為了便於蜀漢政府管理和控製這些地區，諸葛亮把原來叛亂地區的4個郡改為6個郡，並派一些當地人或熟悉當地情況的人擔任郡守。郡數增加，郡區縮小，有利於防止地方勢力過大、搞分裂割據，這也是諸葛亮加強蜀漢中央集權所采取的有力措施。
為了改變南中地區的落後麵貌，發展南中地區的農業生產，諸葛亮還派內地人到那裏推廣先進的農業生產技術。那裏的少數民族本來采用刀耕火種的落後耕作方法，但他們很快就學會了牛耕，並學會了織錦和其他手工技藝。諸葛亮還注意在這一地區興修水利，灌溉農田，擴大耕地麵積。這樣一來，那些原來居住在深山密林中，過著原始狩獵生活的少數民族，也逐漸遷居到平地，建立村落，從事農桑生產。
南中地區開發之後，給蜀漢政權帶來了很大的好處。當地生產的金、銀等礦物，以及耕牛、戰馬等，都源源不絕地運到蜀中，增強了蜀漢的經濟力量。此外，諸葛亮還從當地少數民族中選取一批強壯男子，編成軍隊，連同他們的家屬一萬多戶，遷到蜀中，以補充蜀漢兵源的不足。這支軍隊驍勇善戰驍（xiāo）勇善戰：非常勇猛，善長戰鬥。，號稱“飛軍”，成為蜀軍中的精銳力量。
諸葛亮對少數民族實行的“和撫”政策和措施，對加強祖國西南地區的統一，促進西南各族間的友好往來和社會經濟的進步，起了積極作用。他在開發西南地區方麵的功績，是應該充分給予肯定的。正因為如此，千百年來南中各族人民對諸葛亮寄予深切的懷念，從南中地區流傳至今的許多生動的有關諸葛亮的故事中，就可看出這一點。
五出祁山鞠躬盡瘁
北伐曹魏，複興漢室，統一全國，這是諸葛亮早已在《隆中對》中提出的奮鬥目標。
西南地區的叛亂已平定，蜀漢內部也比較安定，而此時（公元226年）魏文帝曹丕病死，子曹睿（ruì）即位，曹魏政局發生了變化，諸葛亮認為這是北伐的一個好時機。經過一番準備，在第二年春天，諸葛亮親率軍隊，北駐漢中，伺機進擊曹魏。臨行前，他向後主劉禪上了一篇奏章，這就是著名的《出師表》。
《出師表》中，談到了北伐的目的，表示了自己要不辜負先帝劉備的囑托，努力去實現這一目標。同時也建議劉禪廣泛聽取群臣的意見，采納忠益之言，不要偏聽偏信；要賞罰公平，使宮廷內外執法如一。同時，諸葛亮在表中還推薦了許多賢能的大臣，要劉禪遇事多同這些人商量，然後施行。《出師表》集中地反映了諸葛亮的政治思想和主張，傾注了他對蜀漢政權的忠心和期望。寫得摯切誠懇，感人肺腑，是後世流傳久遠的名篇。
蜀漢建興六年（公元228年）春，諸葛亮率軍北伐。在出兵之前，他在南鄭召開了一次軍事會議，商定了進兵之策。為了迷惑曹軍，諸葛亮采取聲東擊西的辦法，他命趙雲、鄧芝帶領一支人馬，進駐箕（jī）穀（今陝西省褒城縣北），揚言要從斜穀道去攻打郿（méi）縣（今陝西省眉縣北），其實這是一支疑兵。而諸葛亮則親自帶領主力向西北去攻打祁（qí）山（今甘肅省西河縣西北）。
魏明帝曹睿上了諸葛亮的當。在他得知蜀軍進攻後，急令大將軍曹真調動關右諸軍屯守郿縣，堵截趙雲、鄧芝之軍。這樣一來，魏國的關中兵馬大部分被諸葛亮的偏軍牽製在東邊了。諸葛亮的主力軍兵強將勇，銳氣很盛，順利進入祁山。魏軍沒有防備，非常恐慌，原來屬於魏國統治的南安、天水、安定三郡相繼投降，諸葛亮還在冀城收降了魏將薑維。蜀軍軍威大振，而魏國朝野則為之恐懼，形勢對蜀軍非常有利。