狄仁傑官居宰相參與朝政之時，也正是武承嗣得誌之時，這一時期也是狄仁傑幾次步入險境之時。武承嗣看到狄仁傑剛正不阿，而且言語中處處表露出李氏為皇家正統，這讓武承嗣很是擔心，他深怕狄仁傑將是他立為皇嗣的障礙之一。後來幾次較量後，他就肯定了這一猜測。於是他便想方設法除掉狄仁傑。
武則天原本是一位皇後，因為她代多病的李治管理朝政，所以漸漸掌握了大權，後來她廢掉了自己的皇帝兒子，自己當了皇帝。這讓天下人很不服，當時有很多人反對她，因此她也懷有一顆多疑之心，對於謀反之事很是敏感。隻要是有反的行為，不管此人有多大的功勞，武則天都會很反感，有人因此失掉了性命，因此一時之間朝野之中有種緊張的氣氛。這時一些人便利用這個機會來鏟除異己。這位武承嗣也是如此，他知道別的罪名不足以讓武則天相信，但是謀反之罪定會讓武則天氣憤，這樣就會將狄仁傑除掉，這招的確很陰險。
長壽二年（693年）正月，武承嗣勾結酷吏來俊臣誣告狄仁傑等大臣謀反，這是他預謀已久的事。武則天很反感謀反，但她絕不會姑息，因此決定先調查清楚再說，如果無罪固然好，但是如果是真的也不會輕罰。這樣，狄仁傑等就被關入了監獄。武則天對來俊臣說，隻要查明真相就行了，千萬不要對他們動刑。但是來俊臣沒有按照武則天的意思去做，他對狄仁傑動用了刑罰，並且采用了誘供的手法。因為當時法律中有一項條款：“一問即承反者例得減死。”這是來俊臣逼迫狄仁傑承認“謀反”的一個圈套，狄仁傑如何不知道他的奸計，但是沒有辦法。與其被來俊臣酷刑逼死，不如等待時機，狄仁傑於是服了罪，他說：“大周代唐，萬象更新，我是唐的舊臣，應當被殺掉，我謀反是實！”來俊臣這麼快就能得到滿意的口供感到很高興，他對狄仁傑說“這樣才識時務”，於是便將狄仁傑等收監，隻等到時行刑。
這個時候，判官王德壽心懷鬼胎，他想利用此機會來除掉自己平素的障礙——平章事楊執柔。於是，他來到狄仁傑的麵前，告訴狄仁傑如果他能夠誣告楊執柔也參與了這次謀反，他一定保證狄仁傑會從輕發落。狄仁傑聽了，不由大怒，他說：“你當我是何等人，竟然讓我做如此有損陰德的事，讓我有何麵目存活於世。”狄仁傑說完便用頭重重地撞擊監獄的柱子，頃刻間血流滿麵。看到這種情況，王德壽感到十分震驚，他沒有想到狄仁傑竟是這般正義而又剛烈之人，雖然自己身處囹圄，但絕不會牽連無辜之人。可見他的高義，王德壽連連向狄仁傑道歉，說自己不該如此，忙叫人給狄公包紮傷口。狄公果然是高義之士，其高義之行讓人佩服。世界上有很多人，在困難之中因為生存而失去了氣節，這往往可以理解，畢竟生存是人的本能，但是在困境之中，能夠依然維持正義堅守氣節，這更加讓人佩服。而狄仁傑正是這樣的人，他沒有為了自己的生命出賣別人，真是一個仁人君子，那些小人的腐竹之光怎能與其日月般明亮的光芒相比？
來俊臣自以為已經完成任務，隻等武則天下旨定狄仁傑的罪。他也放鬆了對狄仁傑的監視。在無人之時，狄仁傑拆開被頭帛將自己的冤情寫入，並將幾日來所遭受的待遇全都寫在了上麵。寫好之後，將其放入棉衣之中，又重新縫好，然後請獄吏轉告家人取走其棉衣，他說：“天氣已經轉熱，所以就用不著棉衣了，請你讓我的家人換件薄的衣裳，我的家人不會白讓你走一趟的，一定會給你賞金的。”獄吏便答應了狄仁傑，把棉衣送到了狄仁傑家中。狄仁傑的兒子狄光遠得到這份冤狀之後，便將這份冤狀上告。這時武則天已經得到了來俊臣的報告，說狄仁傑已經承認謀反之罪。武則天正半信半疑。武則天看了這個冤狀便召見來俊臣詢問，她說：“我讓你審問狄仁傑等人，讓你不要動用刑罰，你怎麼竟然違抗我的命令對其用刑了呢？”來俊臣並不知道緣由，辯解道：“沒有啊，我對狄仁傑很客氣，天天好吃好喝的給他，還讓他穿著朝服，他並沒有受到刑罰，再說如果他沒有犯罪，也不必把汙水澆到自己的頭上啊。”武則天知道來俊臣是個小人，他的話不足以相信，於是她派通事舍人周琳調查此事，讓他看看來俊臣之言是否屬實。但是來俊臣在周琳來之前就讓人將狄仁傑的囚服脫下，換上朝服，並戴上朝冠站在監獄的西邊。周琳深知來俊臣的後台是武承嗣，因此不敢深看，沒有看到西邊，隻是看看東邊就草草回去複命了。來俊臣為了進一步使武則天相信狄仁傑謀反的事實，叫人以狄仁傑的名義寫了謝死表，讓周琳轉交給武則天。周琳的調查雖然沒有結果，但是此消息已經傳遍了朝野，大家都為狄仁傑的冤屈感到不平。一次武則天宴飲群臣，並讓群臣帶領自己的家人前來赴宴。在宴席之中，有一個孩子頗有靈氣，他便是前宰相樂思晦的兒子，還不到10歲，既聰明又有膽識，能夠從從容容地回答武則天提出的問題，武則天很是喜歡這個孩子，於是便允許他來宮中學習。一次與他閑聊，這個孩子說現在有很多人要被流放，他很傷心。武則天說他們是因為犯了謀反之罪，並問這個孩子是否喜歡謀反人？這個孩子頓了頓說：“看看他們是否是被冤枉的了，要是來俊臣等人審理過的，就不可信了，因為重刑之下沒有人不屈從。”這就等於告訴武則天，來俊臣判決的謀反之罪都是動用刑罰、屈打成招造成的。武則天感到很震驚，連一個不到10歲的孩子都知道此事，說明來俊臣的話的確不可信。