傅氏信中所言，是他欲赴美治病一事。經過與孔宋集團幾年的大戰並取得勝利，[39]傅斯年已身心俱疲，心髒不堪重負，無力堅持工作。同時也為躲避孔宋集團可能失去理智而雇凶殺人等血腥報複，在友人勸說下，傅斯年決定拋下各項事務攜家赴美治病療養。就在寫這封信的第二天，即6月20日，傅斯年就院士評選事宜再致胡適一函，並透露了自己推薦的名單，內中說道：“日前開會商量應該在提名中不忘了外（部）名單（不必即是舉出，此會盡力，不能包辦也），想南方人士而不可多得，茲將當日所寫之名單送上一看，但請千萬秘密。”名單如下：
有涉人文組者：
（一）人文與社會科學平等數目，殊不公，因前者在中國比後者發達也。孟和原單標準甚低，減後如引。我看人文方麵非二十人不可，分配如下：
中國文學四；史學六；考古及美術史四；語三；哲三。
我個人覺得以上單子，可如下分配：
中國文學：（1）吳；（2）胡，以上關係文學風氣者；（3）楊樹達，經籍考定；（4）張元濟，古本流傳，泛言不能，專就百衲本言，因此者校勘記並未刊行也。
史學：（1）陳；（2）陳；（3）傅；（4）顧頡剛；（5）蔣廷黻，近代史當無第二人；（6）餘嘉錫或柳詒徵。柳不如餘，但南方仍不可無一人。
考古及美術史：（1）李濟；（2）董作賓；（3）郭沫若；（4）梁思成。
哲學：湯、馮、金。
語言：趙、李、羅。
傅斯年所列“人文”名單中的候選人姓名，分別是：
中國文學：吳稚暉、胡適、楊樹達、張元濟。
史學：陳寅恪、陳垣、傅斯年、顧頡剛、蔣廷黻、餘嘉錫或柳詒徵。
考古及美術史：李濟、董作賓、郭沫若、梁思成。
哲學：湯用彤、馮友蘭、金嶽霖。
語言：趙元任、李方桂、羅常培。
胡傅二人擬定的名單，可謂大同小異，或曰英雄所見略同，隻是胡適擬定的名單為17人，沒有自己，而傅斯年名單為21人，且當仁不讓地簽上了自己的大名。從名單擬定的視角也可看出，胡傅二人的性格以及處世方式之大不同。就傅氏性格和為人處世的方式方法而言，絕不是一個腐儒式的書呆子，他之所以能在學術界呼風喚雨，除了緊緊傍住胡適與朱家驊等一流大腕，並巧妙地借用了他們掌控的國內僅有的幾個基金會的勢力之外，自然也有他的過人之處。如此次致胡適的信中，就極其精明和圓滑地叮囑說：
以上陳寅恪、李濟、趙元任、董作賓、傅斯年五人為本所職員，似本所不願（擬）提名，擬請北大提出何如？
（二）其他部門，我們學校人數不多（清華多得多，6月4日其理由），然我們為求公道起見不可不注意，理學院饒、江、吳、楊、孫似不可落選，並乞先生屆時留意。
（三）北大要提出一個名單，不能專寫名字，須照格式填，著作原件附寄。
（四）提名不可太少，亦不可太多。北大可先由各學院自推，最後先生審定寄所也。[40]
顯然，在傅與胡的心目中，史語所與北京大學已成兵合一處、將歸一家之勢。如此幕後操作和交易，盡管沒有不檢點和明顯違規之處，但可以想見，這兩家一旦變為情同手足式的一家，對院士選舉評委會將會有何等強大的控製與要挾能力。——這就是傅斯年之所以成為傅斯年的根本所在。
6月29日，傅斯年偕夫人俞大綵與兒子傅仁軌由上海乘船，前往美國波士頓伯利罕醫院醫療。四個月後移居美國康涅狄格州紐黑文休養。傅離開南京赴美之前，董作賓也應美國芝加哥大學之邀赴美講學。經過一番考慮，傅斯年沒有把史語所的所務交給當時所裏的其他年長的研究員，而是讓年輕有為的夏鼐代理所長。這一決定既出乎眾人意料，又實在情理之中，以傅斯年精明老辣的識人能力，這個選擇很快就被證明是恰當和明智的。
此時的夏鼐與幾年前的一介書生不可同日而語了。他自1944年2月離開李莊，與向達率領西北科學考察團曆史組於4月份到達蘭州，在河西走廊和敦煌附近進行考察。在敦煌小方盤域遺址的發掘中，發現了埋藏於沙漠深處書寫著“玉門都尉”的漢代木簡，從而為確定湮沒達兩千年的漢代玉門關確切位置找到了極其重要的物證。幾年之後，當出任文化部文物局局長的鄭振鐸談到西北科學考察時，曾以讚歎的口氣說道：“很奇怪，玉門關舊址，好多人找了多次找不到，夏鼐一去就找到了。”[41]言語中透著對夏鼐的敬佩，同時也可看出夏鼐高人一籌的智慧與科學素養。1946年春天，夏鼐於甘肅寧定縣陽窪灣的考古發掘中，在墓坑填土層發現了仰韶文化的彩陶片，從而在地層學上找到了仰韶文化早於齊家文化的有力證據，糾正了瑞典學者安特生氏此前在甘肅新石器時代文化分期上的錯誤論斷，為建立黃河流域新石器時代的正確年代序列打下了堅實的基礎。——這一發現與研究成果，令年輕的夏鼐聲名大振，受到了同事和學術界的普遍尊敬。當傅斯年、董作賓相繼離開南京後，由他主持史語所的工作當是自然的。