值得注意的是，由於學生們緊密團結，學界風潮形成強大壓力，有些鬥爭在一定程度上取得了勝利。湖南師範館學生以退學抵製館長王先謙委派“學界之蠹”劉佐輯充任監督，王斥逐其中4人，“同學四十餘人，皆大憤麻（即王先謙）之無狀，複控之”《湖南學界風雲》，《國民日日報彙編》（二）。。巡撫趙爾巽不得不改派他人，並招回被開除的學生。江蘇清江江北大學堂、上海廣方言館和南京陸師學堂學生在鬥爭中堅決頂住了當局的陰謀破壞，甚至武力鎮壓，“務期忘私利明公理，求合天演之旨”《廣方言館風潮始末記》，《蘇報》1903年。5月10日。提出改良規章、課程、撤換監督等議案，“誓以去留爭之”。並且表示：“如改章不良，則破壞益烈矣。”《廣方言館風潮》，《選報》第50期。當局盡管調來軍警彈壓，但“懾於學生之動力”《陸師學堂之進步》，《俄事警聞》1903年。12月22日。被迫同意“一切章程，權從學生之議”《江北高等學堂大衝突記》，《國民日日報彙編》（三）。。這表明，在運動高漲的形勢下，學潮衝動了學校一級的專製秩序。
隨著學潮的深入，退學本身也經曆了一個發展變化過程，起初隻是作為反抗壓迫的應戰手段，後來被有目的地用來改革舊的管理製度，爭取合法權利。這樣，退學也就由自發的反抗變成自覺進攻的武器。一些學生還有意識地鼓吹以退學衝擊舊秩序。江蘇吳江江震學堂風潮中，有3名原潯溪公學學生聲言自己“嚐呼吸自由之空氣”，不願“伣伣屈服野蠻專製之下”，“但見種種衰敗之象猶不即去者，亦欲招昔年。潯溪同學，濟濟入校，合群力群智，移潯溪之手段於江震，以為江震光，且為支那學界光也”。《江震學堂學生退校始末記》，《國民日日報彙編》（二）。有的退學生還通過書信鼓動在校同學發動退學。南京陸師退學生林蠣致書水師學生張兆宣，要他聯合同學驅逐頑固監督，“不獲則必衝決此奴隸之奴隸之範圍，以圖獨立”。《蘇報》1903年。6月3日。愛國學社每當聽說發生退學風潮，“必發電賀之”蔣維喬：《中國教育會之回憶》，《辛亥革命》（一），第488頁。。一時間各地有誌青年。紛紛退學來投，“校舍為之不容”參見1903年。5月3日《蘇報》所刊愛國學社特別告白。。
拒俄運動的興起凸現出學潮的反帝性質，引起帝國主義分子的恐慌。《萬國公報》攻擊學生的愛國行為是“蠢動”，誣蔑其“不但害教，亦足以害國”《學生軍之平議》，《萬國公報》第173卷。。在北洋大學堂任總教習的美國傳教士上堂訓話，要學生“勿涉國是，致幹位卑言高之譏”《教習名言》，《江西官報》癸卯（1903年。）七月。。學生們用實際行動給予迎頭痛擊，“乃至教會中之青年。亦為風潮所鼓蕩，有倡編軍隊之說”《學生軍之平議》，《萬國公報》第173卷。。上海梵王渡約翰書院學生“夙錮於見聞”，“不知平等自由為何義”，“革命獨立為何事”，這時也有人“以新書新報提倡風氣”，使學生“如撥雲翳而見青天，眼簾為之一明”《蕙蘭書院學生退校始末記本誌附誌》，《浙江潮》第4期。。福州東文學堂是日本東亞同文會在福建的重要據點，經費和師資主要來自日本，社會進步人士說它“實欲籠絡吾民以為爪牙之用”《福建之現勢》，《黃帝魂》（台北，1968年。影印），第197—198頁。學生們把它比作“第二等之奴隸圈”，發誓“不得脫，無寧死耳”。拒俄運動中，日本代理監院桑田豐藏指使人暗中破壞學生組織的海濱公會，又阻撓學生開會悼念蹈海死事的同學陳鯤（即仇滿生），開除為此事請願的學生代表。學生們大為憤慨，“各議退校”，並提出裁止為“養倀而設”的同文會款，改聘教習等項條件，要求擺脫外來勢力的控製。“總董不得已，畢如所請。”《福州東文學堂學生退校及入校事件》，《國民日日報》1903年。8月8日。杭州蕙蘭書院退學風潮在很大程度上還是出於反抗壓迫的自發行動，而福州東文學堂學生公開要求收回教育權，反對為侵略者培養洋奴，已經含有自覺抵抗侵略的意義了。這次鬥爭的勝利發生在被日本視為禁臠的福建，狠狠打擊了它的侵略野心。
1903年。6月，《蘇報》由新任主筆的南京陸師退學生章士釗等人大加改良，公開提出排滿革命口號，把在清政府壓製之下瀕臨絕境的拒俄運動引向革命軌道。不久，愛國學社脫離教育會，為解決經費問題，“將《蘇報》全行歸其編輯，日日倡言革命”《鷦居日記》癸卯閏五月二十九日（1903年。7月23日）。號召國民“乘是而流一點萬世不磨之鮮血，造一個完全美備之政體，蕩清胡氛，強我種類”無名氏：《雜感》，《蘇報》1903年。6月11日。。《蘇報》改革以及由此引發的《蘇報》案，成為拒俄運動從愛國走向革命的轉捩點。