朝的不幸。朱元璋處心積慮地消滅了所有他認為能夠威脅他皇位的人，功臣元勳幾乎全被他殺光。可是，誰料想，在他苦心經營的身後，自己的兒子就起兵造反，推翻了他立的建文帝，也就是所謂的“靖難之役”，這不能不說是曆史和朱元璋開的一個玩笑。
劉基離開了，他的封爵並沒有被恢複。他去世之後，朱元璋看到了他臨死前書寫的奏疏，此時又發生了胡惟庸黨獄事件，記起了劉基的提醒，又下詔恢複他誠意伯的爵位，以此來表示對劉基的補償。朱元璋在窮治胡惟庸黨人的同時，嚴查劉基的死因，將這罪名送給了胡惟庸。劉基到底是被胡惟庸謀害致死，還是胡惟庸受到朱元璋的指使，這都無從查起了，成了曆史懸案。後來，朱元璋羅織胡藍黨獄，誅殺功臣，劉基可謂是幸免於難了。李善長全家被殺，幾乎所有的功臣都和他同樣的下場。這些人都成了明朝的罪人，終明之世，沒有皇帝為他們平反。與這些人相比，劉基是幸運的，既得善終，還保全了自己的家人，朱元璋最後還是表彰了他。到了世宗嘉靖皇帝時，這位皇帝為了在“大禮儀”爭鬥中取得主動，下詔褒揚劉基，並一下子拔高了劉基的地位，這就為營造劉基神話締造了開端。
嘉靖皇帝冊封了劉基，並把他供奉在太廟，與朱元璋同受大明朝皇帝的祭祀。他的後人得到了誠意伯的封號，又成了明朝的勳爵。可是，劉基沒想到的是，自己的家族中後來也出現了大明朝的叛逆。明崇禎十七年（1644年），明思宗朱由檢在景山自縊，留都應天的大臣便要再立皇帝，此時作為劉基後人的操江禦史、誠意伯劉孔昭堅持立昏庸的福王朱由崧為帝，自己想入閣做大學士。兵部尚書史可法以勳臣不得入閣的舊例拒絕了他，他便任用奸臣馬士英，使得南明朝廷腐敗不堪。最後清軍南下，攻破應天，作為大明勳臣的劉孔昭竟然率先迎降，做了清朝的順臣，此時在九泉之下的劉基若有知，不知會作何感想。自己為創建大明嘔心瀝血，一生忠於大明，自己的子孫卻甘做叛臣，這是他肯定想不到的，這真是曆史與他開的一個玩笑。
有後人去拜祭劉基墓，寫下這樣的詩“臥龍名大終黃土”，實在是很恰當。再英武的謀略之士，終究也逃脫不了一抔黃土的命運，隻留下蓋世奇功、詩文美名和數不盡的神奇傳說，供後人回味。