12月8日，昆明《中央日報》刊登了關麟征的自請處分電文，同時發表了蔣介石於7日草就的《告昆明教育界書》。書雲：“昆市發生學潮，學生課業中輟，已逾旬日，妨害青年學業，貽誤建國前途，興念及此，痛心無已！我國抗戰八年，犧牲慘重。今勝利甫告實現，複興時機不可複得，正宜同德同心，積極黽勉，進行建國之工作，乃訛言流傳，波及學府，演成如此不幸之事件，此真所謂仇者所快而親者所痛也。……中正愛護青年，不啻自身之子弟，更不忍我純潔之青年學生，有自誤誤國之舉動……”
在說了一通冠冕堂皇的話之後，蔣氏筆鋒一轉，態度頗為強硬且暗含殺機地繼續說道：“中正維護教育，保持紀綱，皆屬責無旁貸。對於此次事件，必當根據是非與法紀，作公平負責之處理，決不有所偏袒，亦不有所姑息。唯我各校教職員對於學校對於國家亦均負有神聖之責任，應導學生於正軌，為社會做表率，切不可任令罷課風潮再有遷延，造成學校與社會無政府無秩序之狀態，以貽國家之羞。目前一切問題必以恢複課業為前提，以正常手續為解決，否則政府縱如何愛護青年，亦不能放棄其維護教育安定秩序之職責。切望我各校當局與教職員諸君，深體此意，對全體學生剴切勸導，務令即日上課，恢複常態，勿負餘諄切之期望，至深企盼！”最後署名是：蔣中正手啟。[30]
深知蔣介石脾氣的朱家驊，已從這封公開書中嗅出了軟中帶硬，且真有解散學校的意味。朱氏深恐學潮擴大會迫使蔣出此下策，故一麵請示蔣介石，允派教育部次長朱經農急飛昆明，會同各方處理死傷學生的善後問題，一麵向傅斯年等拍發急電，強調：“主席七日文告，對昆市不幸事件指示公平處理，政府已負責處理，我昆市各校即應恢複常態克日複課。務請諸兄會同各校教授同人對吾青年學子剴切勸勉，應以學業學校為重，而更應以教育前途及國家榮譽為重。吾人職責貴在善後，一切有利善後之意見及辦法，政府無不采納，然一切有違善後及有礙教育事業之舉動，自應擯除。”[31]
朱經農飛抵昆明後，轉交了一封蔣介石致傅斯年親筆信，曰：
孟真先生：
回昆以後，體力如何？賢勞為念。關於處理學潮事，已另致各校教職員一書，想可同時閱，尚望吾兄為一般友好詳述之。務希共同為國家為青年與為校譽負其職責也。餘托經農次之麵達，不贅。[32]
信中所說的“另寄各校教員一書”，即指報紙公開發表的蔣介石《告昆明教育界書》。想來蔣介石怕傅斯年感到突然，以及產生當局對自己處理此次事件不信任的誤會，特寫此函以示慰撫。而信的內容顯然比報上的言辭要溫和得多，這應是蔣在盛怒平息後“以宗教哲學思想和禦己”的策略糾結而成。
傅斯年詳細研究揣摩了蔣介石的心理，覺得事尚可為，而通過在昆明城幾天的內查外調，與師生數度座談，對慘案經過與師生的憤怒心情也了然於心。根據昆明各方麵的形勢，傅氏深感懲凶一事必須抓緊，否則夜長夢多，更難收拾。而所謂懲凶並非弄一兩個兵差小卒就可以蒙混過關了事，必須懲治真正的主凶、大凶如李、關、邱等軍政大員，否則事情不會輕易了結。關麟征辭職後，昆明學界的矛頭又轉向了李宗黃，並響起了去李倒李的呼聲。鑒於此情，12月8日，傅斯年給朱家驊、陳布雷拍發密電，態度鮮明地表達了自己的立場：“此事既由李宗黃、邱清泉等弄糟到此地步，又將關總司令拖入。手榴彈案之內幕，此間各地人士所詳知，包括美國外交記者在內，到處喧騰，隻有政府先占著地步，然後大多數之教授觀念可改。今關總司令既赴渝，李邱二人可否暫時調開？果能如此，教授可發揮甚大之力量，複課有十九把握。縱不能立即複課，教授必對堅持罷課之員生予以道義製裁，下一步無論如何易於辦理。再李宗黃至今仍堅持此次學潮由政府派盧漢來而起，對盧漢及雲南多數人士猛烈攻擊，此公如不暫離昆明，不特學潮無法結束，即大局亦不了。”[33]
朱家驊把傅斯年密電呈報蔣介石，蔣接連要求朱轉告傅斯年速勸學生複課，恢複秩序，壓根不提去李、邱之事。而這個時候的李宗黃又不識或不願顧及主子的苦衷，在昆明依然指手畫腳，態度倨傲，堅不請辭。同時四處放風，把學潮的責任說成是盧漢就任省主席之職和共產黨暗中煽動的結果。礙於自己此前曾向李許下宏願，蔣介石隻好對李的所作所為聽而不聞，咬緊牙關，艱難地支撐著地陷一樣從四周集來的巨大壓力，堅持不為此事給李任何處罰。蔣一麵繼續暗中請傅斯年等人向昆明學界疏通解釋，要學生們先行複課，再容逐步解決李宗黃問題；一麵發狠威脅，宣稱學生若再不複課，將采取最後嚴厲之處置，一律開除學籍。