1945年8月28日，應蔣介石三次電邀，以毛澤東為首的中共代表團飛抵重慶，與國民黨進行“事關國家大計”的和平談判。蔣介石一邊敷衍著談判事宜，一邊著手謀劃徹底解決龍雲問題。為了保守機密和麻痹外界，9月27日，蔣介石偕夫人宋美齡等人由重慶悄然飛抵西昌做“短期休養”，住於邛海之岸西昌新村特宅。就在這處住宅裏，蔣介石在苦心孤詣地構想如何對付毛澤東的同時，也在悄悄策劃以武力改組雲南省政府事宜。密謀後，蔣介石親自派空軍副司令王叔銘攜致杜聿明密信飛抵昆明，謂：“日內就要頒布免除龍雲的雲南軍政本兼各職，調任軍事委員會參議院院長，最好一槍不發，保證他的安全，已令昆明空軍歸你指揮，如龍雲不接受命令，即以各種火器轟擊五華山。”[14]
10月1日深夜，蔣介石派人攜手諭通知住在重慶的雲南籍政客李宗黃，令其翌日飛抵西昌，麵授雲南省政府改組機宜。[15]
10月2日，蔣介石在西昌召開緊急會議，宋子文、陳誠、何應欽、李宗黃、關麟征等軍政大員前往參加。會議決定：立即改組雲南省政府，暫委盧漢為雲南省政府主席。在蔣的心目中，盧漢並不是既可靠又合適的人選，但考慮到雲南盤根錯節的複雜關係，加之盧漢又手握重兵，倘不以高官相安撫，很可能中途發生兵變。盡管有中央軍暗中監視並隨時以武力收拾，畢竟盧漢重兵在握，一旦動起手來，整個越南前線與西南半壁將陷入混亂，後果難以設想。為集中精力拔掉龍雲這根眼中釘、肉中刺，根據孫子兵法所雲“上兵伐謀，不戰而屈人之兵”的戰略，隻好暫時把一方捂住，許盧為省主席的寶座，以達到分化瓦解，各個擊破之目的。
當天下午，王叔銘駕機載李宗黃、關麟征等人飛抵昆明，潛入崗頭村防守司令部，將手令三件送交警備總司令杜聿明。內容為：
（一）免去龍雲軍事委員會昆明行營主任、雲南省政府主席本兼各職。軍事委員會昆明行營撤銷，行營所屬人員由中央統一安排。雲南地方部隊交昆明警備司令官杜聿明接受改編。雲南省政府交盧漢接受，在盧漢未到任以前，由雲南省民政廳廳長李宗黃代理。
（二）任命龍雲為軍事委員會軍事參議院院長。
（三）任命盧漢為雲南省政府主席。[16]
杜聿明聞訊，連夜召開集團以上軍官會議，傳達了三項命令，並做了軍事部署。
在此前的1945年9月下旬，龍雲的謀士曾建議其提防蔣介石解決他的陰謀，中共地下黨南方局昆明方麵的領導人華崗也暗中告訴龍“蔣介石對和談誠意不夠”，叫他提高警惕，以防萬一。所有這一切，均沒有引起龍雲重視，更未做提防和應變準備。後來有研究者認為龍雲過於天真，才導致兵變敗北的下場，但在連綿戰亂中成長起來的龍雲，又何以會天真愚笨至此？真正的原因是龍雲久在雲南，且軍政大權在握，在周圍一片阿諛奉承中染上了沉沉暮氣，才有了關鍵時刻不識時務地認為：抗戰勝利了，毛澤東也到重慶會談，全國已出現和平民主趨勢，在這樣的政治大氣候下，蔣介石不會對他下手的錯誤判斷。
因了這一錯誤判斷，便放棄了“兩手抓，兩手都要硬”的政治指導方針，結果最後落了個“一手抓，一手都不硬”，倒地不起的悲涼結局。
龍雲的所謂“一手抓”，是：盧漢率部入越前，龍盧二人有一個城下之盟。龍告盧：“如果後方有事，聞訊即火速回軍。”盧曾信誓旦旦地答應入越滇軍無論處於怎樣不利的情況，遇到多麼大的阻力和犧牲，也要即刻反攻回昆救援，不辱主公使命雲雲。這個秘密協議不是憑空構築，而是有著堅實的基礎。龍盧關係密切，二人同是雲南昭通彝族，皆出身農家，自小生活的兩個村寨隻隔一座小山包。龍、盧又是至親（南按：盧漢夫人龍澤清是龍雲的表妹），早年雙雙投軍。幾十年的戎馬生涯，二人同甘苦，共患難，情同手足，親如兄弟。既然有了如此親密關係，又有秘密協議，在這樣的前提下，龍氏才感到高枕無憂，對蔣的陰謀未加任何防備。想不到正當他迷迷糊糊沉浸在美夢中時，空軍副司令王叔銘突然攜密令駕機飛臨昆明上空。從這一刻起，對龍雲來說，可謂是人在家中坐，禍從天上來了。
作為此次行動的總指揮，杜聿明怕按蔣介石指令，采取先禮後兵的戰略，會引起一些糾纏不清的麻煩，很有可能貽誤軍機大事。於是他索性來個“將在外，軍令有所不受”，反其道而行之，先兵後禮，將這條“龍王”逼到幹枯的絕地再做計較。在這一戰略思想指導下，1945年10月3日淩晨2時，杜聿明步出大廳，望了一眼漆黑的夜幕，臉上露出一絲不易為人察覺的冷笑，轉身下令所部開始攻擊。一時間，槍炮齊發，昆明震動。正在家中熟睡的龍雲突被槍炮聲驚醒，猛地跳下床來，張皇失措，不知如何是好。此時龍公館的警衛發現公館已被包圍，還有大炮對準公館大門，值勤的侍從副官飛快奔報。回過神來的龍雲深知大事不好，匆忙穿上衣服，老鼠一樣“吱溜”從後門竄走，然後貓腰弓背，悄悄繞過勸學巷、柿花巷等大街小巷，借著夜幕獨自一人步行上了雲南省政府所在地——五華山，在一片樹叢中貓了起來。