羅哲文來到營造學社後，先是幫助劉敦楨抄寫、整理文章和插圖，後作為梁思成的助手做資料整理和測繪等工作。羅氏原名羅自福，進營造學社之後，隨著美、英、蘇、中等國結成軍事聯盟，共同抗擊德、意、日三個邪惡軸心國，美國總統羅斯福、英國首相丘吉爾，包括蘇聯的斯大林等人物的名字廣為人知。青年羅自福與美國總統羅斯福諧音，於是營造學社與李莊其他科研機構人員，甚至包括李莊鎮百姓和光屁股的孩子，見麵之後總是對羅自福高聲呼“羅大總統”。如此之“尊稱”，弄得羅自福哭笑不得。後來當梁從誡的一幫同學來到營造學社玩耍並高呼“羅大總統”時，梁思成聞聽覺得有些別扭，將孩子們轟跑之後，微笑著對羅自福道：“自福嗬，這個‘羅大總統’的雅號聽起來很響亮，不過在李莊這個小鎮關起門來做總統，總給人一種‘偽’的感覺。現在中國偽的東西已經夠多了，什麼偽政府、偽主席、偽軍、偽北京大學、偽中央大學等。汪兆銘建了個偽中國政府，搞得天怒人怨，像過街的老鼠，人人喊打。你要再弄個偽美國政府，那天下不就更要大亂了。我看就不要在咱這個院兒裏做大總統了，還是改個名字，做個平常的中國繪圖員吧。”於是，在梁思成的建議下，羅自福遂改名羅哲文，很有些文人雅士的儒家味道。再後來，“羅大總統”的名號就慢慢消失了，羅哲文三個字倒在古建築學界傳開。
這次由“羅大總統”縮水而成的羅繪圖員隨梁思成到達重慶後，先把文物目錄一條條編好，然後再在軍用地圖上仔細標出準確位置。
目錄為中、英兩種文字編成，並附有照片，印成若幹份，發給各戰區指揮員和盟軍飛行員以供參考，防止炮火與飛機投放的炸彈焚毀這些目標。據梁的好友費慰梅說，梁思成編製的文物目錄，“有一份還傳到了周恩來手上，顯然引起了他的注意”。[52]幾年後內戰爆發，解放軍兵臨北平城下，中共軍隊秘密派人潛入清華園，請梁思成繪製一份全國重點文物地圖，就來自這次編製目錄的啟示。
就在梁思成編製淪陷區目錄的同時，對人類文明成果極其重視的盟軍司令部，通過中方請梁思成把日本的重要文物古跡列表，並在地圖上標出位置，以便在轟炸中留意並盡可能地予以保護。梁思成與羅哲文工作了一個多月才完成任務，在送交地圖時，梁通過中方代表明確表示：如果對日本本土毀滅性轟炸不可避免，其他城市可炸，但京都、奈良不可為，日本民族的文化之根就存留於這兩座古城之中。現在的日本民族猶如太平洋孤島中一棵風雨飄搖、電擊雷劈的大樹，即將麵臨亙古未有的毀滅性災難，樹的枝芽可以毀而再長，根卻不能再生，京都、奈良古建築與文化，是世界人類文化財產不可或缺的一部分，必須在轟炸中特別注意，把根留住。
當此之時，此項工作皆在不為外人所知的情況下秘密進行，按照“不該說的不說，不該問的不問”這一鐵打的保密規矩，梁思成與助手羅哲文完成這項任務後，又埋頭於保護其他文化、文物事宜的策劃之中，對自己的建議究竟落實得如何，未再過問，也不便過問。而這時由於盟軍遇到日本本土日軍的頑強抵抗，不得不再度擴大空中力量轟炸的力度，日本四島，幾乎所有的大中城市均被美軍空投的炸彈炸得瘡痍滿目，著名的東京大轟炸也愈演愈烈，整座城市浸染在血與火交織的旋渦中。在接近戰爭尾聲的三天之內，美轟炸機向東京投放了2000噸炸彈，大火三個日夜，死人2萬，焚屋27萬幢，90萬人無家可歸。就在東京遭受大轟炸的同時，名古屋、大阪也遭到猛烈轟炸，與東京規模一樣，也是2000噸炸彈，整個城市一片火海，其損失之大，死傷慘狀不亞於東京。在飛機轟鳴，彈片呼嘯、烈火升騰的大失控、大混亂與陣陣慘叫哀鳴聲中，幾乎所有的日本人都認定，像東京、大阪這樣世界矚目的城市皆成廢墟，那麼，古老的京都、奈良必然麵臨毀滅之災。對此，精明的日本小鬼子做了最壞的打算，除了模仿中國拆遷古物的方式，把兩座古城大量的珍貴文物遷移到遠處深山秘藏，對極具價值的曆史遺跡，特別是地麵建築，全部拆除搬遷，待戰後再按原型恢複。由於建築古跡極多，工程浩大，加之人心惶惶，拆遷工程進展緩慢。
然而，讓各路小鬼子感到不可思議的是，在盟軍鋪天蓋地的轟炸中，唯獨京都、奈良這兩座古城，奇跡般地始終未遭到真正意義上的空襲。待小鬼子們費盡九牛二虎之力把著名的京都禦所整個木構長廊全部拆遷之後，戰爭即宣告結束，遍布於兩城內的宮殿、古寺、古塔等古建築全部得以幸免。