清軍入關，崇禎帝自縊身死，明朝傾頹。殘明勢力在南京建立弘光政權，柳如是支持錢謙益當了南明的禮部尚書。未久，清軍南下，金陵即將傾覆，旦夕之危中，柳勸錢與自己一起取義殉節，在刀、繩、水三種死法中選其一。錢麵有難色，沉思無語，最後選擇水池了結。當錢走下水後，心有不甘，以“水太冷，不能下”為由欲反身上岸。剛烈耿介的柳如是則“奮身欲沉池水中”，卻被錢氏托住並拽上岸。錢謙益涕泗滂沱，欲謀他圖。柳如是不忍，乃隨錢氏之便。於是錢便覥顏出城迎降，未久隨例去北京做了清朝的禮部侍郎管秘書院事。柳氏拒絕隨夫北上，堅留在南京做明朝遺民。錢受柳氏民族氣節的感召，又遭清廷猜忌，半年後便稱病辭歸。後又因案件株連，吃了兩次官司。柳如是在病中代他賄賂官吏營救出獄，並鼓動錢與尚在抵抗清廷的鄭成功、張煌言、瞿式耜、魏耕等仁人誌士聯係，共同進行反清複明大業。柳如是盡全力資助反清複明運動，並捐出私房錢和身配飾物慰勞抗清義軍。錢謙益降清，為後世所詬病，但賴有柳如是的義行，錢氏也一度婦唱夫隨地暗中投入反清複明運動，懺悔自贖，取得世人諒解，多少彌補了心理愧疚，曾寫下一些懷念故國、反對清朝、悔恨生平的詩作，內中多有不滿清室的情緒。
錢謙益一生終因大節有虧，仍為後人指斥，留下諂事閹黨、降清失節的汙名。乾隆三十四年，弘曆調閱《初學》、《有學》二集，見其中多有記載滿洲先世、明清和戰、譏諷薙發，且於字裏行間散布排滿思想。至於詆詈之詞，如“犬羊”“奴狼”“醜虜”“雜種小醜”“蛇豕”等含種族之見者，不一而足。弘曆認為這些“荒誕悖謬”“詆毀本朝”之語，實屬“悖理犯義”，乃明諭查禁。乾隆皇帝在禦批中指斥道：“今閱其所著《初學集》、《有學集》，荒誕悖謬，其中詆謗本朝之處，不一而足。夫錢謙益果終為明臣，守死不變，即以筆墨騰謗，尚在情理之中。而伊既為本朝臣仆，豈得複以從前狂吠之語列入集中，其意不過欲借此以掩其失節之羞，尤為可鄙可恥。錢謙益業已身死骨朽，姑免追究，但此等書籍，悖理犯義，豈可聽其流傳，必當早為銷毀。”（見《清代七百名人傳》，蔡冠洛編，北京中國書店1984年出版。《清史列傳·貳臣傳乙》，王鍾翰點校，中華書局1987年出版）除滿清王朝外，錢氏所為在漢民中亦多受指責抨擊。
錢柳二人共同生活了24年。1664年錢氏鬱鬱而死，其屍骨未寒，鄉裏族人便向柳氏發難，聚眾逼索房產財物。柳如是於悲憤交織中吮血立下遺囑，投繯自盡，時年47歲，距錢謙益之死僅一個多月。柳如是死後，未能與錢謙益合葬，被逐出錢家墳地，在虞山腳下另修一座孤墳埋葬。百步之外的墳塋內，埋葬著錢謙益與他的元配夫人。
[49][51]柳如是別傳》，《陳寅恪集·寒柳堂集》，陳寅恪著，北京三聯書店2009年第二版。
[50]傅樂成《傅孟真先生的民族思想》，載台北《傳記文學》，第2卷第5、6期，1963年。
[52]《吳宓日記·續編》，第五冊，吳宓著，吳學昭整理注釋，北京三聯書店2006年出版。見9月1日條。