當列強還在為爭奪侵略權益大聲吵嚷，而疲憊的東方巨人含憤沉默之時，迸突的地火已經開始在學界孕育發生。1900年。杭州求是書院外院第1、2班學生組織了勵誌社。自立軍起義的消息傳到這裏，學生蔣方震作詩悼念漢口死難誌士，幾乎釀成大獄。次年。夏，教員孫翼中以《罪辮文》命題，學生們借機發揮，被人告密，激成轟動一時的“罪辮文案”。與此同時，南洋公學學生在教習吳稚暉等人的影響下，“思想日以浚，意氣日以壯”，認為“學生社會一日不立，則新黨一日不能結，中國一日無望”，於1901年。4月發起成立公會。總理張元濟聞知，開除首事諸生。“學中有誌之士，因是去者十七八人。”愛國青年。：《教育界之風潮》（上海，1903年。）第2章。該會名稱，蔣慎吾《興中會時代上海革命黨人的活動》一文記為“衛學會”。吳稚暉《回憶蔣竹莊先生之回憶》則說：是“主張校長教員應與學生同組一會，處理校務”。同年。12月，因反對校方無理開除學生，該校2班又有6人退學東渡日本。湖北自強學堂學生也“疊次滋事”。1901年。8月，又因不滿督撫派來的教習，將牌示毀棄，以示抗議。光緒二十七年。七月初九日（1901年。8月23日）《批自強學堂詳學生滋事各節》，《張文襄公公牘稿》卷二十六，第20頁。
第一次全體學生退學風潮於1902年。春發生在浙江吳興南潯鎮的潯溪公學。該校學生在民主思想的影響下，組織自治團體，設置議長，“凡總理或教習有何命令，彼等皆得集眾公議服從或反對之”陶貽勳：《論學生本分》，《萬國公報》第168卷。。他們因經常集會演說，遭到總理龐清臣的幹涉，十分憤慨，“以致相約解散”。學生們“事前則以火以劍”《南洋公學退學生意見書》，《選報》第35期。表現出反對專製壓迫的強烈情緒。此後，杭州、蘇州、廣州、安慶、梧州、南昌、開封等地，都相繼發生了零星的學生退學或哄動事件。廣東大學堂學生因總辦禁閱《新民叢報》、處分閱報學生並焚毀報紙，紛紛退學，轉赴日本、歐美或香港。《廣東大學堂紀聞》，《選報》第32期。河南高等學堂和杭州武備學堂學生反對閱讀《小學》、《孝經》或他們認為是“不急之務”的性理書，哄堂罷課。《河南高等學堂》，《國民日日報彙編》（三）。杭州中學堂風潮聲勢較大。1902年。5月3日，該堂全體學生80餘人，在湯槱等人的帶領下，群起反對校方無理斥退學生，並聯名控革監督。浙江巡撫任道榕反誣學生“挾嫌誣捏，結群成黨”《委員查察》，《中外日報》1902年。5月17日。。在高壓之下，多數學生被迫回堂複學，隻有湯槱等6人退學到上海，創辦《新世界學報》，鼓吹學潮和民主思想。
浙江嘉興秀水學堂風潮，除了反對專製、追求民主外，還帶有反帝愛國的性質。該堂學生在進步教習宣傳自由平等、國民獨立的啟發下，民主意識與日俱增，曾因同學黃大鎡被學校以“昌言”罪名斥退一事醞釀過退學。“卒以一二性質未化之人，暗中掣肘，好事遂虛。”1902年。9月22日，終因外國傳教士裴來儀來堂參觀時戲擊號鍾，激起風潮。學生們鄭重聲明：“號鍾是全學堂的主權，以主權把外人做玩弄，就是以學生把外人玩弄。”《秀水縣學的腐敗》，《童子世界》第13號。“非特壞學堂體統，實壞全國體統也。”《教育界之風潮》第10章。因總理煽誘家長來堂脅迫學生，退學行動又遭破壞。但在複課之後，仍有人挺身而出，與總理辯論，其中“最持公理”的龔寶銓等8人，因此以“聚眾魁首”之名被開除或自行告退。這次鬥爭成為學潮反對帝國主義文化侵略的先聲。
這些事件規模較小，孤立分散，基本是自發鬥爭，往往直接起因於非政治性事件，且隨起隨散，因此社會輿論反響並不強烈。不過，它們已經表現出了後來學潮的一些重要特征。從規模和形式上看，這些事件雖然隻是點點火星，但從一開始就散布於7個省區。學生們以哄堂、罷課和退學作為主要鬥爭手段。從內容上看，學生的直接目標是反對校方壓迫，同時受民主思想的影響，把自己與國家民族相聯係，以主人翁的姿態站出來維護國家尊嚴。他們反抗專製壓迫的行動和自治要求，反映出對於民主政治的向往。這些事件交織成學界風潮的序曲。南洋公學退學生曾明確把潯溪公學和杭州中學堂退學風潮稱為“我國學生革命之舉”《南洋公學退學生意見書》，《選報》第35期。看成自己行動的前驅。《新民叢報》評論道：“兩年。以來，若杭州，若廣州，若其他諸省，此等小小騷動，既已屢見不一見，雖其間團體不堅，輒被挫折失敗，而其機固已大動矣。”《南洋公學學生退學事件》，《新民叢報》第21號。這些鬥爭表明，國內學生正“駸駸乎挾文明之氣而漸種而漸動之”杜士珍：《學生大進步》，《新世界學報》第10期。預示著更大規模的學界風潮即將來臨。
1902年。11月16日，南洋公學8個班200餘名學生一齊退學，標誌著學界風潮的正式爆發。