昆陽城裏的王鳳、王常見外麵打了勝仗，就打開城門衝了出去，兩下夾攻，王莽軍隊四處奔逃，相互踐踏，伏屍百裏，血流成河，王尋帶著剩下來的幾千人逃回洛陽，劉秀繳獲的軍實輜（zī）重，不計其數，用了一月的時間還沒有收拾完畢。
昆陽一戰，沉重地打擊了王莽政權，劉劉秀也因此聲名鵲起。王莽為之坐立不安，連飯也不想吃。海內豪傑蜂擁而起，殺掉州郡官吏自稱將軍，接受更始皇帝的年號，等待詔命。
正當此時，新市、平林軍的將領們看到劉劉秀兄弟的威名日益大起來，心中不安，勸劉玄除掉他們，甚至連本來與劉兄弟關係密切的李軼也轉向劉玄。劉玄自然感覺到劉兄弟是榻旁之虎，於是，劉玄準備殺劉和劉秀。劉玄弄了個鴻門宴，準備殺掉劉，但這個劉玄也許想做當年的項羽吧，放了劉。不過劉玄並非項羽，他不過是因膽怯沒有下手。劉總算逃過一劫，但不久後，他手下就把他帶進了陰曹地府。這個手下是劉稷，倒有些匹夫之勇，聽說劉玄想殺劉，便破口大罵劉玄。他的話很快傳到劉玄那裏。劉玄就把這個有勇無謀的將軍給抓了起來，劉前去說情，也被劉玄抓起來，與劉稷一同殺了。
按常理，劉秀肯定不會饒過劉玄，一定要找他算賬，以報殺兄之仇。但是，劉秀自己有自己的考慮。他現在的實力還鬥不過劉玄，隻能等待時機。他非但沒有找劉玄算賬，還趕緊跑到宛城請罪，麵見劉玄，仍然是和顏悅色，壓根兒就不主動提長兄被殺一事。他孝服不穿，喪事不舉，言談飲食猶如平時。而劉秀每當獨居，總是不喝酒、不吃肉，以此寄托哀傷。身邊的人發現他枕席上有哭泣的淚痕，叩頭勸他自寬，他卻否認說：“沒有的事，你不要胡說。”
劉秀如果不能克製自己，質問劉玄，很可能就被殺害，與其兄一樣下場，哪還有什麼宏圖大誌可言？況且自己也是有功之臣。在昆陽大戰中，他率十三騎突圍求援，建立奇功。劉秀如果述說一下光榮曆史，或許會討好劉玄，增強他對自己的相信度。但劉秀卻隻字不提，自有他的高招。劉玄見劉秀沒有反對他的意思，有些慚愧，拜他為破虜大將軍，封武信侯。
公元23年，劉玄的軍隊相繼拿下了長安和洛陽。劉玄打算以洛陽為皇都，命劉秀前往修整宮府。劉秀到任，安排僚屬，下達文書，從工作秩序到官吏的裝束服飾，全都恢複漢朝舊製。當時關中一帶的官員趕來洛陽迎接皇帝劉玄去長安，見大紅大綠，胡穿一氣的劉玄將領們感到滑稽可笑，而見到劉秀的僚屬卻肅然起敬。一些老官員流著淚說：“沒想到今天又看到了漢朝官員的威儀！”
經營河北一統乾坤
劉玄到了洛陽，需要派一員親近大將代表朝廷去河北一帶，宣示朝廷旨意，要那裏的郡國遵守朝廷的詔命。經過一番爭議，選定了劉秀。
劉秀就以更始政權大司馬的身份前往河北。劉秀在河北，每到一處，考察官吏，按其能力升降去取；平反平反：把判錯的案件或做錯的政治結論改正過來。冤獄，釋放囚徒；廢除王莽苛政，恢複漢朝的官吏名稱。所做之事，均都順應民心，因而官民喜悅。
當時的河北最大的勢力是王郎，他自稱是劉邦的後代，號召力很大，結果很快被劉秀消滅。消滅王郎以後，在清理繳獲的文書檔案時，發現官吏與王郎勾結一起毀謗毀謗（bànɡ）誹謗。劉秀的材料有幾千份。如果追究起來，會引起一大批人逃跑或造反。劉秀根本連看也不看，把官吏們召集起來，當麵一把火燒掉，真正起到了“今反側者自安”的效果，使那些惴（zhuì）惴不安的人下定決心跟劉秀到底。
劉秀初到河北之時，兵少將寡，地方上各自為政，無人聽他指揮，雖能“招攬英雄，取悅民心”，但畢竟沒有大量軍隊。他為王郎所追捕，曾多次陷入窘境。後來，他逐漸延攬延攬：聘請。了鄧禹、馮異、寇恂（xún）。姚期、耿純等人才，又假借當地起義軍的名義招集人馬，壯大聲勢，並聯合信都、上穀、漁陽等地的官僚集團，才算站住了腳。由於他實行寬厚的政策，服人以德而不以威，眾人一旦歸心，就較為穩定。
更始皇帝派使節趕到河北，封劉秀為蕭王，並命令劉秀停止一切軍事行動，與有功的將領趕到長安去。這表明劉玄已經對劉秀不放心，劉秀便以“河北未平”為理由，拒絕應征去長安。劉秀與劉玄的裂痕從此開始明朗。