反對外強侵略的杭州蕙蘭書院風潮，是另一類型的代表。主持該院的美國浸禮教會“反客為主，握我教育權”，不僅管理腐敗專製，而且一再強迫學生入教，激起學生的強烈不滿。1903年。4月28日，50餘人一致退學。他們呼籲社會起來“反抗異種人壓製之手段，迫辱之伎倆”，願以退學“為我浙江學生與宗教競爭、種族競爭開幕之第一日”《改進學社全體學生公函》，《蘇報》1903年。6月8日。。進步人士對這次鬥爭評價很高。《浙江潮》譽之為“中國教會學堂驚天動地第一次革命”《杭州美國浸禮會蕙蘭書院學生退校始末記》，《浙江潮》第4期。。《蘇報》則指出：“教會學堂，宗教壓製之小影也。”學生們“處教會勢力極熾之時而毅然為此”，不愧是“我國民之一大紀念”《讀〈杭州蕙蘭書院學生退校始末記〉書所感》，《蘇報》1903年。5月11日。。學生反帝愛國鬥爭的興起，使近代以來民眾反侵略鬥爭躍上新階段。肩負吸收文明、抵禦幹涉雙重重任的學生，不僅實現了這一複雜曆史使命的統一，而且落實在社會群體力量之上。
這幾種類型不僅展現了學潮的外觀，而且反映了促使學潮興起的內在動力。追求民主，反對專製，是推動學潮不斷高漲的根本動因。在26次退學和衝突事件中，因校方禁閱新書報和壓製剝奪學生權利而起的14次，反映出民主思潮在學界發展的勢頭。揚州儀董學堂學生在1902年。6月還相當守舊，總教習主張停拜孔子，“堂內諸生嘩然不服”《紀揚州學堂》，《大公報》1902年。6月20日。。時隔不到一年。學生的精神麵貌煥然一新。他們喜歡用新詞、看新書，甚至公開以新型功利觀反對虛偽的仁義道德。當頑固守舊的副總教訓斥學生“讀書不可存名利心”時，有人挺身反駁道：“生等進堂肄業，皆為名利，惟名利有公私之別。”《揚州學界中人來函》，《蘇報》1903年。4月24日。由於和學堂當局的矛盾日趨激化，反對專製，渴望民主自由，成為學生思想的主導。南洋公學學生就是突出代表。他們在演說中大聲呼喚革命，宣稱20世紀為“民族主義普行之時代”，“君主專製一物，誠二十世紀全世界所屏斥者矣”。而“專製弊不以共和繼之，逆天也”。因此他們斷言：“順天者，共和也，非專製也；道者，共和也，非專製也。惟共和能久存於世界，惟共和能深得夫人心。”他們把退學看成是與專製政府決裂，實現民主自由獨立的起點，認為：“公學者，專製君主國之小影也，專製君主國者，公學之放大照相也”《教育界之風潮》第3章。把自己組建的學校稱為“共和”學校，並準備創辦《共和報》《南洋公學退學生意見書》，《選報》第35期。。南京陸師、浙江大學堂、杭州蕙蘭書院和揚州儀董學堂退學生都欲步南洋公學的“後塵”《浙江大學堂退學生致愛國學社諸君書》，《童子世界》第22號。組建類似學校。有些學生還以“共和”、“自由”、“人權”為自己的名號。無怪乎《蘇報》說：“嗚呼！共和學校製度，豈惟是南洋公學二百餘人之思想有之，合中國通達士類腦筋步位，無不有之也。”《南洋公學學生一朝而同心退學者二百人》，《選報》第35期。顯然，學生們的思想已不僅限於愛國，而是在與專製主義的激烈衝突中，朝著徹底否定專製製度的革命方向突飛猛進了。
反對專製，追求民主自由成為學生思想的主導，是由中國社會矛盾的發展演變所決定的。20世紀初，專製皇權的統治已經走到了曆史的盡頭。帝國主義侵略加劇，清政府軟弱腐敗，民主思潮廣泛傳播，都加劇了人民大眾與清政府的矛盾。清廷推行新政，主觀上想鞏固統治，客觀效果卻是打開了缺口，使反專製力量凝聚起來迸突而出，矛盾衝突公之於世。對社會脈搏的跳動反應極為敏感的青年。學生的思想，正是尖銳矛盾急劇發展的集中表現。所以，雖然學潮往往直接起因於學生與學校當局的衝突，其實質則反映了民主與專製的根本對立。
隨著風潮的發展，學生們逐漸意識到建立團體的重要性。他們說：“革命之不成，無團也”，“必特結一大團體”，以“團與團相爭”，“革命始成”《教育界之風潮》第1章。。在潯溪公學、南洋公學和浙江大學堂中，出現了小型學生團體，它們在鬥爭中成為組織核心，一定程度上克服了學生情緒波動起伏和思想參差不齊的局限弱點，增強了群體力量，有利於挫敗校方分化瓦解的陰謀。同時還出現了一些區域性學生組織。如江蘇武（進）（丹）陽學生會，計劃“設本部於武陽，設支部於海內外各地，凡武陽學生均聯為一氣”。《武陽學生會擬章》，《蘇報》1903年。3月27日。南洋公學退學生殷次伊、南菁學堂退學生蔣維喬分別在常熟、常州設立學同盟會和修學社，“組織學界同盟，以立國民同盟之基礎”。《蘇報》1903年。4月6日。專製製度建立在統治者掌握著組織嚴密的政治軍事機器和被統治者的無組織狀態之上，民眾與專製政府對抗，並打破其政治壟斷權的唯一有效手段，就是廣泛動員起來，組成有機的整體。鬥爭的體驗使學生敏銳地把握住這一關鍵。不過，這一階段學生組織還比較少，許多學堂學生因此不能統一行動，導致鬥爭失敗。