胡適坐上北大第一把交椅，顯然與1937年去美國前的北大教授兼文學院院長大不同了，盡管孔宋之流一再打壓排擠，由於胡適在美經年，尤其是一手把美國拖入太平洋戰爭的空前傑作，一時聲光四射，世界矚目，身價倍增。而他輕柔的腳步一旦踏進北大校園，如同潛龍歸淵，虎入深山，再度嘯傲士林，俯瞰政壇。曆史的風雲聚會把胡氏推向了一個新的高度，世俗地位和聲名也隨之達到了登峰造極的境界，其巨大影響使他不但成為中華大地教育、文化、學術界的“帥”字號人物，而且一舉成為政壇象征性盟主——盡管虛幻多於實際（後來蔣介石曾有意讓胡當總統，自己掌行政院實權，就是這一虛幻影像中的一個插曲）。在“帥旗”飄蕩中，同樣沉浸在虛幻迷惘中的各色人等從四麵八方雲集而來，於亂世蒼茫中企圖求得一方良藥，以壯行色。而此時的胡適端坐在北大校長的交椅上，一掃九年來在美受的委屈，特別是孔宋集團施加的窩囊氣，野心頓發，開始搖動大旗呼風喚雨起來。按當時出任北大校長室秘書鄧廣銘的說法，頭頂五彩光環，身佩盟主“帥印”的胡適，不但“立誌要把北大辦好，也不但以華北地區教育界的重鎮自任，而是放眼於全中國的高等教育事業，是以振興中國的高等教育為己任的”。[32]按胡適的構想，國家與其每年花費幾百萬美元送學生到外國留學，不如省出一部分錢來在國內建設少數具有世界水平的大學，隻有如此，中國才有學術獨立的希望。本著這一構想，胡適提出了一個“爭取學術獨立的十年計劃”，即在十年之內先集中資源，經營五所基礎最好的大學——北大、清華、武大、浙大、中央大學。十年之後再陸續擴充其他大學，逐步在整體上達到世界先進教育水平——如此強勁的勢頭與大膽構想，在教育和新聞界引起強烈反響的同時，也令一些政客很感難堪。當初傅斯年薦胡出任北大校長時，作為教育部長的朱家驊漠然處之，或許對這種情形已經料到。隻是書呆子氣仍未脫盡的胡適，沒有意識到鬥轉星移、今非昔比的政治形勢。令他沒有想到的是，這一“宏大敘事”式的光輝藍圖，很快就像他歸國時遭遇的西天彩虹，瞬間化為泡影。在急劇動蕩的時代潮流中，政治腐敗，經濟崩潰，教授與學生皆陷入生存的困境而難以自拔，中共地下組織開始行動，發動學潮，展開與國民黨政權的爭奪戰。如果說抗戰前中共潛伏於各大學的地下組織尚屬零散、隱蔽、小規模的鬧騰，如今幾乎已是公開的大規模的策反運動了。在“動地走雷霆”（郭沫若詩句）的滾滾學潮湧動中，胡適的大旗很快就淹沒在一片浩瀚激蕩的急流赤水之中。
此前的5月4日，傅斯年由南京抵平，正式籌備北大複校事宜。21日，針對西南聯大學潮的吵鬧不息與聯大教授聞一多、吳晗等人的嚷嚷不止，傅氏極為憤慨地發表公開宣言，謂：“至於學生運動，今日學生水準，不夠為未來之建國人才，甚望能安心讀書，專門作學問，學術絕對自由，惟不可作為政治鬥爭之工具。”[33]這年7月底，複員的北大、清華、南開三校聯合招考先修班學生，考生被錄取後可自由選擇學校與專業，根據國內情形，共分七個考區，分別為上海、北平、昆明、廣州、重慶、武漢及天津。成績出來後，七區成績以上海考生為最佳，而昆明考生最差。為此，傅斯年對記者發表談話，頗為感慨地說：“昆明區成績最差，因高中學生從事政治活動，而疏忽功課所致。”因而“奉勸昆明同學今後為自己前途著想，努力學業，何必替人家做墊腳石”。[34]
同年8月4日，精疲力竭的傅斯年在北平《經世日報》發表了《漫談辦學》一文，提請政府與學校當局應負起應有的責任。麵對啼饑號寒的師生，政府必須提高其待遇，“不要視之如草芥，這道理尤其應該請行政院院長宋公明白。……我們北京大學的教授，自國民政府成立以來，從來沒有為鬧待遇而罷課、而發宣言，這是我們的自尊處。但若宋公或他人以為這樣便算無事，可就全不了解政治意義了”。傅斯年明確表示，在風起雲湧的社會大動蕩中，各校皆是麵黃肌瘦的教員與衣食無著的學生，形同難民丐幫，希望他們不鬧事生非，實在是不近情理的事。但就校長與教授們一方，必須打起精神，拿出為青年、為人類的赤膽忠心。如其不然，學校是假的，不如不辦，免得誤人子弟。
話是如此說，但實行起來卻是極大的困難，特別是吃飯問題，這是一個令各方都感到棘手和頭痛且必須亟待解決的大事、要事。1945年初冬，受傅斯年和鄭天挺指派，聯大化學係教授曾昭掄，由昆明飛北平查看北大校園設施與化學係實驗室及圖書儀器設備是否尚存。就在這次北飛中，曾昭掄最初的感覺是“故國河山，依然如舊”，但隻要待下兩三天，便發現經過八年的敵偽壓榨，北平乃至整個華北確實是變了，北平已不是原來的北平，其變不在物質或表麵現象上，而在內容或人民生活與思想上，人民變得很窮，有的已是衣不蔽體，與之相伴的是一種文化上的空虛。清華大學的房子外麵大體完整，裏麵卻一無所有。燕京大學的同學，依然是住在華麗的、貴族式的宿舍，可是吃的全是窩窩頭，許多同學難得一飽，營養更是談不到了。昆明、重慶的學生，盡管大多數瀕於赤貧，但是每個大學的大門附近，總擺著有許多攤子，開著有若幹小販鋪賣食品，生意大都不錯。相反地，北平馬神廟北大理學院前麵，僅有一家小麵館在慘淡經營，光顧者幾乎看不到北大的學生。有了二者的對比，曾昭掄深有感慨地認識到，後方民眾幾年來飽嚐通貨膨脹、物價飛漲的影響，十倍於今日之北平。不過在那些地方，苦雖說苦，開源多少還有辦法，不像北方這樣枯窘。那麼，到底誰使華北和北平變得如此貧困？曾昭掄認為：“當然主要是萬惡的敵人與偽組織造下的孽，但是收複以後，這種情形未見改善，反而變本加厲，則此刻當局，不能辭其咎。”[35]