在神功元年（697年）十月，武則天將狄仁傑召回朝中，官拜鸞台侍郎、同鳳閣鸞台平章事、加銀青光祿大夫、兼納言，這就恢複了狄仁傑的宰相職務。此時的狄仁傑已經成為輔佐武則天的重要大臣，狄仁傑深感個人責任的重大，因而盡心竭力地關心國家的前途。他提出很多有益於社會和國家的建議，在以後幾年國家的社會政治生活中發揮了巨大的作用。尤其是他對待少數民族的政策，在今天看來仍具有進步意義。
狄仁傑認為對待少數民族應該以德使之安定，他曾上書說：“天生四夷，自古以來都在先王疆界之外，所以東邊抵達滄海，西邊阻隔流沙，北邊橫著大沙漠，南邊阻隔著五嶺。這是上天用以限製夷狄而隔開中原和外地。從典籍記載看，國家聲威教化已至三代時不能到的地方國。古時候，周宣王北伐至太原，文王將美好的教化推行於江漢流域。如今，三代邊遠之處，都已經成為我國的內地了，如果還對邊遠地區動用武力，在離國極遠之處求取功利，就會使我國府庫耗盡財糧，而又不能對那些人民征收賦稅，土地也不能耕種紡織，如果隻求取遠夷臣服的稱譽，而不致力於鞏固根本、安撫百姓，這樣根本不會定國安邦。前代的秦始皇和漢武帝已經是我們的前車之鑒，秦始皇為了擴充天下，不惜濫用武力，征集民力，使得天下百姓忍無可忍，以致於被人推翻。漢武帝也是極力追求擴大疆土、征伐天下，使人民不堪重負，很多人餓死，很多人為了生存隻好做了強盜，因此當時人民貧困，盜賊四起。幸好，漢武帝在晚年時悔悟，停止了征戰，減免賦稅，才使國家安定下來。如今陛下每年都征兵出戰，耗費大量的財物。為了鞏固西邊的四鎮與東麵的安東，軍事開支日益增大。百姓空虛貧乏、不堪負重。如今潼關以東地區大鬧饑荒，蜀漢地區的百姓顛沛流離，江淮以南征稅不停，使百姓不得不離開土地，為了生存做了盜賊。這樣一來，國家富強的根本已經動搖，這使我國的憂患加重。為了爭奪蠻夷的荒涼之地，我們沒有能力去安撫百姓。昔日漢元帝聽從賈損之的建議而廢掉了朱崖郡。漢宣帝任用魏相的計謀而放棄了車師屯田。他們不僅僅是不慕虛名，更重要的是他們不願意耗費太多的人力物力，加重百姓的負擔去舍本逐末，這正是亡國之策啊。近世貞觀年間，平定了突厥國，任命李思摩為可汗讓他來統治突厥諸部，這正是為了避免因戍守邊疆而征民遠去。夷狄反叛時去討伐他們，降服後再安撫，這真是推倒滅亡，鞏固存在的道理啊。如今，臣以為應該委任阿史那斛瑟多為高麗國的可汗，委托他治理四鎮，鎮守安東。這樣我們可以節省戍守安東的軍費，集中兵力於邊塞上，隻要他們侵犯我邊疆，就不必追究他們的責任，何必到其巢穴，與其計較長短呢？如果夷狄有冒犯之舉就讓他們還擊，如果沒有侵犯之意，就讓他們勤加防範，這種以逸待勞的作戰方式不是更加有利於邊疆的安定嗎？這樣一來，夷狄是客我方為主，他們疲憊而來，我軍正是養精蓄銳，哪有不勝之道理，吐蕃、突厥等輩也是如此，他們如果深入我軍，則必會被顛覆；如果冒犯，也不會得到什麼好處。這樣，數年之後他們必將臣服於我國，我們不費一兵一卒就能得到安定。”這個建議對於定國安邦很有好處，許多有識之士都很讚同，但是武則天並沒有采納他的建議。
聖曆元年（698年），此時武則天年事已高，所以需要定立繼承人，這時武承嗣、武三思，多次勸說武則天立自己為太子，武則天猶豫不決。但是，狄仁傑以國家的江山社稷為重，深知如果將國家交予武氏後人定會給百姓帶來災難，並且會引起暴動，他以政治家的深謀遠慮，勸說武則天應該順應民心，立廬陵王李顯為太子。但是武則天也沒有同意。當時，大臣李昭德等也曾勸武則天還政於李顯，但是也沒有什麼結果。狄仁傑明白武則天想讓周朝能夠長存，怕還政於李，使自己的心血化為泡影，而自己的侄子的確是不成器，讓天下人擔憂，她並不想違背民意。狄仁傑了解了其中的原因後，從母子親情的角度勸說武則天：“立子，則千秋萬歲後配食太廟，承繼無窮；立侄，則未聞侄為天子而附姑於廟者也。”武則天說：“此朕家事，卿勿預知。”狄仁傑聽後，鄭重地說：“王者以四海為家。四海之內，孰非臣妾？何者不為陛下家事！君為元首，臣為股肱，義同一體。況臣位備宰相，豈得不預知乎？”武則天聽完有所感悟，於是便采納了狄仁傑的意見，親自將廬陵王李顯迎接回宮，立為皇嗣。狄仁傑知道盡管李顯並不是賢主的最佳人選，但是因為武氏奪政已經在朝野上下引起了不滿，如果不在立太子這件大事上做出順應民意的決定，定會天下大亂的。此舉也讓狄仁傑成為了再造唐政的第一大功臣。